New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 782423 | 166 (0.870) | 11 (0.070) | 9/140 | NT | 6.5% | intergenic (‑218/+124) | USA300HOU_RS03820/USA300HOU_RS03825 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 782442 | 169 (1.020) | intergenic (‑237/+105) | USA300HOU_RS03820/USA300HOU_RS03825 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Only 100 of 228 total aligned reads displayed.
TTACTTATGTGCTCTGCAATCTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGTAATGTATAGTAATAGTATGTTGTAAATAAAAGTTT > USA300TCH1516_ALE/782352‑782532 | ttACTTATGTGCTCTGCAATCTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCtgt > 2:2566130/1‑91 (MQ=255) ttACTTATGTGCTCTGCAATCTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCtgt < 1:3066402/91‑1 (MQ=255) cTTATGTGCTCTGCAATCTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTgaa < 1:3352636‑M2/91‑4 (MQ=255) tATGTGCTCTGCAATCTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTgaaat > 1:1094573‑M2/1‑86 (MQ=255) tATGTGCTCTGCAATCTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTgaaat > 1:2505863‑M2/1‑86 (MQ=255) tATGTGCTCTGCAATCTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTgaaat < 1:2054894‑M2/91‑6 (MQ=255) tgtgCTCTGCAATCTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTgaaatca < 2:277013‑M2/91‑8 (MQ=255) gCTCTGCAATCTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTgaaatcatac > 1:1398727‑M2/1‑81 (MQ=255) ctctGCAATCTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACg < 1:1231908/91‑1 (MQ=255) ctctGCAATCTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACg < 2:2602015/91‑1 (MQ=255) tctGCAATCTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACGc < 1:714723/91‑1 (MQ=255) tGCAATCTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACGCtt < 2:2887191/91‑1 (MQ=255) gCAATCTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACGCttt < 1:366222/91‑1 (MQ=255) gCAATCTTATGGGATTTAATAGTTGTATATATATTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACGCttt < 2:1399120/91‑1 (MQ=255) 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atatatTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATAtt > 1:1320025/1‑91 (MQ=255) atTGAAAAAAGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTaa > 2:1183918/1‑91 (MQ=255) aaaaaGCAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAAtt > 1:3018046/1‑91 (MQ=255) aaaaGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAAttt > 2:940067/1‑91 (MQ=255) aaaaGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAAttt < 1:297400/91‑1 (MQ=255) aaaGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTg < 2:1387186/91‑1 (MQ=255) aaGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGt < 2:3240253/91‑1 (MQ=255) aaGGAAAGTATGATTTCTACAAGCTAGGGGGGCTGTGAAATCATACGCTTTCCATTGAGTAATGAGTGTAATGTATATTTTAAAAATTTGt > 1:60212/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |