New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1084754 = | 154 (0.810) | 17 (0.100) | 13/140 | NT | 11.5% | intergenic (+126/+139) | purD/ykoC_1 | Phosphoribosylamine‑‑glycine ligase/Putative HMP/thiamine permease protein YkoC |
? | USA300TCH1516_ALE | 1084817 = | 126 (0.760) | intergenic (+189/+76) | purD/ykoC_1 | Phosphoribosylamine‑‑glycine ligase/Putative HMP/thiamine permease protein YkoC |
Only 100 of 209 total aligned reads displayed.
CCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTATGGATAAAATTTAACCTACACGACC > USA300TCH1516_ALE/1084727‑1084907 | ccAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGtt > 1:3316667/1‑91 (MQ=255) ccAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGtt > 1:2687982/1‑91 (MQ=255) cAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGttt < 2:325116/91‑1 (MQ=255) aaTTTGTGATTAAGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAg > 1:2977590/1‑91 (MQ=255) aTTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGt < 1:706940/91‑1 (MQ=255) tttGTGATTATGCATATGTAATAGAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAACAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTa < 2:2963412/91‑1 (MQ=255) tttGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTa > 2:1695917/1‑91 (MQ=255) ttGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTAt > 2:391886/1‑91 (MQ=255) tgATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGa > 2:1312334/1‑91 (MQ=255) tgATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGa < 1:1896379/91‑1 (MQ=255) tgATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGa > 2:547245/1‑91 (MQ=255) aTTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAAt > 1:3590387/1‑91 (MQ=255) tGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAAt < 1:942411/91‑1 (MQ=255) gCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATg < 1:3625441/91‑1 (MQ=255) atatGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGt < 2:1131682/91‑1 (MQ=255) atatGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGt < 2:2694369/91‑1 (MQ=255) atatGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGt < 1:526491/91‑1 (MQ=255) atatGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGt < 2:3783482/91‑1 (MQ=255) tatGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGtt > 1:2419888/1‑91 (MQ=255) catactaaACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGtt > 1:99055‑M1/9‑91 (MQ=255) atGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGttt > 1:103019/1‑91 (MQ=255) atGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGttt > 1:3465733/1‑91 (MQ=255) atGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGttt > 2:119230/1‑91 (MQ=255) gTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGttttc < 1:648526/91‑1 (MQ=255) tACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGttttctttt < 1:15333/91‑1 (MQ=255) tACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGttttctttt > 2:3695371/1‑91 (MQ=255) tACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGttttctttt < 1:3635262/91‑1 (MQ=255) ACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACCTGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGttttcttttt > 2:3411563‑M1/1‑91 (MQ=255) caaaagaggtgccacaaacatgttattttgttcatccaaacatgttgtggcgcctctcttgtTTAGTATGGAATAAATGGttttctttttc > 2:739201‑M2/63‑91 (MQ=255) AAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCtat < 2:1621005‑M1/91‑1 (MQ=255) AAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCtat < 2:1620769‑M1/91‑1 (MQ=255) gaggtgccacaaacatgttattttgttcatccaaacatgttgtggcgcctcttttgtTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATAc > 2:1506594‑M2/58‑91 (MQ=255) GAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATAc < 2:378557‑M1/91‑1 (MQ=255) GAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATAc > 1:1173571‑M1/1‑91 (MQ=255) AGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACa < 2:1611197‑M1/91‑1 (MQ=255) GGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCGTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACaa > 1:3357584‑M1/1‑91 (MQ=255) GCGCCACAACGTGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAAt > 2:1618111‑M1/1‑91 (MQ=255) GCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAAt < 2:2081013‑M1/91‑1 (MQ=255) cgcCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATg < 2:3051228/91‑1 (MQ=255) gcCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGa > 1:2605136/1‑91 (MQ=255) gcCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGa > 1:1595239/1‑91 (MQ=255) gcCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGa > 2:1552448/1‑91 (MQ=255) ccACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGaa < 1:2476008/91‑1 (MQ=255) cacaACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAAt < 2:532579/91‑1 (MQ=255) acaacaTGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAAtt < 1:1110703/91‑1 (MQ=255) acaacaTGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAAtt < 2:2710804/91‑1 (MQ=255) acaTGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCt > 1:2581244/1‑91 (MQ=255) aacatgttattttgttcatccaaacatgttgtggcgcctcttttgtTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCt > 1:1802722‑M2/47‑91 (MQ=255) caTGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTTTATATTTAATTTCTa > 2:651488/1‑91 (MQ=255) acatgttattttgttcatccaaacatgttgtggcgcctcttttgtTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTa > 2:2368348‑M2/46‑91 (MQ=255) acatgttattttgttcatccaaacatgttgtggcgcctcttttgtTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTa > 2:1346866‑M2/46‑91 (MQ=255) tGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAAt < 2:3361067/91‑1 (MQ=255) tGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAAt < 1:3500205/91‑1 (MQ=255) atgttattttgttcatccaaacatgttgtggcacctcttttgtTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAAt > 1:737913‑M2/44‑91 (MQ=255) gTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAAtt < 1:2318403/91‑1 (MQ=255) gTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAAtt > 1:2886627/1‑91 (MQ=255) gTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAAtt < 1:329399/91‑1 (MQ=255) tGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAg < 2:1255516/91‑1 (MQ=255) gATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTa < 2:612707/91‑1 (MQ=255) aTGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTAt < 1:109040/91‑1 (MQ=255) aTGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTAt < 1:3528909/91‑1 (MQ=255) tGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATc < 2:2581244/91‑1 (MQ=255) 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cAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCtata < 1:2548487/91‑1 (MQ=255) aaaaTAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATAc < 2:431756/91‑1 (MQ=255) aaTAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACaa > 1:439873/1‑91 (MQ=255) aaTAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACaa > 1:3537773/1‑91 (MQ=255) aaCATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTa > 2:1955114/1‑91 (MQ=255) aCATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTAt < 2:2839290/91‑1 (MQ=255) aCATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTAt > 2:3008792/1‑91 (MQ=255) tGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTATGGa > 2:622043/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |