| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 75971 = | 231 (1.310) | 27 (0.190) | 15/148 | 13.0 | 12.8% | intergenic (+29/‑244) | USA300HOU_RS00335/USA300HOU_RS00140 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 76020 = | 177 (1.230) | intergenic (+78/‑195) | USA300HOU_RS00335/USA300HOU_RS00140 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 215 total aligned reads displayed.
AATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAG > USA300TCH1516_ALE/75930‑76110 | aaTTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCtttttt < 1:2828236/91‑1 (MQ=255) aTTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTa > 1:2159621/1‑91 (MQ=255) tGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTAtt > 2:1655440/1‑91 (MQ=255) tGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTAtt > 1:3034798/1‑91 (MQ=255) gTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTAttt > 1:198897/1‑91 (MQ=255) ttAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTAtttt < 1:793141/91‑1 (MQ=255) ttAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTAtttt < 1:259695/91‑1 (MQ=255) taaataaaCATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTAttttt < 1:2559623/91‑1 (MQ=255) taaataaaCATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTAttttt < 2:1386156/91‑1 (MQ=255) taaataaaCATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTAttttt < 2:1703627/91‑1 (MQ=255) aataaaCATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTAttttttt < 1:963391/91‑1 (MQ=255) taaaCATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTtaa > 1:1860861/1‑91 (MQ=255) aaCATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTtaata < 1:2502679/91‑1 (MQ=255) aaCATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTtaata < 1:2197743/91‑1 (MQ=255) aCATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTtaataa > 2:1774537/1‑91 (MQ=255) aCATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTtaataa > 2:1872542/1‑91 (MQ=255) aTAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAAc < 1:336317/91‑1 (MQ=255) tAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACg < 1:2080668/91‑1 (MQ=255) tAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACg > 1:53369/1‑91 (MQ=255) tAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACg > 2:1183449/1‑91 (MQ=255) tAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACg < 1:839536/91‑1 (MQ=255) aagaagTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGt > 1:1224713/1‑91 (MQ=255) aagaagTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGt < 1:1353263/91‑1 (MQ=255) aagaagTAAGAAAATTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCAAGAGAGTATTTAGACTTATTTATTTTTTTAATATACGt > 2:2670476/1‑91 (MQ=255) agaagTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTCTTTTATTTTTTTAATAAACGTa > 2:2208234/1‑91 (MQ=255) gaagTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAGATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTaa < 2:810093/91‑1 (MQ=255) aagTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAAt > 1:968326/1‑91 (MQ=255) gTAAGAAATTTATTAACTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGa < 2:2966174/91‑1 (MQ=255) aaGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAAt < 2:336341/91‑1 (MQ=255) aaGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAAt < 2:1913758/91‑1 (MQ=255) aGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAAtt > 1:1701857/1‑91 (MQ=255) aGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAAtt > 1:1702240/1‑91 (MQ=255) aGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAAtt < 1:1833939/91‑1 (MQ=255) aGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAAtt > 2:2932207/1‑91 (MQ=255) aaaTTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTa > 2:3014657/1‑91 (MQ=255) aaTTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTaa > 2:389959/1‑91 (MQ=255) aaTTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTaa > 2:535458/1‑91 (MQ=255) aTTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAat > 1:3082830/1‑91 (MQ=255) tattaATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTAttttttt < 2:2107839/67‑1 (MQ=255) aaTTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTa > 1:2654678/1‑91 (MQ=255) aaTTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTa > 2:2773284/1‑91 (MQ=255) aaTTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTa < 1:114805/91‑1 (MQ=255) aTTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTaa < 1:344040/91‑1 (MQ=255) aTTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTaa < 2:358796/91‑1 (MQ=255) tCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAata > 2:418169/1‑91 (MQ=255) tCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAata < 2:914417/91‑1 (MQ=255) 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aGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATtgctg < 2:532564/91‑1 (MQ=255) gCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTCTTCAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATtgctgc > 2:2554579/1‑91 (MQ=255) gCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATtgctgc > 1:1321904/1‑91 (MQ=255) gCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATtgctgc > 2:1096777/1‑91 (MQ=255) ccTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCa < 2:1559760/91‑1 (MQ=255) ccTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCa < 2:3034461/91‑1 (MQ=255) aaaTACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCt > 2:2298069/1‑91 (MQ=255) aCTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTAt < 1:1385608/91‑1 (MQ=255) 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gCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGt < 1:705482/91‑1 (MQ=255) cTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTa > 1:2673206/1‑91 (MQ=255) tttttATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAAt > 1:333206/1‑91 (MQ=255) ttttATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATc < 2:2519385/91‑1 (MQ=255) tttATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTATTcc < 2:1266378/91‑1 (MQ=255) tATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAg < 1:2551423/91‑1 (MQ=255) | AATTGTTAAATAAACATAAGAAGTAAGAAATTTATTAATTCAAAAAGCCTAAATACTTTCTCACAAATCGAGAGAGTATTTAGGCTTTTTTATTTTTTTAATAAACGTAATGAATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAG > USA300TCH1516_ALE/75930‑76110 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |