| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 932460 = | 183 (1.040) | 21 (0.140) | 18/156 | 12.3 | 11.3% | intergenic (+6/+257) | USA300HOU_RS04635/nfuA | hypothetical protein/Fe/S biogenesis protein NfuA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 932506 = | 172 (1.130) | intergenic (+52/+211) | USA300HOU_RS04635/nfuA | hypothetical protein/Fe/S biogenesis protein NfuA | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 192 total aligned reads displayed.
GGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGGCAATAATAAAATAATTAATCAGATAAATAGTATAAAA > USA300TCH1516_ALE/932416‑932594 | gTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTAttttt > 2:2931454/1‑91 (MQ=255) gTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTAttttt > 1:1314984/1‑91 (MQ=255) tGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTta < 1:1474414/91‑1 (MQ=255) aaCCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTtata > 1:2411683/1‑91 (MQ=255) aaCCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTtata < 1:1956911/91‑1 (MQ=255) aCCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTatat > 1:2163426/1‑91 (MQ=255) ccACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATAtt < 2:699325/91‑1 (MQ=255) ccACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATAtt < 1:2541737/91‑1 (MQ=255) ccACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATAtt < 2:458448/91‑1 (MQ=255) ccACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATAtt < 1:2088408/91‑1 (MQ=255) cacaACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATAttt < 2:1072436/91‑1 (MQ=255) cacaACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATAttt < 1:711720/91‑1 (MQ=255) acaACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATAtttt > 2:1948168/1‑91 (MQ=255) caACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTa < 2:584983/91‑1 (MQ=255) caACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTa < 1:953089/91‑1 (MQ=255) caACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTa > 1:2693995/1‑91 (MQ=255) aCCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTaaa > 2:1718456/1‑91 (MQ=255) aCCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTaaa > 2:1275349/1‑91 (MQ=255) cTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAAtt < 2:1738857/91‑1 (MQ=255) cTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAAtt > 2:2642540/1‑91 (MQ=255) gAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTc > 1:469059/1‑91 (MQ=255) gAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTc > 1:1030442/1‑91 (MQ=255) aaGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCa > 2:2350042/1‑91 (MQ=255) aaGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGATATTTTTATATTTTAAATTTCa > 2:2349899/1‑91 (MQ=255) aGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCat > 2:1485098/1‑91 (MQ=255) tAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCatag < 2:1626975/91‑1 (MQ=255) aGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCataga < 1:1763964/91‑1 (MQ=255) aGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCataga < 1:1762478/91‑1 (MQ=255) aGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCataga < 1:304732/91‑1 (MQ=255) gATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCatagaa > 2:2324106/1‑91 (MQ=255) tAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCatagaata < 1:523351/91‑1 (MQ=255) aaaCCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCatagaatag > 1:2556438/1‑91 (MQ=255) aaaCCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCatagaatag < 2:2266163/91‑1 (MQ=255) aaCCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCatagaataga < 2:2257015/91‑1 (MQ=255) aCCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCAtagaatagaa < 1:2142008/91‑1 (MQ=255) aCCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCAtagaatagaa < 2:2433491/91‑1 (MQ=255) ccTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATagaatagaat < 2:2183264/91‑1 (MQ=255) aaaaTTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTa > 1:831485/1‑91 (MQ=255) aaaaTTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTa > 1:1287983/1‑91 (MQ=255) aaaaTTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTa > 1:2353071/1‑91 (MQ=255) aaaTTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTaa > 1:2802595/1‑91 (MQ=255) aaTTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAat < 1:2187165/91‑1 (MQ=255) ttAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAatat > 1:1855479/1‑91 (MQ=255) tAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAAtt < 1:786804/68‑1 (MQ=255) tAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAAtt > 2:786804/1‑68 (MQ=255) tAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATAtg < 1:248538/91‑1 (MQ=255) aaaaTACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATAtgt < 1:2937939/91‑1 (MQ=255) aaaaTACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATAtgt > 2:823976/1‑91 (MQ=255) aaaTACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATAtgtg > 1:1830689/1‑91 (MQ=255) aaaTACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATGTCATAGAATAGAATAGTAATAtgtg > 2:2125339/1‑91 (MQ=255) aaTACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGc > 1:744245/1‑91 (MQ=255) aCAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTg < 2:2185922/91‑1 (MQ=255) cAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTgg < 1:667732/91‑1 (MQ=255) cAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTgg < 1:667698/91‑1 (MQ=255) aTAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGata > 1:2432020/1‑91 (MQ=255) aGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATAtg > 2:1588141/1‑91 (MQ=255) gCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATCTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATAtgt > 1:1235188/1‑91 (MQ=255) acaTAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTgg > 1:1080236/1‑91 (MQ=255) acaTAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTgg > 1:1605823/1‑91 (MQ=255) tAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGGCaa < 2:38431/91‑1 (MQ=255) tAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGGCaa < 2:38452/91‑1 (MQ=255) aaCTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGGCaat > 2:337040/1‑91 (MQ=255) aaCTCAAAGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGATATGTGGCaat < 2:2064311/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |