| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 75971 = | 231 (1.310) | 27 (0.190) | 15/148 | 13.0 | 12.8% | intergenic (+29/‑244) | USA300HOU_RS00335/USA300HOU_RS00140 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 76020 = | 177 (1.230) | intergenic (+78/‑195) | USA300HOU_RS00335/USA300HOU_RS00140 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
TGATACAGGTGCAGCAATATTAGTTATATTAAATTCATTACGTTTATTAAAAAAATAAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/76076‑75971‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agtatttaggctttttTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCA > USA300TCH1516_ALE/76020‑76109 gGATACAGGTGCAGCAATATTAGTTATATTAAATTCATTACGTTTATTAAAAAAATAAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAA < 2:337720/90‑1TGATACAGGTGCAGCAATATTAGTTATATTAAATTCATTACGTTTATTAAAAAAATAAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAA > 2:1913940/1‑91TGATACAGGTGCAGCAATATTAGTTATATTAAATTCATTACGTTTATTAAAAAAATAAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAA < 1:234015/91‑1TGATACAGGTGCAGCAATATTAGTTATATTAAATTCATTACGTTTATTAAAAAAATAAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAA > 2:1912815/1‑91 GATACAGGTGCAGCAATATTAGTTATATTAAATTCATTACGTTTATTAAAAAAATAAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAG > 1:752964/1‑91 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GCAGCAATATTAGTTATATTAAATTCATTACGTTTATTAAAAAAATAAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGC < 2:851161/91‑1 GCAGCAATATTAGTTATATTAAATTCATTACGTTTATTAAAAAAATAAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGC < 1:1321904/91‑1 GCAGCAATATTAGTTATATTAAATTCATTACGTTTATTAAAAAAATAAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGC < 1:1838484/91‑1 GCAGCAATATTAGTTATATTAAATTCATTACGTTTATTAAAAAAATAAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGC < 1:1702159/91‑1 CAGCAATATTAGTTATATTAAATTCATTACGTTTATTAAAAAAATAAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCT > 1:2705732/1‑91 CAGCAATATTAGTTATATTAAATTCATTACGTTTATTAAAAAAATAAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCT > 1:2019201/1‑91 CAGCAATATTAGTTATATTAAATTCATTACGTTTATTAAAAAAATAAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCT > 2:532564/1‑91 CAGCAATATTAGTTATATTAAATTCATTACGTTTATTAAAAAAATAAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCT < 2:2519088/91‑1 AGCAATATTAGTTATATTAAATTCATTACGTTTATTAAAAAAATAAAAAAGCCTAAATACTCTCTCGATTTGTGAGAAAGTATTTAGGCTT < 2:2114625/91‑1 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|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |