| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 311196 | 163 (0.860) | 15 (0.090) | 9/148 | NT | 8.8% | coding (493/792 nt) | ptsG_3 | PTS system glucose‑specific EIICBA component |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 311222 | 159 (0.900) | coding (519/792 nt) | ptsG_3 | PTS system glucose‑specific EIICBA component | |||||
Only 100 of 207 total aligned reads displayed.
AGCAATCAAAGCTCATGAAGAATCCAAAGTAATCGCACCGTTCAATGGTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACGGTGTGGACATAGTCATTCATATTGGCTTGAATACAGTTGACTTGGAAGGTAAAGGGTTCAAGTGCTTTGTAAAGCAA > USA300TCH1516_ALE/311132‑311312 | aGCAATCAAAGCTCATGAAGAATCCAAAGTAATCGCACCGTTCAATGGTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTAtt < 1:2782780/91‑1 (MQ=255) gCAATCAAAGCTCATGAAGAATCCAAAGTAATCGCACCGTTCAATGGTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTc < 2:3654583‑M2/91‑2 (MQ=255) aTCAAAGCTCATGAAGAATCCAAAGTAATCGCACCGTTCAATGGTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTcaat < 1:925734‑M2/91‑5 (MQ=255) aTCAAAGCTCATGAAGAATCCAAAGTAATCGCACCGTTCAATGGTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTcaat < 1:3050859‑M2/91‑5 (MQ=255) aTCAAAGCTCATGAAGAATCCAAAGTAATCGCACCGTTCAATGGTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTcaat < 1:877142‑M2/91‑5 (MQ=255) tCAAAGCTCATGAAGAATCCAAAGTAATCGCACCGTTCAATGGTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTcaatc < 1:1188333‑M2/91‑6 (MQ=255) tCAAAGCTCATGAAGAATCCAAAGTAATCGCACCGTTCAATGGTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTcaatc < 2:418539‑M2/91‑6 (MQ=255) cAAAGCTCATGAAGAATCCAAAGTAATCGCACCGTTCAATGGTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTcaatca > 1:3413373‑M2/1‑85 (MQ=255) cAAAGCTCATGAAGAATCCAAAGTAATCGCACCGTTCAATGGTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTcaatca < 1:2939389‑M2/91‑7 (MQ=255) gCTCATGAAGAATCCAAAGTAATCGCACCGTTCAATGGTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCagaag < 1:2035161/91‑1 (MQ=255) gCTCATGAAGAATCCAAAGTAATCGCACCGTTCAATGGTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCagaag < 1:2037502/91‑1 (MQ=255) cATGAAGAATCCAAAGTAATCGCACCGTTCAATGGTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACg > 2:609069/1‑91 (MQ=255) cATGAAGAATCCAAAGTAATCGCACCGTTCAATGGTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACg > 2:703714/1‑91 (MQ=255) aTGAAGAATCCAAAGTAATCGCACCGTTCAATGGTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACgg > 2:1565133/1‑91 (MQ=255) aTGAAGAATCCAAAGTAATCGCACCGTTCAATGGTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACgg > 2:1268995/1‑91 (MQ=255) gaagaaTCCAAAGTAATCGCACCGTTCAATGGTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACGgtg < 1:875909/91‑1 (MQ=255) gaagaaTCCAAAGTAATCGCACCGTTCAATGGTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACGgtg < 2:1994893/91‑1 (MQ=255) gaagaaTCCAAAGTAATCGCACCGTTCAATGGTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACGgtg > 1:2315016/1‑91 (MQ=255) gaagaaTCCAAAGTAATCGCACCGTTCAATGGTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACGgtg < 1:2134991/91‑1 (MQ=255) gaagaaTCCAAAGTAATCGCACCGTTCAATGGTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACGgtg < 1:1690797/91‑1 (MQ=255) agaaTCCAAAGTAATCGCACCGTTCAATGGTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACGGtgtg > 2:2020404/1‑91 (MQ=255) tCCAAAGTAATCGCACCGTTCAATGGTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACGGTGTGGACa < 1:329005/91‑1 (MQ=255) tCCAAAGTAATCGCACCGTTCAATGGTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACGGTGTGGACa > 2:543042/1‑91 (MQ=255) tCCAAAGTAATCGCACCGTTCAATGGTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACGGTGTGGACa > 1:2556772/1‑91 (MQ=255) tCCAAAGTAATCGCACCGTTCAATGGTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACGGTGTGGACa > 2:3423808/1‑91 (MQ=255) cAAAGTAATCGCACCGTTCAATGGTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACGGTGTGGACATa < 1:722072/91‑1 (MQ=255) aaaGTAATCGCACCGTTCAATGGTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACGGTGTGGACATAg > 1:2621758/1‑91 (MQ=255) aaaGTAATCGCACCGTTCAATGGTTTAATATATATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCGCTCAGAAGACGATGTGGACATAg > 2:2951608/1‑91 (MQ=255) aaGTAATCGCACCGTTCAATGGTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACGGTGTGGACATAGt < 2:3284690/91‑1 (MQ=255) aaGTAATCGCACCGTTCAATGGTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACGGTGTGGACATAGt > 1:3426092/1‑91 (MQ=255) aaGTAATCGCACCGTTCAATGGTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACGGTGTGGACATAGt > 2:3175452/1‑91 (MQ=255) aaGTAATCGCACCGTTCAATGGTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACGGTGTGGACATAGt > 1:136497/1‑91 (MQ=255) aGTAATCGCACCGTTCAATGTTTTAATATCTATAATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACGGTGTGGACATAGtc < 2:3852690/91‑1 (MQ=255) aGTAATCGCACCGTTCAATGGTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACGGTGTGGACATAGtc < 2:2643169/91‑1 (MQ=255) gTAATCGCACCGTTCAATGGTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCCGTTGGTATTCAATCAGAAGACGGTGTGGACATAGtca < 1:3269159/91‑1 (MQ=255) gTAATCGCACCGTTCAATGGTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACGGTGTGGACATAGtca < 2:1483054/91‑1 (MQ=255) gTAATCGCACCGTTCAATGGTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACGGTGTGGACATAGtca < 2:2242079/91‑1 (MQ=255) gTAATCGCACCGTTCAATGGTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACGGTGTGGACATAGtca > 2:789654/1‑91 (MQ=255) gTAATCGCACCGTTCAATGGTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACGGTGTGGACATAGtca < 2:597814/91‑1 (MQ=255) gTAATCGCACCGTCCAATGGTTTAATATTTATGATTGTACCTACTAAGCATGCAGTTGGTATTCACTCAGAAGATGGTGTGGACTTAGtca > 2:1140546/1‑91 (MQ=255) tAATCGCACCGTTCAATGGTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACGGTGTGGACATAGtcat > 1:2837025/1‑91 (MQ=255) aaTCGCACCGTTCAATGGTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACGGTGTGGACATAGtcatt < 1:1353724/91‑1 (MQ=255) aaTCGCACCGTTCAATGGTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACGGTGTGGACATAGtcatt < 1:1851429/91‑1 (MQ=255) tCGCACCGTTCAATGGTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACGGTGTGGACATAGtcattca > 1:2291370/1‑91 (MQ=255) cGCACCGTTCAATGGTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACGGTGTGGACATAGtcattcat > 1:3206164/1‑91 (MQ=255) gCACCGTTCAATGGTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACGGTGTGGACATAGTCATTCata < 1:3790753/91‑1 (MQ=255) gCACCGTCAAATGGTTTGATATCCATGAACGTACCAACTTAGCATGAAGATTCAATTCAATCAGAAGACGGTGTGGACATAGtcattcatt > 2:2829039/1‑90 (MQ=255) gCACCGCTCAATGGTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACGGTGTGGACATAGTCATTCata > 2:3260713/1‑91 (MQ=255) ccGTTCAATGGTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACGGTGTGGACATAGTCATTCATATTg < 1:3472352/91‑1 (MQ=255) cGTTCAATGGTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACGGTGTGGACATAGTCATTCATATTgg < 1:581413/91‑1 (MQ=255) cAATGGTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTTGTATTCAATCAGAAGACGGTGTGGACATAGTCATTCATATTGGCTTg < 1:3867392/91‑1 (MQ=255) cAATGGTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACGGTGTGGACATAGTCATTCATATTGGCTTg < 2:1763214/91‑1 (MQ=255) ggTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACGGTGTGGACATAGTCATTCATATTGGCTTGAATa > 2:1382540/1‑91 (MQ=255) ggTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACGGTGTGGACATAGTCATTCATATTGGCTTGAATa < 1:1268995/91‑1 (MQ=255) ggTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACGGTGTGGACATAGTCATTCATATTGGCTTGAATa < 2:1085829/91‑1 (MQ=255) gTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACGGTGTGGACATAGTCATTCATATTGGCTTGAATAc < 1:3453552/91‑1 (MQ=255) gTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACGGTGTGGACATAGTCATTCATATTGGCTTGAATAc < 1:100429/91‑1 (MQ=255) gTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACGGTGTGGACATAGTCATTCATATTGGCTTGAATAc > 1:1715579/1‑91 (MQ=255) gTTTAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACGGTGTGGACATAGTCATTCATATTGGCTTGAATAc > 1:2472641/1‑91 (MQ=255) tttAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACGGTGTGGACATAGTCATTCATATTGGCTTGAATACa < 2:183458/91‑1 (MQ=255) ttAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGATGGTGTGGACATAGTCATTCATATTGGCTTGAATACAg > 2:3065247/1‑91 (MQ=255) tAATATCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACGGTGTGGACATAGTCATTCATATTGGCTTGAATACAGt < 2:541724/91‑1 (MQ=255) tatCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTcaatcatagatattaaaccattgaacggtgcgattactttggattcttcatga < 1:2353185‑M2/91‑54 (MQ=255) tatCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACGGTGTGGACATAGTCATTCATATTGGCTTGAATACAGTTGa > 1:1983330/1‑91 (MQ=255) atCTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACGGTGTGGACATAGTCATTCATATTGGCTTGAATACAGTTGAc < 1:1104593/91‑1 (MQ=255) cTATGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTcaatcatagatattaaaccattgaacggtgcgattactttggattcttcatgagct < 1:485188‑M2/91‑57 (MQ=255) aTGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACGGTGTGGACATAGTCATTCATATTGGCTTGAATACAGTTGACTTgg < 1:3853344/91‑1 (MQ=255) aTGATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACGGTGTGGACATAGTCATTCATATTGGCTTGAATACAGTTGACTTgg > 1:2392744/1‑91 (MQ=255) gATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTcaatcatagatattaaaccattgaacggtgcgattactttggattcttcatgagctttga < 1:1296398‑M2/91‑61 (MQ=255) gATTGTACCAACTAAGCATGCAGTTGGTATTCAATCAGAAGACGGTGTGGACATAGTCATTCATATTGGCTTGAATACAGTTGACTTGGaa < 1:973577/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |