New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1662000 = | 183 (1.040) | 28 (0.180) | 17/156 | 12.8 | 15.1% | intergenic (‑87/+68) | USA300HOU_RS08275/rpmG2_2 | 5‑formyltetrahydrofolate cyclo‑ligase/50S ribosomal protein L33 2 |
? | USA300TCH1516_ALE | 1662039 = | 157 (1.030) | intergenic (‑126/+29) | USA300HOU_RS08275/rpmG2_2 | 5‑formyltetrahydrofolate cyclo‑ligase/50S ribosomal protein L33 2 | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
ATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTTTCACGTGAACAGAATTTCTTCATTTCAA > USA300TCH1516_ALE/1661949‑1662129 | aTTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCtttttt < 1:256106/91‑1 (MQ=255) aTTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCtttttt < 1:256038/91‑1 (MQ=255) tttATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTa < 1:1189994/91‑1 (MQ=255) tattatTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTAtt > 1:824640/1‑91 (MQ=255) tattatTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTAtt > 1:824343/1‑91 (MQ=255) ttattTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGt < 2:616443/91‑1 (MQ=255) tattTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTAACCTTTTTTATTGtt > 2:752109/1‑91 (MQ=255) attTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTa < 2:117070/91‑1 (MQ=255) attTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTGCACCTTTTTTATTGTTa > 1:2651953/1‑91 (MQ=255) tCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTaatt < 2:20837/91‑1 (MQ=255) ttGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTaatttaaa < 1:2858831/91‑1 (MQ=255) gAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTaatttaaatt < 1:28765/91‑1 (MQ=255) aaaaTCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTaatttaaattt > 2:1079246/1‑91 (MQ=255) aaaaTCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTaatttaaattt > 1:1569261/1‑91 (MQ=255) 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ttATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAAtttaattttaa > 1:2388859/1‑91 (MQ=255) ttATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAAtttaattttaa < 2:2781548/91‑1 (MQ=255) tATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAAtttaattttaat < 1:1509161/91‑1 (MQ=255) aTCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATg < 1:2078231/91‑1 (MQ=255) aTCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATg > 1:1457234/1‑91 (MQ=255) aTCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATg < 2:865523/91‑1 (MQ=255) cATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGat < 2:2927668/91‑1 (MQ=255) ttCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGattat < 1:1292564/91‑1 (MQ=255) 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tAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGgtg > 1:2002862/1‑91 (MQ=255) aaTTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGgtgt < 2:334523/91‑1 (MQ=255) aaTTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGgtgt < 1:2826553/91‑1 (MQ=255) ttAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTaa < 1:156417/91‑1 (MQ=255) tAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTaaa > 1:1368621/1‑91 (MQ=255) aaaaaGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAg < 2:1597153/91‑1 (MQ=255) aaaaaGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAg > 1:2222340/1‑91 (MQ=255) aaaaGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAgt > 1:599726/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |