| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2552493 = | 205 (1.080) | 8 (0.050) | 8/140 | NT | 4.3% | coding (749/1734 nt) | USA300HOU_RS13150 | putative ABC transporter ATP‑binding protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2552527 = | 180 (1.080) | coding (715/1734 nt) | USA300HOU_RS13150 | putative ABC transporter ATP‑binding protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 288 total aligned reads displayed.
TATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTCGTATTTTCTTTCGCGAATGATTTTATTACTTG > USA300TCH1516_ALE/2552437‑2552617 | tataATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTa > 2:70339/1‑91 (MQ=255) ataataAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTGTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTAt < 1:1184128/91‑1 (MQ=255) ataaGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTAtttt > 1:287257/1‑91 (MQ=255) aaGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTg < 1:493048/91‑1 (MQ=255) cATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTAt < 2:3572200/91‑1 (MQ=255) tGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTAttt < 1:3531995/91‑1 (MQ=255) tGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTAttt < 1:3750328/91‑1 (MQ=255) gCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTta > 1:2600827/1‑91 (MQ=255) gCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTta > 1:3501788/1‑91 (MQ=255) accaagcagtcaatgaaagtaaacgtataaatacaaaaatagAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCt < 2:1682391‑M1/36‑1 (MQ=255) cAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTtat > 2:1109674/1‑91 (MQ=255) aaCTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTAAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTtata < 2:3273381/91‑1 (MQ=255) tcttaTACTATCATTATTGAAACAATTTTTAATCTTAGTATATTTAATAAATTGAATGGGTTATATTGCATTTCTATTTTTGTTTTTATAc < 2:2389977/87‑1 (MQ=255) cTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACg < 1:860266/91‑1 (MQ=255) tAATAGAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGt < 2:3137694/91‑1 (MQ=255) tAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTGGTATTTATACGt < 1:3002600/91‑1 (MQ=255) aaTACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGtt < 1:165607/91‑1 (MQ=255) aaTACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGtt < 2:742292/91‑1 (MQ=255) aTACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGttt < 2:2924175/91‑1 (MQ=255) aTACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGttt < 2:3286717/91‑1 (MQ=255) tACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTa > 1:3683497/1‑91 (MQ=255) tACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTa > 2:1667665/1‑91 (MQ=255) aCAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTAc > 2:126332/1‑91 (MQ=255) aaTCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACtt > 1:3251960/1‑91 (MQ=255) aTCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACttt > 2:1888582/1‑91 (MQ=255) attattGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCAt < 1:1099568/91‑1 (MQ=255) ttattGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCAtt < 2:1974728/91‑1 (MQ=255) attGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGa > 1:927346/1‑91 (MQ=255) ttGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGAc < 1:797106/91‑1 (MQ=255) gAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTg > 2:2386789/1‑91 (MQ=255) aacaacTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCt < 2:1795151/91‑1 (MQ=255) aacTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTgg > 1:127446/1‑91 (MQ=255) cTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGtt < 1:2793266/91‑1 (MQ=255) cTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGtt < 2:3743897/91‑1 (MQ=255) cTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGtt > 2:2769130/1‑91 (MQ=255) ttttAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTa < 1:2524559/91‑1 (MQ=255) ttttAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTa < 1:2473838/91‑1 (MQ=255) tttAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACt < 2:2106152/71‑1 (MQ=255) tttAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTaa < 1:554198/91‑1 (MQ=255) ttAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTaaa > 1:258884/1‑91 (MQ=255) ttAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTaaa > 2:1166194/1‑91 (MQ=255) ttAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTaaa > 2:1079260/1‑91 (MQ=255) ttAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTaaa < 1:843627/91‑1 (MQ=255) tAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTaaaa > 1:198685/1‑91 (MQ=255) acaaaaatagaaatgcaatatatcccattcaatttattgcatttCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTaaaa > 1:547095‑M2/45‑91 (MQ=255) aaaCTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAAc > 2:533346/1‑91 (MQ=255) aaaCTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAAc > 1:2215414/1‑91 (MQ=255) aaaCTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAAc > 1:529510/1‑91 (MQ=255) aCTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACtt > 2:802972/1‑91 (MQ=255) aCTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACtt > 2:2683959/1‑91 (MQ=255) aCTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACtt > 1:1390407/1‑91 (MQ=255) cTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACttt > 1:1672333/1‑91 (MQ=255) cTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACttt < 2:1071268/91‑1 (MQ=255) tAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACtttt > 1:699906/1‑91 (MQ=255) tAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACtttt > 1:1521174/1‑91 (MQ=255) tAAGTGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGa < 1:3055504/91‑1 (MQ=255) tAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGa > 1:1716043/1‑91 (MQ=255) tAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGa > 1:3853353/1‑91 (MQ=255) ATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTc < 2:2268679‑M1/91‑1 (MQ=255) ATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTc < 1:3669892‑M1/91‑1 (MQ=255) ATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTGGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTc > 2:3449639‑M1/1‑91 (MQ=255) GCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTCGt > 1:2651342‑M1/1‑91 (MQ=255) GCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTCGt > 1:2947140‑M1/1‑91 (MQ=255) tAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTGGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTCGTa > 2:3838497‑M1/2‑91 (MQ=255) CAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTCGTa > 2:2470454‑M1/1‑91 (MQ=255) CAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTCGTa > 2:316902‑M1/1‑91 (MQ=255) CAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTCGTa < 2:1035793‑M1/91‑1 (MQ=255) CAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTCGTa > 2:1490981‑M1/1‑91 (MQ=255) AATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTCGTAt > 1:2777049‑M1/1‑91 (MQ=255) aaTTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTCGTATtttc > 1:1057740/1‑91 (MQ=255) 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ttatatTGCATTTCTATTTTTGAATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTCGTATTTTCTTTCGCGAATg < 2:132112/90‑1 (MQ=255) tatatTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTCGTATTTTCTTTCGCGAATGa < 2:1640162/91‑1 (MQ=255) atatTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTCGTATTTTCTTTCGCGAATGAt < 2:502343/91‑1 (MQ=255) atatTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTCGTATTTTCTTTAGCGAATGAt > 1:3719060/1‑91 (MQ=255) tattgcatttCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTCGTATTTTCTTTCGCGAATGAtt > 2:860278‑M2/11‑91 (MQ=255) tattgcatttCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTCGTATTTTCTTTCGCGAATGAtt < 1:2322289‑M2/81‑1 (MQ=255) tattgcatttCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTCGTATTTTCTTTCGCGAATGAtt < 2:639934‑M2/81‑1 (MQ=255) tattgcatttCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTCGTATTTTCTTTCGCGAATGAtt < 1:726783‑M2/81‑1 (MQ=255) tattgcatttCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTCGTATTTTCTTTCGCGAATGAtt < 2:2115111‑M2/81‑1 (MQ=255) tgcatttCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTCGTATTTTCTTTCGCGAATGATTtta < 1:1457433‑M2/84‑1 (MQ=255) gcatttCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTCGTATTTTCTTTCGCGAATGATTttat > 2:286043‑M2/7‑91 (MQ=255) gcatttCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTCGTATTTTCTTTCGCGAATGATTttat > 2:1697028‑M2/7‑91 (MQ=255) gcatttCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTCGTATTTTCTTTCGCGAATGATTttat < 2:18092‑M2/85‑1 (MQ=255) gcatttCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTCGTATTTTCTGTCGCGAATGATTttat > 2:2976166‑M2/7‑91 (MQ=255) gcatttCTAGTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTCGTATTTTCTTTCGCGAATGATTttat > 1:1950178‑M2/7‑91 (MQ=255) catttCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTCGTATTTTCTTTCGCGAATGATTttatt > 1:2362611‑M2/6‑91 (MQ=255) atttCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTCGTATTTTCTTTCGCGAATGATTttatta > 2:3311487‑M2/5‑91 (MQ=255) tttCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTCGTATTTTCTTTCGCGAATGATTTTATTAc < 2:2028125‑M2/88‑1 (MQ=255) tttCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTCGTATTTTCTTTCGCGAATGATTTTATTAc > 1:1603428‑M2/4‑91 (MQ=255) tCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTCGTATTTTCTTTCGCGAATGATTTTATTACtt < 1:1799787‑M2/90‑1 (MQ=255) cTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTCGTATTTTCTTTCGCGAATGATTTTATTACTTg > 2:2572645/1‑91 (MQ=255) cTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTCGTATTTTCTTTCGCGAATGATTTTATTACTTg < 2:1594257/91‑1 (MQ=255) | TATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTCGTATTTTCTTTCGCGAATGATTTTATTACTTG > USA300TCH1516_ALE/2552437‑2552617 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |