| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1662000 = | 183 (1.040) | 28 (0.180) | 17/156 | 12.8 | 15.1% | intergenic (‑87/+68) | USA300HOU_RS08275/rpmG2_2 | 5‑formyltetrahydrofolate cyclo‑ligase/50S ribosomal protein L33 2 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1662039 = | 157 (1.030) | intergenic (‑126/+29) | USA300HOU_RS08275/rpmG2_2 | 5‑formyltetrahydrofolate cyclo‑ligase/50S ribosomal protein L33 2 | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AAACAAACAAACTTTACACCGTGAAACAAAATAATCATTAAAATTAAATTTAAATTAACAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTTCACCTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1662101‑1662000‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tttcacctttttTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCACGTGAACAGAATTTCTTCATTTCA > USA300TCH1516_ALE/1662039‑1662128 AAACAAACAAACTTTACACCGTGAAACAAAATAATCATTAAAATTAAATTTAAATTAACAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGT < 2:1873536/91‑1AAACAAACAAACTTTACACCGTGAAACAAAATAATCATTAAAATTAAATTTAAATTAACAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGT > 2:1469705/1‑91AAACAAACAAACTTTACACCGTGAAACAAAATAATCATTAAAATTAAATTTAAATTAACAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGT > 2:1063753/1‑91 AACAAACAAACTTTACACCGTGAAACAAAATAATCATTAAAATTAAATTTAAATTAACAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTT < 1:2223061/91‑1 ACAAACAAACTTTACACCGTGAAACAAAATAATCATTAAAATTAAATTTAAATTAACAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTT < 2:2311614/91‑1 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|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |