| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2661788 = | 196 (1.110) | 26 (0.180) | 16/148 | 12.6 | 14.1% | intergenic (‑181/‑140) | ybiV/yydI | Sugar phosphatase YbiV/putative peptide export ATP‑binding protein YydI |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2661832 = | 157 (1.090) | intergenic (‑225/‑96) | ybiV/yydI | Sugar phosphatase YbiV/putative peptide export ATP‑binding protein YydI | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
ACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTGTGATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2661893‑2661788‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaatatagtgtgatatACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTT > USA300TCH1516_ALE/2661832‑2661921 ACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATA < 1:2506140/91‑1ACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATA > 1:883745/1‑91 CCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAA < 1:3087379/91‑1 CCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAA < 2:81329/91‑1 CGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAA < 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AATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTT < 2:1651518/91‑1 AATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTT < 1:2264051/91‑1 AATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTT < 1:2598779/91‑1 AATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTT > 2:2889214/1‑91 AATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTT < 1:745092/91‑1 AATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTT < 2:1651448/91‑1 AATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTT < 2:1141629/91‑1 TATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTA < 2:274166/91‑1 TATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTA < 2:743294/91‑1 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USA300TCH1516_ALE/2661832‑2661921 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |