New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 932460 = | 183 (1.040) | 21 (0.140) | 18/156 | 12.3 | 11.3% | intergenic (+6/+257) | USA300HOU_RS04635/nfuA | hypothetical protein/Fe/S biogenesis protein NfuA |
? | USA300TCH1516_ALE | 932506 = | 172 (1.130) | intergenic (+52/+211) | USA300HOU_RS04635/nfuA | hypothetical protein/Fe/S biogenesis protein NfuA | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 183 total aligned reads displayed.
GAAAGGTTGGGTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGG > USA300TCH1516_ALE/932370‑932549 | gTTGGGTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAg > 1:920654/1‑91 (MQ=255) gTTGGGATAATATGGATGAGCAAATAGCGAAACATAAGAAAGGAGAACCACAACCAGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATaa > 2:1044421/1‑90 (MQ=255) ttGGGTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGc > 2:442916/1‑91 (MQ=255) ttGGGTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGc > 1:2167385/1‑91 (MQ=255) tGGGTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGca < 2:1622171/91‑1 (MQ=255) tGGGTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGca < 2:248285/91‑1 (MQ=255) ggTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGcaca < 2:2487177/91‑1 (MQ=255) gTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACAt > 2:358809/1‑91 (MQ=255) gTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACAt > 2:404397/1‑91 (MQ=255) gTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACAt > 1:2338195/1‑91 (MQ=255) tataTGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAAc < 1:1112748/91‑1 (MQ=255) tataTGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAAc < 1:456508/91‑1 (MQ=255) tatGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTc > 2:2312265/1‑91 (MQ=255) ggATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAAc > 1:339915/1‑91 (MQ=255) gATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACg > 1:1328787/1‑91 (MQ=255) gATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACg > 1:1328911/1‑91 (MQ=255) gAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGAtt < 1:2392595/91‑1 (MQ=255) gAGCAAATAGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTCAAATACAAATAGCACATAACTCAACGAtt < 2:2693392/91‑1 (MQ=255) aGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGAttt > 1:796152/1‑91 (MQ=255) aGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGAttt < 1:1733285/91‑1 (MQ=255) ttGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTttgattg > 1:1010943/1‑91 (MQ=255) tGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACATCCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTttgattga < 2:694000/91‑1 (MQ=255) tGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTttgattga < 1:1842842/91‑1 (MQ=255) gCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAg > 2:1318344/1‑91 (MQ=255) gAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCg > 1:776640/1‑91 (MQ=255) aaaCATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGt > 2:1754584/1‑91 (MQ=255) aaaCATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGt < 1:2198981/91‑1 (MQ=255) aaaCATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGt > 2:1877805/1‑91 (MQ=255) aCATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTAt < 1:43463/91‑1 (MQ=255) aCATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTAt < 2:2239538/91‑1 (MQ=255) aCATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTAt < 2:635251/91‑1 (MQ=255) aCATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGAGTGAGCGTAt < 1:1559230/91‑1 (MQ=255) atatGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTAtgt > 1:2972721/1‑91 (MQ=255) atatGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTAtgt > 1:1463564/1‑91 (MQ=255) atGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGc > 2:1920358/1‑91 (MQ=255) atGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGc < 1:167191/91‑1 (MQ=255) tGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCt < 2:882090/91‑1 (MQ=255) tGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCt > 1:669191/1‑91 (MQ=255) tGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCt > 2:2799463/1‑91 (MQ=255) gAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTa > 2:1395306/1‑91 (MQ=255) gAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTa < 1:569016/91‑1 (MQ=255) aaaGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTAt > 1:440618/1‑91 (MQ=255) aGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTAttt < 1:965644/91‑1 (MQ=255) gTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTAttttt < 1:932292/91‑1 (MQ=255) gTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTAttttt > 1:1314984/1‑91 (MQ=255) gTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTAttttt > 2:2931454/1‑91 (MQ=255) tGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTta < 1:1474535/91‑1 (MQ=255) gAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTatat > 1:2786178/1‑91 (MQ=255) aaCCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTtata < 1:1956911/91‑1 (MQ=255) ccACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATAtt < 1:2088408/91‑1 (MQ=255) ccACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATAtt < 1:2541737/91‑1 (MQ=255) cacaACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATAttt < 1:711720/91‑1 (MQ=255) acaACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATAtttt < 1:2378503/91‑1 (MQ=255) caACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAGCGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTa > 1:2627490/1‑91 (MQ=255) caACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTa > 2:2067998/1‑91 (MQ=255) caACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTa > 1:2693995/1‑91 (MQ=255) aaCCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTaa > 2:3092203/1‑91 (MQ=255) aaCCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTaa > 1:1794261/1‑91 (MQ=255) aCCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTaaa > 2:2202130/1‑91 (MQ=255) aCCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTaaa > 2:1275349/1‑91 (MQ=255) aCCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTaaa > 2:1718587/1‑91 (MQ=255) cTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAAtt < 2:1738857/91‑1 (MQ=255) 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acatAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCAtagaatagaa < 2:556682/88‑1 (MQ=255) aCCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCAtagaatagaa < 1:2142996/91‑1 (MQ=255) aCCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCAtagaatagaa < 2:2433491/91‑1 (MQ=255) ccTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATagaatagaat > 1:510894/1‑91 (MQ=255) ccTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATagaatagaat < 2:2183264/91‑1 (MQ=255) aaaaaTTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGTTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGt > 2:163269/1‑91 (MQ=255) aaaaTTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTa > 1:2353071/1‑91 (MQ=255) aaaaTTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTa > 1:2030283/1‑91 (MQ=255) aaaaTTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTa > 1:1287983/1‑91 (MQ=255) aaaTTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTaa < 2:892144/91‑1 (MQ=255) aaaTTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTaa < 2:1614186/91‑1 (MQ=255) aaaTTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTaa > 1:2802595/1‑91 (MQ=255) aaTTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAat < 1:2187165/91‑1 (MQ=255) aTTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAata < 2:460361/91‑1 (MQ=255) tAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAAtt > 2:787497/1‑68 (MQ=255) tAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAAtt < 1:787497/68‑1 (MQ=255) tAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATAtg < 2:770268/91‑1 (MQ=255) tAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATAtg < 1:248538/91‑1 (MQ=255) aaaaTACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATAtgt < 1:2937939/91‑1 (MQ=255) aaTACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGc > 1:744245/1‑91 (MQ=255) aTACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTTTTTTAGTTTTTGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCt > 2:179667/1‑91 (MQ=255) aTACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCt > 2:197058/1‑91 (MQ=255) aCAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTg < 2:2185922/91‑1 (MQ=255) aCAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTg < 1:212222/91‑1 (MQ=255) aCAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTg > 1:2420512/1‑91 (MQ=255) aCAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTg < 2:110744/91‑1 (MQ=255) aCAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTg < 2:2587361/91‑1 (MQ=255) cAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTgg < 1:667698/91‑1 (MQ=255) cAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTgg < 1:667732/91‑1 (MQ=255) cAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTgg < 2:2344088/91‑1 (MQ=255) | GAAAGGTTGGGTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAAATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGG > USA300TCH1516_ALE/932370‑932549 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |