| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 393597 | 136 (0.710) | 11 (0.070) | 6/142 | NT | 7.9% | intergenic (+20/+40) | USA300HOU_RS01800/USA300HOU_RS01805 | NAD(P)H‑dependent FAD/FMN reductase/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 393621 | 135 (0.800) | intergenic (+44/+16) | USA300HOU_RS01800/USA300HOU_RS01805 | NAD(P)H‑dependent FAD/FMN reductase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 235 total aligned reads displayed.
TACAACAACAAGTGTTTGAAGAAGAAAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGCCAATGAACGACGATAAAGGCAAGTGATGACAAGCATATTGAGGTAATAATGATTGTCATAAG > USA300TCH1516_ALE/393531‑393711 | aatatgcttgtcatcacttgcctttatcgtcgttcattggctatatagttaatatgaaAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGttt > 1:625242‑M1/59‑91 (MQ=255)aatatgcttgtcatcacttgcctttatcgtcgttcattggctatatagttaatatgaaAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGttt > 1:219682‑M1/59‑91 (MQ=255)aatatgcttgtcatcacttgcctttatcgtcgttcattggctatatagttaatatgaaAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGttt > 2:198072‑M1/59‑91 (MQ=255) acaacaacaAGTGTTTGAAGAAGAAAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCACGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTg > 1:1208705‑M2/1‑90 (MQ=255) tatgcttgtcatcacttgcctttatcgtcgttcattggctatatagttaatatgaaAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGa > 1:1908403‑M1/57‑91 (MQ=255) tatgcttgtcatcacttgcctttatcgtcgttcattggctatatagttaatatgaaAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGa > 1:3059202‑M1/57‑91 (MQ=255) caacaacaaGTGTTTGAAGAAGAAAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTga < 1:1676337‑M2/91‑3 (MQ=255) caacaacaaGTGTTTGAAGAAGAAAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTga > 2:2424207‑M2/1‑89 (MQ=255) caacaacaaGTGTTTGAAGAAGAAAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTga > 1:2913713‑M2/1‑89 (MQ=255) atgcttgtcatcacttgcctttatcgtcgttcattggctatatagttaatatgaaAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAg > 1:1693317‑M1/56‑91 (MQ=255) atgcttgtcatcacttgcctttatcgtcgttcattggctatatagttaatatgaaAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAg > 1:3828681‑M1/56‑91 (MQ=255) aacaacaaGTGTTTGAAGAAGAAAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTACATTTGTAAGTGTTTgag < 1:3323810‑M2/91‑4 (MQ=255) aacaacaaGTGTTTGAAGAAGAAAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTgag < 1:32967‑M2/91‑4 (MQ=255) aacaacaaGTGTTTGAAGAAGAAAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTgag > 1:392779‑M2/1‑88 (MQ=255) 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2:519451‑M1/39‑74 (MQ=255) agaaAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACta < 2:1941661/91‑1 (MQ=255) gaaAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACtat > 1:2634635/1‑91 (MQ=255) gaaAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACtat > 1:2458071/1‑91 (MQ=255) gaaAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACtat < 2:1034019/91‑1 (MQ=255) atcgtcgttcattggcgatatagttaatatgaaAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACtatat > 2:2980364‑M1/34‑91 (MQ=255) aacaacCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACtatata < 1:3478625/91‑1 (MQ=255) aacaacCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACtatata > 1:2894644/1‑91 (MQ=255) caacCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGc > 2:3612478/1‑91 (MQ=255) ccAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGCCaa < 1:3558481/91‑1 (MQ=255) cAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGCCAAt > 2:2623110/1‑91 (MQ=255) cAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGCCAAt > 2:1120211/1‑91 (MQ=255) aaTACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGCCAATg > 1:1176450/1‑91 (MQ=255) ttggctatatagttaatatgagAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTGCATATTAACTATATAGCCAATGAac > 2:1150442‑M1/23‑91 (MQ=255) gACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGCCAATGAacga > 1:644598/1‑91 (MQ=255) gACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGCCAATGAacga < 1:3163794/91‑1 (MQ=255) gACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGCCAATGAacga > 2:1746589/1‑91 (MQ=255) aCTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGCCAATGAacgac > 2:1402730/1‑91 (MQ=255) cTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGCCAATGAacgacg > 2:2562003/1‑91 (MQ=255) cTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTCTTCATATTAACTATATAGCCAATGAacgacg > 2:2832627/1‑91 (MQ=255) ttAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGGGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGCCAATGAACGGCGATa < 2:3814420/91‑1 (MQ=255) ttAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGCCAATGAACGACGATa < 2:88165/91‑1 (MQ=255) ttAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGGAAGTGTTTGAGCTTCTTTTCATATTAACTATATAGCCAATGAACGACGATa > 2:3085036/1‑91 (MQ=255) tAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGCCAATGAACGACGATaa > 1:1486527/1‑91 (MQ=255) aaaGTATATAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGCCAATGAACGACGATaaa < 2:3374275/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |