| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 932460 = | 183 (1.040) | 21 (0.140) | 18/156 | 12.3 | 11.3% | intergenic (+6/+257) | USA300HOU_RS04635/nfuA | hypothetical protein/Fe/S biogenesis protein NfuA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 932506 = | 172 (1.130) | intergenic (+52/+211) | USA300HOU_RS04635/nfuA | hypothetical protein/Fe/S biogenesis protein NfuA | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATTGCCACATATCCAAGCACATATTACTATTCTATTCTATGAAATTTAAAATATAAAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/932561‑932460‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tatgtgctatttTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGGCAATAATAAAATAATTAATCAGATAAATAGTATAAAA > USA300TCH1516_ALE/932506‑932594 ATTGCCACATATCCAAGCACATATTACTATTCTATTCTATGAAATTTAAAATATAAAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCTTTGAGTT > 2:2064311/1‑91ATTGCCACATATCCAAGCACATATTACTATTCTATTCTATGAAATTTAAAATATAAAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTT < 2:337040/91‑1ATTGCCACATATCCAAGCACATATTACTATTCTATTCTATGAAATTTAAAATATAAAAATAGAACATACGCTCAATCAAAATCTTTGAGTT > 2:2063821/1‑91 TTGCCACATATCCAAGCACATATTACTATTCTATTCTATGAAATTTAAAATATAAAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTA > 2:38452/1‑91 TTGCCACATATCCAAGCACATATTACTATTCTATTCTATGAAATTTAAAATATAAAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTA > 2:38431/1‑91 GCCACATATCCAAGCACATATTACTATTCTATTCTATGAAATTTAAAATATAAAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATG > 2:696782/1‑91 GCCACATATCCAAGCACATATTACTATTCTATTCTATGAAATTTAAAATATAAAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATG > 1:2215392/1‑91 CCACATATCCAAGCACATATTACTATTCTATTCTATGAAATTTAAAATATAAAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGT < 1:1080236/91‑1 CCACATATCCAAGCACATATTACTATTCTATTCTATGAAATTTAAAATATAAAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGT < 1:1605823/91‑1 CCACATATCCAAGCACATATTACTATTCTATTCTATGAAATTTAAAATATAAAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGT > 2:2511422/1‑91 CCACATATCCAAGCACATATTACTATTCTATTCTATGAAATTTAAAATATAAAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGT > 1:736849/1‑91 CACATATCCAAGCACATATTACTATTCTATTCTATGAAATTTAAAATATAAAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTG > 1:1747231/1‑91 ACATATCCAAGCACATATTACTATTCTATTCTATGAAATTTAAAATATAAAGATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGC < 1:1235188/91‑1 CATATCCAAGCACATATTACTATTCTATTCTATGAAATTTAAAATATAAAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCT < 2:1591741/91‑1 CATATCCAAGCACATATTACTATTCTATTCTATGAAATTTAAAATATAAAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCT < 2:1588141/91‑1 CATATCCAAGCACATATTACTATTCTATTCTATGAAATTTAAAATATAAAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCT > 2:2407212/1‑91 ATATCCAAGCACATATTACTATTCTATTCTATGAAATTTAAAATATAAAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTA < 2:2126313/91‑1 ATATCCAAGCACATATTACTATTCTATTCTATGAAATTTAAAATATAAAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTA > 1:992116/1‑91 TATCCAAGCACATATTACTATTCTATTCTATGAAATTTAAAATATAAAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTAT < 1:2432020/91‑1 TATCCAAGCACATATTACTATTCTATTCTATGAAATTTAAAATATAAAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTAT < 1:2987510/91‑1 ATCCAAGCACATATTACTATTCTATTCTATGAAATTTAAAATATAAAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATT < 2:2273499/91‑1 TAAAATATAAAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTA‑‑TTTGTATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATG > 2:213068/1‑91 AAATATAAAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGATATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATG > 1:816914/1‑91 AATATAAAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGT > 2:1448843/1‑91 TATAAAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCACAGAATAGAATAGTAATATGTGC > 2:2500292/1‑91 ATAAAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCT > 1:2076634/1‑91 TAAAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTT > 1:879378/1‑91 AAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGG > 1:1809340/1‑91 AAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGA > 2:1375839/1‑91 AATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGAT > 2:1248528/1‑91 TAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATAT > 2:2993389/1‑91 GCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGT > 2:1380893/1‑91 CACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTG > 1:85692/1‑91 CACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTG > 2:1918357/1‑91 ACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGG > 1:2301207/1‑91 CATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGGC > 1:1335482/1‑91 ATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGGCA > 1:1671875/1‑91 ATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGGCA > 1:1671996/1‑91 CGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGGCAATA > 1:2618577/1‑91 CGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTTTAAATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGGCAATA > 1:2618578/1‑91 AATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGGTAATAATAAA > 2:681441/1‑91 AAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGGCAATAATAAAATAA > 2:542380/1‑91 TATGTGTGATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGGCAATAATAAAATAATTAATCAGATAAA < 2:1791171/91‑1 TATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGGCAATAATAAAATAATTAATCAGATAAA > 1:2614430/1‑91 TATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGGCAATAATAAAATAATTAATCAGATAAA > 2:1805949/1‑91 TATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGGCAATAATAAAATAATTAATCAGATAAA > 2:1914676/1‑91 ATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGGCAATAATAAAATAATTAATCAGATAAAT > 2:2485944/1‑91 ATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGGCAATAATAAAATAATTAATCAGATAAAT > 2:337854/1‑91 ATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGGCAATAATAAAATAATTAATCAGATAAAT < 1:2286324/91‑1 ATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGAGCTTGGATATGTGGAAATAATAAAATAATTAATCAGATAAAT > 2:1240246/1‑91 tTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGGCAATAATAAAATAATTAATCAGATAAATAG < 2:3079828/90‑1 GTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGGCAATAATAAAATAATTAATCAGATAAATAG < 2:1596979/91‑1 GTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGGCAATAATAAAATAATTAATCAGATAAATAG < 2:2163426/91‑1 GCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGGCAATAATAAAATAATTAATCAGATAAATAGTA < 1:619965/91‑1 GCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGGCAATAATAAAATAATTAATCAGATAAATAGTA > 1:1406510/1‑91 GCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGGCAATAATAAAATAATTAATCAGATAAATAGTA > 2:1348670/1‑91 ATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGGCAATAATAAAATAATTAATCAGATAAATAGTATAA < 2:2786178/91‑1 ATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGGCAATAATAAAATAATTAATCAGATAAATAGTATAA < 2:1455961/91‑1 ATTTTTATATTCTAAATTTCATAGACTAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGGCAATAATAAAATAATTAATCAGATAAATAGTATAA < 1:2875841/91‑1 TTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGGCAATAATAAAATAATTAATCAGATAAATAGTATAAA < 1:1763055/91‑1 TTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGGCAATAATAAAATAATTAATCAGATAAATAGTATAAAA > 2:1292656/1‑91 TTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGGCAATAATAAAATAATTAATCAGATAAATAGTAGAAAA > 2:1712943/1‑91 ATTGCCACATATCCAAGCACATATTACTATTCTATTCTATGAAATTTAAAATATAAAAATAGCACATACGCTCAATCAAAATCGTTGAGTTATGTGCTATTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/932561‑932460‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tatgtgctatttTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGGCAATAATAAAATAATTAATCAGATAAATAGTATAAAA > USA300TCH1516_ALE/932506‑932594 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |