New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 761262 | 168 (0.880) | 13 (0.070) | 9/148 | NT | 7.4% | coding (440/927 nt) | yciC_2 | Putative metal chaperone YciC |
? | USA300TCH1516_ALE | = 761280 | 168 (0.950) | coding (458/927 nt) | yciC_2 | Putative metal chaperone YciC |
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
GCCGATTATTTATGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGAAAATTGATAAGCAATTAGGTATGATTTG > USA300TCH1516_ALE/761191‑761370 | gCCGATTATTTATGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTg > 1:1041928‑M2/1‑90 (MQ=255) ccGATTATTTATGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTga > 1:3744963‑M2/1‑89 (MQ=255) ccGATTATTTATGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTga > 1:2624984‑M2/1‑89 (MQ=255) ccGATTATTTATGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTga < 2:1721406‑M2/91‑3 (MQ=255) cGATTATTTATGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTgaa < 1:114738‑M2/91‑4 (MQ=255) cGATTATTTATGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTgaa > 1:1721406‑M2/1‑88 (MQ=255) gATTATTTATGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTgaaa > 2:1951648‑M2/1‑87 (MQ=255) attattTATGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTgaaac > 1:2760580‑M2/1‑86 (MQ=255) attattTATGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTgaaac < 1:2687747‑M2/91‑6 (MQ=255) attattTATGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTgaaac < 2:1508432‑M2/91‑6 (MQ=255) tattgatGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTgaaccta < 1:3057077‑M2/91‑8 (MQ=255) atttatGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTaa < 2:1865967/91‑1 (MQ=255) atttatGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTaa > 1:837474/1‑91 (MQ=255) ttatGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGt < 1:1695262/91‑1 (MQ=255) ttatGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGt > 2:2521237/1‑91 (MQ=255) tatGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTg > 1:2045814/1‑91 (MQ=255) atGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGa < 2:1250430/91‑1 (MQ=255) atGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGa < 2:1250717/91‑1 (MQ=255) atGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGa > 1:2175111/1‑91 (MQ=255) ggTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACa > 2:3154538/1‑91 (MQ=255) gtgtATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACAt > 1:1590751/1‑91 (MQ=255) gtgtATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACAt < 2:3487821/91‑1 (MQ=255) gtgtATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACAt < 2:1831057/91‑1 (MQ=255) tgtATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATg < 1:2586178/91‑1 (MQ=255) aTGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGattattat < 1:346896/91‑1 (MQ=255) aTGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGattattat < 1:3047948/91‑1 (MQ=255) aTGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGattattat < 1:1079413/91‑1 (MQ=255) tGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGattattatt < 1:2809772/91‑1 (MQ=255) tGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGattattatt < 1:785919/91‑1 (MQ=255) tcGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGAttattatta < 2:1457573/90‑1 (MQ=255) gCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGAttattatta > 1:899991/1‑91 (MQ=255) gCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGAttattatta > 1:1710456/1‑91 (MQ=255) cGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATtaa > 1:1669081/1‑91 (MQ=255) gACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATtaat < 1:218455/91‑1 (MQ=255) gACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGCTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATtaat < 2:3407096/91‑1 (MQ=255) cTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATtaataa > 1:463315/1‑91 (MQ=255) cTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATtaataa > 1:3083536/1‑91 (MQ=255) cTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATtaataa < 1:377617/91‑1 (MQ=255) cGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATaaaa > 2:2574340/1‑91 (MQ=255) gATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAAt < 1:723354/91‑1 (MQ=255) tttttAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTg > 2:3089164/1‑91 (MQ=255) ttttAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGa > 2:442528/1‑91 (MQ=255) ttAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATc > 2:2750370/1‑91 (MQ=255) tAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCt > 2:487328/1‑91 (MQ=255) tAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCt < 2:3589744/91‑1 (MQ=255) ataaCGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCtt > 2:2261117/3‑91 (MQ=255) aGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCtt > 1:957373/1‑91 (MQ=255) aaCGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTtat < 1:331839/91‑1 (MQ=255) aaCGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTtat > 2:383666/1‑91 (MQ=255) aCGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTtata > 2:86508/1‑91 (MQ=255) cGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATaa < 1:1964691/91‑1 (MQ=255) catcaATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACtg > 1:2215270/1‑91 (MQ=255) atcaATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACtga < 1:1511766/91‑1 (MQ=255) atcaATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACtga < 2:569154/91‑1 (MQ=255) tcaATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACtgat < 2:2175111/91‑1 (MQ=255) tcaATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACtgat < 2:3181106/91‑1 (MQ=255) tcaATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACtgat < 2:914971/91‑1 (MQ=255) caATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACtgatg > 2:2435910/1‑91 (MQ=255) caATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACtgatg > 2:1781318/1‑91 (MQ=255) aaTATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACtgatga > 1:2458615/1‑91 (MQ=255) aaTATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACtgatga < 2:1667630/91‑1 (MQ=255) tataCCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATtaata > 1:3546649/1‑67 (MQ=255) tataCCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATtaata < 2:3546649/67‑1 (MQ=255) ataCCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAg > 1:2674941/1‑91 (MQ=255) ccGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCt < 1:1797999/91‑1 (MQ=255) ccGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCt > 2:2907781/1‑91 (MQ=255) cGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCtt < 1:3827875/91‑1 (MQ=255) gAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGACTTg < 2:726887/91‑1 (MQ=255) gAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGACTTg < 2:2222520/91‑1 (MQ=255) aaaaTACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTga < 1:3630220/91‑1 (MQ=255) aaaTACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTgag < 1:1463226/91‑1 (MQ=255) aaaTACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTgag < 2:3060687/91‑1 (MQ=255) aaaTACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTgag < 2:1021481/91‑1 (MQ=255) aTACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAAGTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGTTGACAGTCTTGAGaa < 1:3310248/91‑1 (MQ=255) aTACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGaa < 2:1422599/91‑1 (MQ=255) tACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGaaa < 1:651967/91‑1 (MQ=255) aCAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTgaaactgtattttcggtatattgatgacgttctaaaaatcgagtcgcatctaatacaccataaat < 1:1189528‑M2/91‑66 (MQ=255) aCAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGaaaa > 1:3701191/1‑91 (MQ=255) aCAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGaaaa < 2:1169790/91‑1 (MQ=255) 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aGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGAAAATTGATAAGCAATTAGGTATGAt < 2:2653908/91‑1 (MQ=255) gTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGAAAATTGATAAGCAATTAGGTATGAtt < 1:3005811/91‑1 (MQ=255) tGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGAAAATTGATAAGCAATTAGGTATGATTtg > 2:3318600/1‑91 (MQ=255) tGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGAAAATTGATAAGCAATTAGGTATGATTtg > 1:2839972/1‑91 (MQ=255) tGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGAAAATTGATAAGCAATTAGGTATGATTtg > 1:2287777/1‑91 (MQ=255) | GCCGATTATTTATGGTGTATTAGATGCGACTCGATTTTTAGAACGTCATCAATATACCGAAAATACAGTTTCGCTGATGGAAGATCAGTTGAAACTAAGTGACATGATTATTATTAATAAAATTGATCTTATAACTGATGACAGTCTTGAGAAAATTGATAAGCAATTAGGTATGATTTG > USA300TCH1516_ALE/761191‑761370 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |