| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1586059 | 238 (1.250) | 16 (0.090) | 5/148 | NT | 6.6% | intergenic (‑52/+75) | USA300HOU_RS07770/USA300TCH1516_01451 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1586098 | 235 (1.330) | intergenic (‑91/+36) | USA300HOU_RS07770/USA300TCH1516_01451 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 311 total aligned reads displayed.
ATAAAGACCCCCTTTCATAAAAGTTTATCCGCGTTGCAAGCGAAGGGCCCCCGCCGGTACCCGGCGAAAAAACATTTTAAGCCAATGGGCAGGGGGCTATAAAATTTTATTTAAATGTTTTTTTATTTAAATTTTTAGAACTCTAATTTTCTTAAGATTACTTTTGTCATTACCATTTGCA > USA300TCH1516_ALE/1586008‑1586188 | aaaGACCCCCTTTCATAAAAGTTTATCCGCGTTGCAAGCGAAGGGCCCCCGCCGGTACCCGGCGAAAAAACATTTTAAGCCAATGGGCAgg < 2:2299021‑M2/91‑3 (MQ=255) aaGACCCCCTTTCATAAAAGTTTATCCGCGTTGCAAGCGAAGGGCCCCCGCCGGTACCCGGCGAAAAAACATTTTAAGCCAATGGGCAggg < 1:3730068‑M2/91‑4 (MQ=255) aCCCCCTTTCATAAAAGTTTATCCGCGTTGCAAGCGAAGGGCCCCCGCCGGTACCCGGCGAAAAAACATTTTAAGCCAATGGGCAgggggc > 2:2685189‑M2/1‑85 (MQ=255) cccccTTTCATAAAAGTTTATCCGCGTTGCAAGCGAAGGGCCCCCGCCGGTACCCGGCGAAAAAACATTTTAAGCCAATGGGCAGGGGGCt < 1:853641/91‑1 (MQ=34) cccccTTTCATAAAAGTTTATCCGCGTTGCAAGCGAAGGGCCCCCGCCGGTACCCGGCGAAAAAACATTTTAAGCCAATGGGCAGGGGGCt < 1:2784670/91‑1 (MQ=34) ccccTTTCATAAAAGTTTATCCGCGTTGCAAGCGAAGGGCCCCCGCCGGTACCCGGCGAAAAAACATTTTAAGCCAATGGGCAGGGGGCta > 2:1102098/1‑91 (MQ=34) cccTTTCATAAAAGTTTATCCGCGTTGCAAGCGAAGGGCCCCCGCCGGTACCCGGCGAAAAAACATTTTAAGCCAATGGGCAGGGGGCtat > 1:1187865/1‑91 (MQ=33) cccTTTCATAAAAGTTTATCCGCGTTGCAAGCGAAGGGCCCCCGCCGGTACCCGGCGAAAAAACATTTTAAGCCAATGGGCAGGGGGCtat > 2:652759/1‑91 (MQ=34) cccTTTCATAAAAGTTTATCCGCGTTCCAAGCGAAGGGCCCCCGCCGGTACCCGGCGAAAAAACATTTTAAGCCAATGGGCAGGGGGCtat > 2:2216252/1‑91 (MQ=21) ccTTTCATAAAAGTTTATCCGCGTTGCAAGCGAAGGGCCCCCGCCGGTACCCGGCGACAAAACATTTTAAGCCAATGGGCAGGGGGCtata > 1:3176330/1‑91 (MQ=18) tttCATAAAAGTTTATCCGCGTTGCAAGCGAAGGGCCCCCGCCGGTACCCGGCGAAAAAACATTTTAAGCCAATGGGCAGGGGGCTATaaa > 1:640734/1‑91 (MQ=34) tttCATAAAAGTTTATCCGCGTTGCAAGCGAAGGGCCCCCGCCGGTACCCGGCGAAAAAACATTTTAAGCCAATGGGCAGGGGGCTATaaa > 2:2780122/1‑91 (MQ=34) tCATAAAAGTTTATCCGCGTTGCAAGCGAAGGGCCCCCGCCGGTACCCGGCGAAAAAACATTTTAAGCCAATGGGCAGGGGGCTATAAAAt < 1:3366950/91‑1 (MQ=34) tCATAAAAGTTTATCCGCGTTGCAAGCGAAGGGCCCCCGCCGGTACCCGGCGAAAAAACATTTTAAGCCAATGGGCAGGGGGCTATAAAAt > 1:66320/1‑91 (MQ=34) 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tttATCCGCGTTGCAAGCGAAGGGCCCCCGCCGGTACCCGGCGAAAAAACATTTTAAGCCAATGGGCAGGGGGCTATAAAATTTTATTTaa < 2:3702795/91‑1 (MQ=34) ttATCCGCGTTGCAAGCGAAGGGCCCCCGCCGGTACCCGGCGAAAAAACATTTTAAGCCAATGGGCAGGGGGCTATAAAATTTTATTTaaa < 2:171342/91‑1 (MQ=34) ttATCCGCGTTGCAAGCGAAGGGCCCCCGCCGGTACCCGGCGAAAAAACATTTTAAGCCAATGGGCAGGGGGCTATAAAATTTTATTTaaa < 1:1458110/91‑1 (MQ=33) tgaTCCGCGTTGCAAGCGAAGGGCCCCCGCCGGTAACCGGAAAAAAAACATTTTAAGCCAATGGGCAGGGGGCTATAAAATTTTATTTaaa < 2:595419/89‑1 (MQ=11) tATCCGCGTTGCAAGCGAAGGGCCCCCGCCGGTACCCGGCGAAAAAACATTTTAAGCCAATGGGCAGGGGGCTATAAAATTTTATTTAAAt > 1:615914/1‑91 (MQ=34) tATCCGCGTTGCAAGCGAAGGGCCCCCGCCGGTACCCGGCGAAAAAACATTTTAAGCCAATGGGCAGGGGGCTATAAAATTTTATTTAAAt > 1:1374512/1‑91 (MQ=34) tATCCGCGTTGCAAGCGAAGGGCCCCCGCCGGTACCCGGCGAAAAAACATTTTAAGCCAATGGGCAGGGGGCTATAAAATTTTATTTAAAt > 2:261060/1‑91 (MQ=34) tATCCGCGTTGCAAGCGAAGGGCCCCCGCCGGTACCCGGCGAAAAAACATTTTAAGCCAATGGGCAGGGGGCTATAAAATTTTATTTAAAt > 1:1887642/1‑91 (MQ=34) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |