| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1662000 = | 183 (1.040) | 28 (0.180) | 17/156 | 12.8 | 15.1% | intergenic (‑87/+68) | USA300HOU_RS08275/rpmG2_2 | 5‑formyltetrahydrofolate cyclo‑ligase/50S ribosomal protein L33 2 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1662039 = | 157 (1.030) | intergenic (‑126/+29) | USA300HOU_RS08275/rpmG2_2 | 5‑formyltetrahydrofolate cyclo‑ligase/50S ribosomal protein L33 2 | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 187 total aligned reads displayed.
TCATTATGTTGTCATGATGAATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAG > USA300TCH1516_ALE/1661910‑1662090 | tCATTATGTTGTCATGATGAATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTa > 1:2122385/1‑91 (MQ=255) aTTATGTTGTCATGATGAATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTaaa > 1:3031819/1‑91 (MQ=255) ttATGTTGTCATGATGAATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTaaaa > 1:997153/1‑91 (MQ=255) ttATGTTGTCATGACGAATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTaaaa < 1:1826071/91‑1 (MQ=255) aTGTTGTCATGATGAATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAg < 1:2006544/91‑1 (MQ=255) tgttgtCATGATGAATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAgg < 1:465590/91‑1 (MQ=255) tgttgtCATGATGAATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAgg > 2:2367074/1‑91 (MQ=255) tgttgtCATGATGAATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAgg > 2:2016692/1‑91 (MQ=255) ttgtCATGATGAATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTg < 2:277505/91‑1 (MQ=255) ttgtCATGATGAATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTg > 1:1255200/1‑91 (MQ=255) tgtCATGATGAATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGa > 1:1975405/1‑91 (MQ=255) gtCATGATGAATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGaa < 1:1011503/91‑1 (MQ=255) gtCATGATGAATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGaa > 2:2108642/1‑91 (MQ=255) tCATGATGAATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGaaa > 2:2084990/1‑91 (MQ=255) tCATGATGAATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGaaa > 2:1633958/1‑91 (MQ=255) tCATGATGAATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGaaa > 1:1116430/1‑91 (MQ=255) cATGATGAATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAAc < 2:74671/91‑1 (MQ=255) atgatgAATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAAcc < 2:875061/91‑1 (MQ=255) gatgaATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACctc < 2:2254187/91‑1 (MQ=255) gatgaATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACctc < 1:1946702/91‑1 (MQ=255) gatgaATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACctc < 1:2873155/91‑1 (MQ=255) atgaATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACctct < 2:567852/91‑1 (MQ=255) atgaATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACctct > 1:273387/1‑91 (MQ=255) aaTTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAAtctcaaaa < 2:1899504/91‑5 (MQ=255) aaTTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTAt < 1:1434154/91‑1 (MQ=255) aTTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTAtt < 1:681199/91‑1 (MQ=255) aTTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTAtt > 2:809042/1‑91 (MQ=255) aTTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTAtt > 2:988483/1‑91 (MQ=255) ttATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTAttt < 2:2122433/91‑1 (MQ=255) tATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTAtttt < 1:2671299/91‑1 (MQ=255) aTGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTg < 1:100037/91‑1 (MQ=255) aTGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTg < 2:2711034/91‑1 (MQ=255) gCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTgag > 1:2248143/1‑91 (MQ=255) gCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCATTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTgag > 2:604383/1‑91 (MQ=255) aCAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGAtt < 2:351828/91‑1 (MQ=255) aCAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGAtt < 2:3059727/91‑1 (MQ=255) ttCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCAc > 2:1341642/1‑91 (MQ=255) tCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCAcc < 1:103755/91‑1 (MQ=255) tCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCAcc < 2:162376/91‑1 (MQ=255) tCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCAcc < 1:458512/91‑1 (MQ=255) tAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCtt < 1:2826578/91‑1 (MQ=255) aaaaTTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCttt > 1:1247269/1‑91 (MQ=255) aaaaTTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCttt > 1:1513363/1‑91 (MQ=255) aaaaTTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCttt > 1:1798044/1‑91 (MQ=255) aaaTTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCtttt > 2:2597590/1‑91 (MQ=255) aaTTTGTTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCttttt < 2:2505223/91‑1 (MQ=255) aaTTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCttttt > 1:1384864/1‑91 (MQ=255) aTTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCtttttt < 1:256038/91‑1 (MQ=255) aTTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCtttttt < 1:256235/91‑1 (MQ=255) aTTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCtttttt < 1:256106/91‑1 (MQ=255) aTTTATTATCTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCtttttt < 1:2961869/91‑1 (MQ=255) tattatTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTAtt > 1:824343/1‑91 (MQ=255) tattatTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTAtt > 1:824640/1‑91 (MQ=255) attattTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTg < 2:1070725/91‑1 (MQ=255) ttattTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGt > 2:7635/1‑91 (MQ=255) ttattTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGt > 2:2160575/1‑91 (MQ=255) attTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTa < 2:117070/91‑1 (MQ=255) ttGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTaatttaaa > 2:1541469/1‑91 (MQ=255) ttGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTaatttaaa < 1:2858831/91‑1 (MQ=255) aaaaTCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTaatttaaattt > 1:1506091/1‑91 (MQ=255) aaaaTCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTaatttaaattt > 1:2855441/1‑91 (MQ=255) aaaTCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTaatttaaattta > 2:643917/1‑91 (MQ=255) aTCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAaatttaat < 2:3031042/91‑1 (MQ=255) ttttATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAAtttaatttt > 1:1536068/1‑91 (MQ=255) tttATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAAtttaatttta < 1:1189009/91‑1 (MQ=255) ttATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAAtttaattttaa < 2:3081723/91‑1 (MQ=255) ttATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAAtttaattttaa > 2:1767855/1‑91 (MQ=255) ttATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAAtttaattttaa < 2:2781548/91‑1 (MQ=255) ttATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAAtttaattttaa > 1:2388859/1‑91 (MQ=255) tATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAAtttaattttaat > 1:2059949/1‑91 (MQ=255) 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gtgCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCa > 1:1717472/1‑91 (MQ=255) tgCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCAc < 1:200682/91‑1 (MQ=255) tgCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCAc < 1:1292971/91‑1 (MQ=255) cATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACgg > 2:426911/1‑91 (MQ=255) cATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACgg > 1:749442/1‑91 (MQ=255) cATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACgg > 1:962246/1‑91 (MQ=255) aacaaTAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTTCACCTTTTTAATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACgg > 1:739075/4‑91 (MQ=2) tAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGgtg > 1:345564/1‑91 (MQ=255) ttAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTaa < 1:1201627/91‑1 (MQ=255) ttAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTaa < 2:2313178/91‑1 (MQ=255) ttAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTaa < 1:156417/91‑1 (MQ=255) taaaaaaGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTaa < 1:3018975/89‑1 (MQ=255) tAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTaaa > 1:468820/1‑91 (MQ=255) tAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTaaa > 1:1368621/1‑91 (MQ=255) | TCATTATGTTGTCATGATGAATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAG > USA300TCH1516_ALE/1661910‑1662090 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |