| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1634329 = | 161 (0.850) | 18 (0.100) | 8/150 | NT | 10.7% | coding (958/993 nt) | bfmBAA | 2‑oxoisovalerate dehydrogenase subunit alpha |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1634371 = | 149 (0.830) | coding (916/993 nt) | bfmBAA | 2‑oxoisovalerate dehydrogenase subunit alpha | |||||
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
GATAATTTAGCCATTAGTTAAGACTCCCTTCTTCGTACACAAATGCATA‑‑‑‑‑‑GGCTTCTTCGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGCCAACCAAGCATCATCGATAATGCCAGCTGAAAGCAACTCTTTT > USA300TCH1516_ALE/1634281‑1634459 | aaTTTAGCCATTAGTTAAGACTCCCTTCTTCGTACACAAATGCATA‑‑‑‑‑‑GGCTTCTTCGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGt < 2:2158282/91‑1 (MQ=255) aTTTAGCCATTAGTTAAGACTCCCTTCTTCGTACACAAATGCATA‑‑‑‑‑‑GGCTTCTTCGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTc < 1:3779770/91‑1 (MQ=255) tttAGCCATTAGTTAAGACTCCCTTCTTCGTACACAAATGCATA‑‑‑‑‑‑GGCTTCTTCGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCg < 1:2741690/91‑1 (MQ=255) tttAGCCATTAGTTAAGACTCCCTTCTTCGTACACAAATGCATA‑‑‑‑‑‑GGCTTCTTCGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCg < 1:487078/91‑1 (MQ=255) tttAGCCATTAGTTAAGACTCCCTTCTTCGTACACAAATGCATA‑‑‑‑‑‑GGCTTCTTCGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCg < 1:1487282/91‑1 (MQ=255) ttAGCCATTAGTTAAGACTCCCTTCTTCGTACACAAATGCATA‑‑‑‑‑‑GGCTTCTTCGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGc < 1:3112693/91‑1 (MQ=255) ttAGCCATTAGTTAAGACTCCCTTCTTCGTACACAAATGCATA‑‑‑‑‑‑GGCTTCTTCGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGc < 1:1911281/91‑1 (MQ=255) tAGCCATTAGTTAAGACTCCCTTCTTCGTACACAAATGCATA‑‑‑‑‑‑GGCTTCTTCGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCt < 1:3480051/91‑1 (MQ=255) tAGCCATTAGTTAAGACTCCCTTCTTCGTACACAAATGCATA‑‑‑‑‑‑GGCTTCTTCGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCt < 1:2130220/91‑1 (MQ=255) gCCATTAGTTAAGACTCCCTTCTTCGTACACAAATGCATA‑‑‑‑‑‑GGCTTCTTCGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCttt > 2:1083988/1‑91 (MQ=255) gaagcggagcataaagacatcatcaataaagcgacaaATGCATAGGCTTCTTCGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCg > 2:1410002‑M1/38‑91 (MQ=255) cATTAGTTAAGACTCCCTTCTTCGTACACAAATGCATA‑‑‑‑‑‑GGCTTCTTCGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTAt < 1:3548016/91‑1 (MQ=255) gTTAAGACTCCCTTCTTCGTACACAAATGCATA‑‑‑‑‑‑GGCTTCTTCGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATtgatg < 1:1811801/91‑1 (MQ=255) tAAGACTCCCTTCTTCGTACACAAATGCATA‑‑‑‑‑‑GGCTTCTTCGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTgatgat < 1:229949/91‑1 (MQ=255) aaGACTCCCTTCTTCGTACACAAATGCATA‑‑‑‑‑‑GGCTTCTTCGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGatgatg < 1:1114514/91‑1 (MQ=255) aaGACTCCCTTCTTCGTACACAAATGCATA‑‑‑‑‑‑GGCTTCTTCGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGatgatg < 1:2204952/91‑1 (MQ=255) gACTCCCTTCTTCGTACACAAATGCATA‑‑‑‑‑‑GGCTTCTTCGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTc > 2:3819225/1‑91 (MQ=255) tCCCTTCTTCGTACACAAATGCATA‑‑‑‑‑‑GGCTTCTTCGACACTTGGTTATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCttt < 1:2288053/91‑1 (MQ=255) tCCCTTCTTCGTACACAAATGCATA‑‑‑‑‑‑GGCTTCTTCGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCttt < 1:1566665/91‑1 (MQ=255) tCCCTTCTTCGTACACAAATGCATA‑‑‑‑‑‑GGCTTCTTCGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCttt < 1:23290/91‑1 (MQ=255) cccTTCTTCGTACACAAATGCATA‑‑‑‑‑‑GGCTTCTTCGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTa > 2:2535894/1‑91 (MQ=255) cccTTCTTCGTACACAAATGCATA‑‑‑‑‑‑GGCTTCTTCGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTa < 2:476546/91‑1 (MQ=255) ccTTCTTCGTACACAAATGCATA‑‑‑‑‑‑GGCTTCTTCGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTAt < 2:704447/91‑1 (MQ=255) ttcttcGTACACAAATGCATA‑‑‑‑‑‑GGCTTCTTCGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGc > 1:366858/1‑91 (MQ=255) cttcGTACACAAATGCATA‑‑‑‑‑‑GGCTTCTTCGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTc < 1:430841/91‑1 (MQ=255) tcGTACACAAATGCATA‑‑‑‑‑‑GGCTTCTTCGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCg < 1:1159996/91‑1 (MQ=255) gTACACAAATGCATA‑‑‑‑‑‑GGCTTCTTCGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCt > 1:1536333/1‑91 (MQ=255) tACACAAATGCATA‑‑‑‑‑‑GGCTTCTTCGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCggag < 2:2046258/91‑4 (MQ=255) tACACAAATGCATA‑‑‑‑‑‑GGCTTCTTCGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCtt < 1:54887/91‑1 (MQ=255) tACACAAATGCATA‑‑‑‑‑‑GGCTTCTTCGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCtt < 1:2495864/91‑1 (MQ=255) tACACAAATGCATA‑‑‑‑‑‑GGCTTCTTCGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCtt > 2:860816/1‑91 (MQ=255) acacAAATGCATA‑‑‑‑‑‑GGCTTCTTCGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTc < 2:1957734/91‑1 (MQ=255) acacAAATGCATA‑‑‑‑‑‑GGCTTCTTCGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTc < 1:379837/91‑1 (MQ=255) acacAAATGCATA‑‑‑‑‑‑GGCTTCTTCGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTc < 2:619894/91‑1 (MQ=255) cacaAATGCATA‑‑‑‑‑‑GGCTTCTTCGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCt > 2:486021/1‑91 (MQ=255) caAATGCATA‑‑‑‑‑‑GACTTCTTCGACAGTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTCTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTAt < 2:2958126/91‑1 (MQ=255) tGCATA‑‑‑‑‑‑GGCTTCTTCGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCt < 1:1701222/91‑1 (MQ=255) tGCATA‑‑‑‑‑‑GGCTTCTTCGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCt < 1:3197317/91‑1 (MQ=255) tGCATA‑‑‑‑‑‑GGCTTCTTCGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCt < 1:3864191/91‑1 (MQ=255) gCATA‑‑‑‑‑‑GGCTTCTTCGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTg < 2:83168/91‑1 (MQ=255) cATA‑‑‑‑‑‑GGCTTCTTCGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGc > 1:2648296/1‑91 (MQ=255) cATA‑‑‑‑‑‑GGCTTCTTCGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGc > 2:2264471/1‑91 (MQ=255) cATA‑‑‑‑‑‑GGCTTCTTCGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGc < 1:1512854/91‑1 (MQ=255) tA‑‑‑‑‑‑GGCTTCTTCGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGcca > 2:161781/1‑91 (MQ=255) cgacaaaggctgctgaagacgcgccatatccaagtgtcgaagaagcctTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTc > 1:2837567‑M2/49‑91 (MQ=255) GGCTTCTTCGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGccaac < 1:3629405‑M1/91‑1 (MQ=255) GGCTTCTTCGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGccaac > 1:1274796‑M1/1‑91 (MQ=255) gctgctgaagacgcgccatatccaagtgtcgaagaagcctTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGccaacc > 2:1415282‑M2/41‑91 (MQ=255) gctgctgaagacgcgccatatccaagtgtcgaagaagcctTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGccaacc > 2:3351307‑M2/41‑91 (MQ=255) GCTTCTTCGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGccaacc > 1:641608‑M1/1‑91 (MQ=255) gctgaagacgcgccatatccaagtgtcgaagaagcctTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGCCAACCAAg > 2:1051624‑M2/38‑91 (MQ=255) gctgaagacgcgccatatccaagtgtcgaagaagcctTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGCCAACCAAg > 1:2781509‑M2/38‑91 (MQ=255) gctgaagacgcgccatatccaagtgtcgaagaagcctTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGCCAACCAAg > 1:261811‑M2/38‑91 (MQ=255) gctgaagacgcgccatatccaagtgtcgaagaagcctTTGTCGCGTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGCCAACCAAg > 2:86718‑M2/38‑91 (MQ=255) cttcGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGCCAACCAAGc > 2:2372396/1‑91 (MQ=255) ctgaagacgcgccatatccaagtgtcgaagaagcctTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGCCAACCAAGc > 2:3051834‑M2/37‑91 (MQ=255) ctgaagacgcgccatatccaagtgtcgaagaagcctTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGCCAACCAAGc > 2:3863837‑M2/37‑91 (MQ=255) ttcGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGGTGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGCCAACCAAGca < 2:2944381/91‑1 (MQ=255) ttcGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGCCAACCAAGca > 1:3701370/1‑91 (MQ=255) ttcGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGCCAACCAAGca > 2:1229880/1‑91 (MQ=255) ttcGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGCCAACCAAGca > 2:3422900/1‑91 (MQ=255) tgaagacgcgccatatccaagtgtcgaagaagcctTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGCCAACCAAGca > 2:907223‑M2/36‑91 (MQ=255) cGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGCCAACCAAGcatc < 1:1168921/91‑1 (MQ=255) acacTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGCCAACCAAGcatcat > 1:522982/1‑91 (MQ=255) cacTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGCCAACCAAGCatcatc > 1:851725/1‑91 (MQ=255) acTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGCCAACCAAGCATCATCg > 1:659833/1‑91 (MQ=255) cTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGCCAACCAAGCATCATCGa < 1:2815869/91‑1 (MQ=255) ttGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGCCAACCAAGCATCATCGAt < 1:470149/91‑1 (MQ=255) tGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGCCAACCAAGCATCATCGATa < 1:2670319/91‑1 (MQ=255) tGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGCCAACCAAGCATCATCGATa < 1:3648112/91‑1 (MQ=255) gATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGCCAACCAAGCATCATCGATAAt > 2:2653021/1‑91 (MQ=255) gATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGCCAACCAAGCATCATCGATAAt > 2:2758999/1‑91 (MQ=255) atatGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGCCAACCAAGCATCATCGATAATg < 1:263726/91‑1 (MQ=255) atatGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGCCAACCAAGCATCATCGATAATg > 1:130692/1‑91 (MQ=255) tatGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGCCAACCAAGCATCATCGATAATGc < 1:1070634/91‑1 (MQ=255) tatGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGCCAACCAAGCATCATCGATAATGc < 1:486021/91‑1 (MQ=255) tatGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTGATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTGCTATTTCTGCCAACCAAGCATCATCGATAATGc > 1:3441936/1‑91 (MQ=255) atGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGCCAACCAAGCATCATCGATAATGcc < 1:2514236/91‑1 (MQ=255) atGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGCCAACCAAGCATCATCGATAATGcc < 1:2957916/91‑1 (MQ=255) ggCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGCCAACCAAGCATCATCGATAATGCCAg > 2:1806325/1‑91 (MQ=255) gcgcGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGCCAACCAAGCATCATCGATAATGCCAGc < 2:1879938/91‑1 (MQ=255) gcgcGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGCCAACCAAGCATCATCGATAATGCCAGc > 1:1395625/1‑91 (MQ=255) gcgTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGCCAACCAAGCATCATCGATAATGCCAGCTg < 1:3585289/91‑1 (MQ=255) gcgTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGCCAACCAAGCATCATCGATAATGCCAGCTg > 2:3717303/1‑91 (MQ=255) cTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGCCAACCAAGCATCATCGATAATGCCAGCTGAAAg > 1:2006313/1‑91 (MQ=255) cTTCAGCAGACTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGCCAACCAAGCATCATCGATAATGCCAGCTGAAAg < 1:3706559/91‑1 (MQ=255) ttCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGCCAACCAAGCATCATCGATAATGCCAGCTGAAAGc < 2:3543157/91‑1 (MQ=255) ttCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATCTCTGCCAACCAAGCATCATCGATAATGCCAGCTGAAAGc < 1:230600/91‑1 (MQ=255) cagcagCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGCCAACCAAGTATCATCGATAATGCCAGCTGAAAGCaa < 2:318107/91‑1 (MQ=255) cagcagCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGCCAACCAAGTATCATCGATAATGCCAGCTGAAAGCaa < 2:318218/91‑1 (MQ=255) cagcagCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGCCAACCAAGCATCATCGATAATGCCAGCTGAAAGCaa > 1:1016071/1‑91 (MQ=255) cagcagCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGCCAACCAAGCATCATCGATAATGCCAGCTGAAAGCaa > 1:1109232/1‑91 (MQ=255) cagcagCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGCCAACCAAGCATCATCGATAATGCCAGCTGAAAGCaa < 1:2557530/91‑1 (MQ=255) cagcagCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGCCAACCAAGCATCATCGATAATGCCAGCTGAAAGCaa > 1:3381891/1‑91 (MQ=255) agcagcCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGCCAACCAAGCATCATCGATAATGCCAGCTGAAAGCAAc < 2:3629860/91‑1 (MQ=255) gcagcCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGCCAACCAAGCATCATCGATAATGCCAGCTGAAAGCAAct > 1:788385/1‑91 (MQ=255) cagcCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGCCAACCAAGCATCATCGATAATGCCAGCTGAAAGCAActc < 1:2392279/91‑1 (MQ=255) cagcCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGCCAACCAAGCATCATCGATAATGCCAGCTGAAAGCAActc < 1:1847812/91‑1 (MQ=255) cctTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGCCAACCAAGCATCATCGATAATGCCAGCTGAAAGCAACTCttt > 2:1662888‑M2/4‑91 (MQ=255) ctTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGTTCCGCTTCTAATTCTGCCAACCAAGCATCATCGATAATGCCAGCTGAAAGCAACTCtttt > 1:3366345‑M2/3‑91 (MQ=255) | GATAATTTAGCCATTAGTTAAGACTCCCTTCTTCGTACACAAATGCATA‑‑‑‑‑‑GGCTTCTTCGACACTTGGATATGGCGCGTCTTCAGCAGCCTTTGTCGCTTTATTGATGATGTCTTTATGCTCCGCTTCTATTTCTGCCAACCAAGCATCATCGATAATGCCAGCTGAAAGCAACTCTTTT > USA300TCH1516_ALE/1634281‑1634459 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |