| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1279936 = | 200 (1.050) | 20 (0.150) +TTTGAAAATTATACGCAATATTAAC |
9/110 | NT | 13.4% | intergenic (+29/‑233) | cdsA/USA300HOU_RS06360 | Phosphatidate cytidylyltransferase/Putative zinc metalloprotease |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1279975 = | 177 (0.930) | intergenic (+68/‑194) | cdsA/USA300HOU_RS06360 | Phosphatidate cytidylyltransferase/Putative zinc metalloprotease | |||||
Only 100 of 230 total aligned reads displayed.
ATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTAGACGT > USA300TCH1516_ALE/1279885‑1280065 | atatTTTATTAATACAATCTTAATTCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCtt < 2:3606249/91‑1 (MQ=255)atatTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCtt > 2:1731693/1‑91 (MQ=255)atatTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCtt > 1:2751729/1‑91 (MQ=255)atatTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCtt < 1:2308364/91‑1 (MQ=255) tatTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCttt < 2:3018115/91‑1 (MQ=255) atTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCtttt > 2:323983/1‑91 (MQ=255) ttttATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTg < 2:3787404/91‑1 (MQ=255) ttattaATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGaa > 1:505403/1‑91 (MQ=255) ttattaATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGaa > 2:1156689/1‑91 (MQ=255) ttaATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAAt > 2:1600950/1‑91 (MQ=255) aTACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATtat > 2:3816677/1‑91 (MQ=255) tACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATtata < 1:175953/91‑1 (MQ=255) aCAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATAc > 1:1189190/1‑91 (MQ=255) cAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACg < 1:184826/91‑1 (MQ=255) aTCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCa < 1:244707/91‑1 (MQ=255) tcaaaaggagttctgagattcattaaattatctcagcaactccttttgaaaattatacgcaatattaacTTTGAAAATTATACGCAATAtt > 2:2625810‑M2/70‑91 (MQ=255) aaTGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATAtt > 2:2612284/1‑91 (MQ=255) aTGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTa > 1:1074981/1‑91 (MQ=255) tGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTaa > 1:59115/1‑91 (MQ=255) tGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTaa > 2:2821821/1‑91 (MQ=255) gCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAACTATACGCAATATTAAc > 2:3705764/1‑91 (MQ=255) tGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACtt > 1:3366029/1‑91 (MQ=255) tGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACtt < 2:1088631/91‑1 (MQ=255) gagaACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACttt < 1:1362901/91‑1 (MQ=255) agaACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTg < 2:709739/91‑1 (MQ=255) tctgagattcattaaattatctcagcaactccttttgaaaattatacgcaatattaacTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGaaaa > 1:2698517‑M2/59‑91 (MQ=255) ctgagattcattaaattatctcagcaactccttttgaaaattatacgcaatattaacTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAAt > 2:759785‑M2/58‑91 (MQ=255) aaaTCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAAt > 1:2206915/1‑91 (MQ=255) tgagattcattaaattatctcagcaactccttttgaaaattatacgcaatattaacTTTGAAAAGTATACGCAATATTAACTATGAAAAtt > 2:3365362‑M2/57‑91 (MQ=255) aaTCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAAtt > 1:3862854/1‑91 (MQ=255) aTCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATta > 1:2165836/1‑91 (MQ=255) tCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATtat > 2:87766/1‑91 (MQ=255) aTAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACg > 2:3043996/1‑91 (MQ=255) tAAACGTCAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGc < 2:3444000/91‑1 (MQ=255) tAAACGTAAAGAGGGGTTGCTGAGATAATTTGATGAATCTGAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAGTATTAACTTTGAAAATTATACGc < 2:859765/91‑1 (MQ=37) tAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGc > 1:2527797/1‑91 (MQ=255) aaaCGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCtt > 2:815970/1‑50 (MQ=255) aaaCGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCtt < 1:815970/50‑1 (MQ=255) aaaCGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCa > 1:1895072/1‑91 (MQ=255) aaaCGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCa > 1:2431996/1‑91 (MQ=255) aaaCGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCa < 1:704484/91‑1 (MQ=255) aaCGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCaa > 2:3182123/1‑91 (MQ=255) aaCGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCaa < 2:2112792/91‑1 (MQ=255) aaCGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCaa > 1:3146779/1‑91 (MQ=255) aaCGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCaa < 2:908572/91‑1 (MQ=255) ttaaattatctcagcaactccttttgaaaattatacgcaatattaacTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAat > 2:2101984‑M2/48‑91 (MQ=255) ttaaattatctcagcaactccttttgaaaattatacgcaatattaacTTAGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAat > 2:3417542‑M2/48‑91 (MQ=255) aCGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCaag > 1:435794/1‑90 (MQ=255) aCGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAat < 2:1235752/91‑1 (MQ=255) aCGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAat < 2:1407784/91‑1 (MQ=255) cGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATGAACTTTGAAAATTATACGCAata < 2:2105763/91‑1 (MQ=255) gTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAatat < 2:1861170/91‑1 (MQ=255) tAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATAtt < 2:2244958/91‑1 (MQ=255) aaaGAGGAGTTGCTGCGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTa > 2:494062/1‑91 (MQ=255) aaaGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTa > 2:2639347/1‑91 (MQ=255) aaaGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTa > 2:149539/1‑91 (MQ=255) aaaGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTa > 1:1996429/1‑91 (MQ=255) aaGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTaa > 1:1652520/1‑91 (MQ=255) aaGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTaa > 1:1589362/1‑91 (MQ=255) aggagTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACtt > 2:3342753/1‑91 (MQ=255) aggagTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACtt < 2:319624/91‑1 (MQ=255) aggagTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACtt > 1:3077011/1‑91 (MQ=255) ggagTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACttt < 2:366356/91‑1 (MQ=255) ggagTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACttt < 1:16989/91‑1 (MQ=255) ggagTTGCTGAGATAAATTAATGCCTCCCAGAGCTCCTTCTGAAAATTATACACAAAATTAACTTTGAAAATTATACGCAATACCAACttt > 1:980591/1‑91 (MQ=18) agTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGa > 2:2072768/1‑91 (MQ=255) agTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGa > 1:2674877/1‑91 (MQ=255) gTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGaa < 2:2825430/91‑1 (MQ=255) ttGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGaaa > 1:2517537/1‑91 (MQ=255) aactccttttgaaaattatacgcaatattaacTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAAt > 2:198936‑M2/33‑91 (MQ=255) aactccttttgaaaattatacgcaatattaacTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAAt < 1:978625‑M2/59‑1 (MQ=255) cTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAAtt > 1:3592590/1‑91 (MQ=255) cTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAAtt < 1:1018763/91‑1 (MQ=255) tGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATta > 2:2747000/1‑91 (MQ=255) gagaTAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATtat > 2:2902470/1‑91 (MQ=255) aTAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACg < 1:3094659/91‑1 (MQ=255) aTAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACg > 2:3863748/1‑91 (MQ=255) tttAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAat < 2:818291/91‑1 (MQ=255) tttAATAAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAat < 2:1688967/91‑1 (MQ=255) tAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAatat > 2:1804438/1‑91 (MQ=255) tAATGAATCACAGGACTACTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAatat < 2:2674195/91‑1 (MQ=255) aTGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTa > 2:1007758/1‑91 (MQ=255) tGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTaa > 2:961537/1‑91 (MQ=255) gAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAAc < 2:2937045/91‑1 (MQ=255) aaTCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACt > 1:824519/1‑91 (MQ=255) aaTCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAAGATTAACt > 1:1939619/1‑91 (MQ=255) ctcAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTg < 2:1542378/91‑1 (MQ=255) tcAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGa > 1:3694933/1‑91 (MQ=255) aGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGaaa > 1:400480/1‑91 (MQ=255) gAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGaaaa < 1:616182/91‑1 (MQ=255) gAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGaaaa > 1:3740076/1‑91 (MQ=255) gAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGaaaa < 2:2561478/91‑1 (MQ=255) tCCTTTTTAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAAGTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTAg < 2:378816/91‑1 (MQ=255) ccTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTAGa < 2:3077011/91‑1 (MQ=255) ccTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTAGa < 1:1156689/91‑1 (MQ=255) cTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTAGAc > 1:1101209/1‑91 (MQ=255) cTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTAGAc > 1:1057399/1‑91 (MQ=255) ttttGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTAGACg < 1:673669/91‑1 (MQ=255) ttttGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTAGACg < 1:1035050/91‑1 (MQ=255) tttGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTAGACGt < 1:1505840/91‑1 (MQ=255) | ATATTTTATTAATACAATCTTAATGCTGAGAACAAATCAATAAACGTAAAGAGGAGTTGCTGAGATAATTTAATGAATCTCAGAACTCCTTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTATACGCAATATTAACTTTGAAAATTAGACGT > USA300TCH1516_ALE/1279885‑1280065 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |