| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1084763 | 151 (0.790) | 12 (0.070) | 9/140 | NT | 8.5% | intergenic (+135/+130) | purD/ykoC_1 | Phosphoribosylamine‑‑glycine ligase/Putative HMP/thiamine permease protein YkoC |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1084806 | 126 (0.760) | intergenic (+178/+87) | purD/ykoC_1 | Phosphoribosylamine‑‑glycine ligase/Putative HMP/thiamine permease protein YkoC | |||||
Only 100 of 226 total aligned reads displayed.
GATTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAATTTCTAATTTAGTATCTATACAATTATGGATAAAATTTAA > USA300TCH1516_ALE/1084717‑1084896 | aTTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCAcc < 1:335199‑M2/91‑3 (MQ=255) aTTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCAcc > 2:827097‑M2/1‑89 (MQ=255) aTTTCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCAcc > 2:3403392‑M2/1‑89 (MQ=255) tttCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCAcct < 2:2856196‑M2/91‑4 (MQ=255) ttCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCAcctc < 1:967595‑M2/91‑5 (MQ=255) tCTGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCAcctct > 2:1459148‑M2/1‑86 (MQ=255) tGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCAcctcttt > 1:941730‑M2/1‑84 (MQ=255) tGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCAcctcttt < 2:3499210‑M2/91‑8 (MQ=255) tGTACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCAcctcttt < 1:111357‑M2/91‑8 (MQ=255) tACCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCAcctcttttg > 2:675065‑M2/1‑82 (MQ=255) aCCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCAcctcttttgt > 2:2119963‑M2/1‑81 (MQ=255) aCCAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCAcctcttttgt < 2:27374‑M2/91‑11 (MQ=255) ccAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGtt > 1:363072/1‑91 (MQ=255) ccAAATTTGTGATTATGCATATGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGtt > 1:2247499/1‑91 (MQ=255) 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atatGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGt < 2:1131682/91‑1 (MQ=255) atatGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGt < 2:3783482/91‑1 (MQ=255) atatGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGt < 2:2694394/91‑1 (MQ=255) tatGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGtt > 1:2419888/1‑91 (MQ=255) tatGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGtt < 2:2486729/91‑1 (MQ=255) atGTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGttt > 1:103019/1‑91 (MQ=255) gTAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGttttc < 2:1193829/91‑1 (MQ=255) tAATACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGttttct < 1:3138511/91‑1 (MQ=255) aTACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGttttcttt > 2:266135/1‑91 (MQ=255) tACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGttttctttt > 2:3695360/1‑91 (MQ=255) tACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGttttctttt < 1:1626575/91‑1 (MQ=255) tACAAAAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGttttctttt < 1:15333/91‑1 (MQ=255) aaGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCAcctcttttgtattacatatgcataatcacaaatttggtacag < 1:806922‑M2/91‑43 (MQ=255) AAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCtat < 2:1621005‑M1/91‑1 (MQ=255) AAGAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCtat < 2:1620769‑M1/91‑1 (MQ=255) GAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATAc < 2:378557‑M1/91‑1 (MQ=255) GAGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATAc > 1:1173571‑M1/1‑91 (MQ=255) AGGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACa < 2:1611197‑M1/91‑1 (MQ=255) GGCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCGTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACaa > 1:3357584‑M1/1‑91 (MQ=255) GCGCCACAACGTGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAAt > 2:1618111‑M1/1‑91 (MQ=255) GCGCCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAAt < 2:2081013‑M1/91‑1 (MQ=255) cgcCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATg < 2:3051228/91‑1 (MQ=255) cgcCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATg > 2:1988786/1‑91 (MQ=255) gcCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCAcctcttttgtattacatttgcataatcacaaatttggtacagaaatcaa < 2:957442‑M2/91‑50 (MQ=255) gcCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCAcctcttttgtattacatatgcataatcacaaatttggtacagaaatcaa < 1:440974‑M2/91‑50 (MQ=255) gcCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGa > 1:2605136/1‑91 (MQ=255) gcCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGa > 2:179732/1‑91 (MQ=255) gcCACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGa > 1:1595239/1‑91 (MQ=255) ccACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCAcctcttttgtattacatatgcataatcacaaatttggtacagaaatcaat < 1:3465513‑M2/91‑51 (MQ=255) ccACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGaa > 1:1093478/1‑91 (MQ=255) ccACAACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGaa < 1:2119979/91‑1 (MQ=255) cacaACATGTTTGGATGAACAAAATAACATGTTTGTGGCACCTCTTTTGTTTAGTATGGAATAAATGGTTTTCTTTTTCTATACAATGAAt < 2:532579/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |