| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2661788 = | 196 (1.110) | 26 (0.180) | 16/148 | 12.6 | 14.1% | intergenic (‑181/‑140) | ybiV/yydI | Sugar phosphatase YbiV/putative peptide export ATP‑binding protein YydI |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2661832 = | 157 (1.090) | intergenic (‑225/‑96) | ybiV/yydI | Sugar phosphatase YbiV/putative peptide export ATP‑binding protein YydI | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
GGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTG > USA300TCH1516_ALE/2661742‑2661922 | gATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATAc < 2:1533659/91‑1 (MQ=255) atatTGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACt < 1:2576200/91‑1 (MQ=255) atatAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACt < 1:1005832/91‑1 (MQ=255) tataGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTa > 2:275050/1‑91 (MQ=255) aGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAAtt > 1:2304687/1‑91 (MQ=255) gCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAAttt > 2:2155490/1‑91 (MQ=255) aTTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTtat < 2:3044289/91‑1 (MQ=255) tCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATaa < 1:614588/91‑1 (MQ=255) tCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATaa > 2:912520/1‑91 (MQ=255) cAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAAc > 1:1329750/1‑91 (MQ=255) cAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAAc > 1:2236832/1‑91 (MQ=255) cAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAAc > 1:315558/1‑91 (MQ=255) gagGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACAt < 2:512329/91‑1 (MQ=255) gagGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACAt > 1:2737905/1‑91 (MQ=255) 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tCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGaa > 1:33003/1‑91 (MQ=255) tCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGaa > 2:1911442/1‑91 (MQ=255) tCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGaa > 2:574070/1‑91 (MQ=255) aaTATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGaa > 2:403326/1‑91 (MQ=255) atatTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAAt > 2:3029239/1‑91 (MQ=255) tatTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAAtt < 2:1739430/91‑1 (MQ=255) tatTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAAtt > 2:1514180/1‑91 (MQ=255) atTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAAttt < 1:415810/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |