New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2696548 = | 162 (0.920) | 29 (0.190) | 16/160 | 13.6 | 16.8% | intergenic (+100/‑140) | USA300HOU_RS13875/copA | hypothetical protein/Copper‑exporting P‑type ATPase A |
? | USA300TCH1516_ALE | 2696587 = | 143 (0.920) | intergenic (+139/‑101) | USA300HOU_RS13875/copA | hypothetical protein/Copper‑exporting P‑type ATPase A | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 168 total aligned reads displayed.
GAATTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCT > USA300TCH1516_ALE/2696458‑2696638 | gAATTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTa > 2:1243330/1‑91 (MQ=255) gAATTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTa < 1:228390/91‑1 (MQ=255) aTTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTaga > 1:2528847/1‑91 (MQ=255) aTTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTaga < 1:1434807/91‑1 (MQ=255) aTTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTaga < 1:2322038/91‑1 (MQ=255) aTTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTGTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTaga < 1:2532477/91‑1 (MQ=255) ttGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTagag < 1:2599511/91‑1 (MQ=255) ttGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTagag < 1:1868020/91‑1 (MQ=255) tGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTagaga > 1:1018651/1‑91 (MQ=255) gCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTagagag > 2:1617205/1‑91 (MQ=255) gCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTagagag > 1:240318/1‑91 (MQ=255) gCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTagagag < 1:2251082/91‑1 (MQ=255) aaaTCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGAt > 2:343058/1‑91 (MQ=255) ccAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGAttgtt < 2:2843473/91‑1 (MQ=255) cAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGAttgttg < 2:2053776/91‑1 (MQ=255) cAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGAttgttg < 1:1571440/91‑1 (MQ=255) gAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTtgtg < 2:2981409/91‑1 (MQ=255) aaGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGc > 1:1697009/1‑91 (MQ=255) aGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCa < 1:2087938/91‑1 (MQ=255) aGTAATTTAAGTTTTACTTTTCATTGATACATAGTTTAATATTAATTATGAATTTTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCa > 2:286691/1‑91 (MQ=255) gTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCaa < 2:2227153/91‑1 (MQ=255) tCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAAt > 2:1023078/1‑91 (MQ=255) aTTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGt < 2:1725400/91‑1 (MQ=255) tttAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGtt > 1:2131414/1‑91 (MQ=255) tAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTg > 2:2603537/1‑91 (MQ=255) aGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCa < 1:1726653/91‑1 (MQ=255) aGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCa < 1:2862029/91‑1 (MQ=255) aGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGAATGTTGTGCAATGTTTGCa < 1:2863842/91‑1 (MQ=255) ttttACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACg < 2:1386623/91‑1 (MQ=255) ttACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACggg > 2:3079060/1‑90 (MQ=255) ttACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGc > 2:3079001/1‑91 (MQ=255) tACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCa > 1:1820460/1‑91 (MQ=255) aCCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCaa < 1:2730682/91‑1 (MQ=255) ccTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAAt < 1:1000278/91‑1 (MQ=255) ccTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAAt < 1:999967/91‑1 (MQ=255) cTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAAtc < 2:1654397/91‑1 (MQ=255) cTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAAtc < 1:70454/91‑1 (MQ=255) tttCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAAtct < 2:2162647/91‑1 (MQ=255) tttCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAAtct < 2:2162582/91‑1 (MQ=255) tcattcatACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGATAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAAtctct > 1:2754215/1‑91 (MQ=255) cattcatACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAAtctctc < 1:630715/91‑1 (MQ=255) cattcatACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAAtctctc < 1:538102/91‑1 (MQ=255) tcatACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCtcttt < 2:2585949/91‑1 (MQ=255) atACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCtcttttt < 1:2705323/91‑1 (MQ=255) tACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCtctttttc < 1:2581855/91‑1 (MQ=255) aCATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCtctttttct < 2:924859/91‑1 (MQ=255) aCATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCtctttttct < 2:838923/91‑1 (MQ=255) aCATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTACACGGCAATCTCtctttttct > 1:2300862/1‑91 (MQ=255) cATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCtctttttctt < 2:916871/91‑1 (MQ=255) aTCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCtctttttcttt < 2:939856/91‑1 (MQ=255) aTCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCtctttttcttt < 2:1526792/91‑1 (MQ=255) tCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCtctttttctttt > 2:307491/1‑91 (MQ=255) tCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCtctttttctttt > 1:1152291/1‑91 (MQ=255) ccTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTctttttcttttt < 1:774959/91‑1 (MQ=255) ccTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTctttttcttttt < 1:2218209/91‑1 (MQ=255) ccTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTctttttcttttt > 1:600329/1‑91 (MQ=255) tAATATTAATTACGGCTTCTTTTATATAGATGCTCAGTAGAGGGTTTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTaaaa < 2:2993149/91‑1 (MQ=255) tAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTATAGAGAGTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTaaaa < 2:1218159/91‑1 (MQ=255) tAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTaaaa < 2:744757/91‑1 (MQ=255) tAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTaaaa < 1:1414985/91‑1 (MQ=255) tAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTaaaa < 2:439610/91‑1 (MQ=255) aaTATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAAt < 2:1545051/91‑1 (MQ=255) aaTATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAAt > 1:2043347/1‑91 (MQ=255) attaCGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGgtaaa < 2:1234061/91‑1 (MQ=255) attaCGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGgtaaa > 2:2346440/1‑91 (MQ=255) ttaCGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGgtaaaa > 2:2262493/1‑91 (MQ=255) ttaCGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGgtaaaa > 2:2263894/1‑91 (MQ=255) taCGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGgtaaaag < 1:276749/91‑1 (MQ=255) taCGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGgtaaaag > 1:2834010/1‑91 (MQ=255) aCGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGgtaaaagt < 1:1993204/91‑1 (MQ=255) cGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGgtaaaagta > 2:2757799/1‑91 (MQ=255) aCTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGgtaaaagtaaa > 1:2379605/1‑91 (MQ=255) aCTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTATTAAAATTGgtaaaagtaaa > 2:674718/1‑91 (MQ=255) cttcttTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGgtaaaagtaaaa < 1:343058/91‑1 (MQ=255) tcttTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACg > 2:2034276/1‑91 (MQ=255) cttTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGc < 1:134925/91‑1 (MQ=255) ttATATATATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAAc < 1:1556014/91‑1 (MQ=255) ttATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCACTGTTTGCACGGCAATCTCTCCTTGTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAAc > 2:265021/1‑91 (MQ=255) 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tGCTAAGTAGTGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACTGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACtt < 2:878896/91‑1 (MQ=255) tGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACtt < 2:2377880/91‑1 (MQ=255) gCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTta > 2:1101502/1‑91 (MQ=255) cTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTtat < 2:2996916/91‑1 (MQ=255) aaGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTtatat > 2:969133/1‑91 (MQ=255) aaGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTtatat < 2:176286/91‑1 (MQ=255) aaaagagagATTGCCGTGCAAACATTGCACAACAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTtatata > 2:2556364/4‑91 (MQ=17) aaaagagagATTGCCGTGCAAACATTGCACAACAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTtatata > 2:1016608/4‑91 (MQ=17) aGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTtatata > 1:1639025/1‑91 (MQ=255) gTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATAc > 2:852880/1‑91 (MQ=255) gTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATAc < 1:455595/91‑1 (MQ=255) aaagagagATTGCCGTGCAAACATTGCACAACAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATAc > 1:1407027/3‑91 (MQ=17) aagagagATTGCCGTGCAAACATTGCACAACAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATAcc > 1:1072366/2‑91 (MQ=18) agagagATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCt > 2:2589461/1‑91 (MQ=255) | GAATTGCAAATCCAGAAGTCATTTAAGTTTTACCTTTCATTCATACATCCTTTAATATTAATTACGACTTCTTTTATATAGATGCTAAGTAGAGAGATTGTTGTGCAATGTTTGCACGGCAATCTCTCTTTTTCTTTTTAAAATTGGTAAAAGTAAAACGCAACGATTGACTTATATACCT > USA300TCH1516_ALE/2696458‑2696638 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |