| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1443621 | 72 (0.380) | 21 (0.120) | 4/152 | NT | 22.7% | intergenic (‑194/+159) | USA300TCH1516_01342/brnQ_3 | hypothetical protein/Branched‑chain amino acid transport system 2 carrier protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1910815 = | 75 (0.410) | intergenic (+348/‑207) | crcB_2/USA300TCH1516_01771 | Putative fluoride ion transporter CrcB/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
TCGGTCTTCGACTGGCACTGCT‑CCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC‑TTT‑AAAAAATAAGACACTTTGCCCAACTTACACTACCAATAGAAACCTCTG > USA300TCH1516_ALE/1910775‑1910905 | tCGGTCTTCGACTGGCACTGCT‑CCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC‑TTT‑AAAAAATa < 1:1172124/91‑1 (MQ=32)tCGGTCTTCGACTGGCACTGCT‑CCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC‑TTT‑AAAAAATa < 1:1172200/91‑1 (MQ=32) cGGTCTTCGACTGGCACTGCT‑CCCTCAGGCGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC‑TTT‑AAAAAATaa > 2:1110258/1‑91 (MQ=18) cGGTCTTCGACTGGCACTGCT‑CCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC‑TTT‑AAAAAATaa > 1:1309538/1‑91 (MQ=33) cGGTCTTCGACTGGCACTGCT‑CCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC‑TTT‑AAAAAATaa < 1:920328/91‑1 (MQ=33) cGGTCTTCGACTGGCACTGCT‑CCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC‑TTT‑AAAAAATaa < 2:3477028/91‑1 (MQ=33) cGGTCTTCGACTGGCACTGCT‑CCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC‑TTT‑AAAAAATaa < 1:659900/91‑1 (MQ=33) ggTCTTCGACTGGCACTGCT‑CCCTCTGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC‑TTT‑AAAAAATAAg < 1:3608190/91‑1 (MQ=21) ggTCTTCGACTGGCACTGCT‑CCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC‑TTT‑AAAAAATAAg < 2:2242498/91‑1 (MQ=34) ggTCTTCGACTGGCACTGCT‑CCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC‑TTT‑AAAAAATAAg < 2:3539817/91‑1 (MQ=34) ggTCTTCGACTGGCACTGCT‑CCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC‑GTT‑AAAAAATAAg < 1:2982932/91‑1 (MQ=21) cTTCGACTGGCACTGCTCCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC‑TTT‑AAAAAATAAGac > 1:2113164/1‑91 (MQ=255) cTTCGACTGGCACTGCT‑CCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC‑TTT‑AAAAAATAAGaca > 1:1250287/1‑91 (MQ=35) ttCGACTGGCACTGCT‑CCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC‑TTT‑AAAAAATAAGacac < 1:2480356/91‑1 (MQ=35) ttCGACTGGCACTGCT‑CCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC‑TTT‑AAAAAATAAGacac < 1:17114/91‑1 (MQ=35) tCGACTGGCACTGCT‑CCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC‑TTT‑AAAAAATAAGACACt < 2:1365861/91‑1 (MQ=35) tCGACTGGCACTGCT‑CCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC‑TTT‑AAAAAATAAGACACt < 2:1250287/91‑1 (MQ=35) tCGACTGGCACTGCT‑CCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC‑TTT‑AAAAAATAAGACACt < 1:2450985/91‑1 (MQ=35) gACTGGCACTGCT‑CCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC‑TTT‑AAAAAATAAGACACttt > 2:230539/1‑91 (MQ=35) gACTGGCACTGCT‑CCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC‑TTT‑AAAAAATAAGACACttt < 2:2203938/91‑1 (MQ=35) aCTGGCACTGCT‑CCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC‑TTT‑AAAAAATAAGACACTTTg < 2:2101775/91‑1 (MQ=35) cTGGCACTGCT‑CCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAGATAC‑TTT‑AAAAAATAAGACACTTTGc < 2:2211811/91‑1 (MQ=25) cTGGCACTGCT‑CCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC‑TTT‑AAAAAATAAGACACTTTGc < 2:518643/91‑1 (MQ=35) cTGGCACTGCT‑CCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC‑TTT‑AAAAAATAAGACACTTTGc > 2:2363266/1‑91 (MQ=35) aatggcgagactcctgagggagcagtgccaTTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC‑TTT‑AAAAAATAAGACACTTTg > 1:2776182‑M2/31‑91 (MQ=255) aatggcgagactcctgagggagcagtgccaTTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC‑TTT‑AAAAAATAAGACACTTTg > 1:2776672‑M2/31‑91 (MQ=255) atggcgagactcctgagggagcagtgccaTTAATACTACGTATTAACGTGTAATTTTACTTTGAAATAC‑TTTAAAAAAATAAGACACTTTg > 2:63437‑M2/30‑91 (MQ=255) atggcgagactcctgagggagcagtgccaTTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATAC‑TTTAAAAAAATAAGACACTTTg > 2:2396077‑M2/30‑91 (MQ=255) atggcgagactcctgagggagcagtgccaTTAATACTACGCATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATAC‑TTTAAAAAAATAAGACACTTTg > 2:3199153‑M2/30‑91 (MQ=255) tggcgagactcctgagggagcagtgccaTTAATACTACGTATTAACGTGTAATTTTACTTTGAAATAC‑TTTAAAAAAATAAGACACTTTGc > 2:565208‑M2/29‑91 (MQ=255) tggcgagactcctgagggagcagtgccaTTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACTTTT‑AAAAAATAAGACACTTTGc > 2:3562869‑M2/29‑91 (MQ=255) tggcgagactcctgagggagcagtgccaTTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACTTTT‑AAAAAATAAGACACTTTGc > 2:2537938‑M2/29‑91 (MQ=255) tggcgagactcctgagggagcagtgccaTTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACTTTT‑AAAAAATAAGACACTTTGc > 2:3563102‑M2/29‑91 (MQ=255) tggcgagactcctgagggagcagtgccaTTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACTTTT‑AAAAAATAAGACACTTTGc > 2:2537960‑M2/29‑91 (MQ=255) gCACTGCT‑CCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC‑TTT‑AAAAAATAAGACACTTTGCCCa > 2:1177715/1‑91 (MQ=38) gCACTGCT‑CCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC‑TTT‑AAAAAATAAGACACTTTGCCCa > 1:1915006/1‑91 (MQ=38) cgagactcctgagggagcagtgccaTTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTT‑AAAAAATAAGACACTTtgccaa > 1:2484296‑M2/26‑89 (MQ=255) cgagactcctgagggagcagtgccaTTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATAC‑TTTAAAAAAATAAGACACTTTGGCCa > 1:788469‑M2/26‑91 (MQ=255) aCTGCT‑CCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC‑TTT‑AAAAAATAAGACACTTTGCCCAAc < 2:158975/91‑1 (MQ=40) aCTGCT‑CCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC‑TTT‑AAAAAATAAGACACTTTGCCCAAc < 2:716901/91‑1 (MQ=40) aCTGCT‑CCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC‑TTT‑AAAAAATAAGACACTTTGCCCAAc < 2:3552307/91‑1 (MQ=40) aCTGCT‑CCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC‑TTT‑AAAAAATAAGACACTTTGCCCAAc < 1:3581654/91‑1 (MQ=39) aCTGCT‑CCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC‑TTT‑AAAAAATAAGACACTTTGCCCAAc < 1:46882/91‑1 (MQ=40) gagactcctgagggagcagtgccaTTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATAC‑TTTAAAAAAATAAGACACTTTGGCCaa > 1:1742561‑M2/25‑91 (MQ=255) cTGCT‑CCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC‑TTT‑AAAAAATAAGACACTTTGCCCAACt < 1:917153/91‑1 (MQ=40) agactcctgagggagcagtgccaTTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACTTTT‑AAAAAATAAGACACTTTGCCCAAc > 1:969198‑M2/24‑91 (MQ=255) agactcctgagggagcagtgccaTTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTGAAATACTTTT‑AAAAAATAAGACACTTTGCCCAAc > 1:969222‑M2/24‑91 (MQ=255) 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cT‑CCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC‑TTT‑AAAAAATAAGACACTTTGCCCAACTTac > 2:2418829/1‑91 (MQ=255) ccTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATATAATTTTACTTTTACATAC‑TTT‑AAAAAGTAAGACACTTTGCCCAACTCACACt > 1:3602413/1‑91 (MQ=255) tgagggagcagtgccaTTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTT‑AAAAAATAAGACACTTTGc > 1:3831833‑M2/17‑79 (MQ=255) tgagggagcagtgccaTTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTT‑AAAAAATAAGACACTTTGc < 2:3831833‑M2/63‑1 (MQ=255) tCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC‑TTT‑AAAAAATAAGACACTTTGCCCAACTTac < 1:461751/86‑1 (MQ=255) tCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC‑TTT‑AAAAAATAAGACACTTTGCCCAACTTac < 1:2340171/86‑1 (MQ=255) tCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC‑TTT‑AAAAAATAAGACACTTTGCCCAACTTac > 2:461751/1‑86 (MQ=255) tCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC‑TTT‑AAAAAATAAGACACTTTGCCCAACTTac > 2:2340171/1‑86 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |