| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2082368 = | 80 (1.240) | 3 (0.050) | 3/238 | NT | 4.0% | intergenic (+9/+315) | aspC/USA300HOU_RS10520 | Aspartate aminotransferase/65 kDa membrane protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2082406 = | 72 (1.220) | intergenic (+47/+277) | aspC/USA300HOU_RS10520 | Aspartate aminotransferase/65 kDa membrane protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AACAGATATTCGTATTGCGTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCAAACACTATACCTAATTAGTTTTATACATCTCTCCTAACAAAATCAAAAAATCGGACAGATGAAAAGTAAAA > USA300TCH1516_ALE/2082266‑2082542 | aaCAGATATTCGTATTGCGTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGttt > 2:354091/1‑141 (MQ=255) agtgATATTCATCTTGAGTTAAGTTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGTCTCGGATTATTGGtttt < 2:749438/138‑1 (MQ=255) cAGATATTCGTATTGCGTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAATCAATAATCTGATGAGTATTACGCGGATTATTGGttttt < 1:431784/141‑1 (MQ=255) atTCGTATTGCGTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTtttttattt < 1:554767/141‑1 (MQ=255) atTCGTATTCCGTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTtttttattt > 2:733059/1‑141 (MQ=255) tCGTATTGCGTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATTCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTtttttattttt < 1:419448/141‑1 (MQ=255) tCGTAATTCGGTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACCTGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTtttttattttt < 1:52249/141‑1 (MQ=255) cGTATTGCGTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTtttttattttta < 2:446332/141‑1 (MQ=255) gTATTGCGTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTaa < 1:445815/141‑1 (MQ=255) gTATTGCGTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGAGAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTaa < 1:226544/141‑1 (MQ=255) cGTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAattat < 1:602215/141‑1 (MQ=255) cGTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCCGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAattat > 1:15678/1‑141 (MQ=255) tAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATTCTAAATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCct < 2:697009/141‑1 (MQ=255) tAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCct < 1:477275/141‑1 (MQ=255) tAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCct > 1:196939/1‑141 (MQ=255) tAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATCACTCGGATTATTGCTTTTTTATTTTTAAAATTATTCct < 1:496958/141‑1 (MQ=255) aGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCctt > 1:228322/1‑141 (MQ=255) gCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCATTAATCTGATGAGTATGGCTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCcttc > 1:225769/1‑141 (MQ=255) gCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCcttc < 1:88225/141‑1 (MQ=255) gCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCcttc > 1:262394/1‑141 (MQ=255) ggtatagtgtttgacaagttgctgaataaaatatatcttatgatcctttgaaagtaggaataattttaaaaatacaaAACCAATAATATGATGAGTTAGACATGGATGAAATGTTTTTAATTTTTAAAATTATTCcttctt < 2:644933‑M1/64‑1 (MQ=255) gtgtAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCttt > 1:419664/1‑141 (MQ=255) gtgtAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCttt > 1:665548/1‑141 (MQ=255) tgtAGAAAAAGAAGCTATCCCAAATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAAGAATCTGATGAGTATGCCTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTc < 1:202188/141‑1 (MQ=255) tgtAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTc < 1:36839/141‑1 (MQ=255) tggagtaaaaGAAGCTATGCCGCATGTATTTGATTCGATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCATTAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTc < 2:714364/135‑1 (MQ=255) tatagtgtttgacaagttgctgaataaaatatatcttatgatactttgaaagaatgaataattttaaaaataaaaaaccaataatccgcggcatactcatcagatgatgagtaTTTTATGTTTAAAATAATAGCTTCTTTc > 1:92474‑M2/114‑141 (MQ=255) tatagtgtttgacaagttgctgaataaaatatatcttatgatactttgaaagaaggaataattttaaaaataaaaaaccaataatctgatgagtatgactcggattattggttTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTctttt > 2:92474‑M2/114‑140 (MQ=255) gtAGAAAAAGAAGATATCCCACCTGGATATCACTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTACTTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACGCGGATTATTGGTTTTTCATTTTTAAAATTATTGCTTCTTTCa < 2:348649/141‑1 (MQ=255) gAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAACGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCCACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAg < 2:1637/141‑1 (MQ=255) aaaaGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTa < 2:95516/141‑1 (MQ=255) aagaagATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATc > 1:32530/1‑141 (MQ=255) aagaagATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATc > 1:427513/1‑141 (MQ=255) gaagaTATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCAt > 1:475302/1‑141 (MQ=255) gaagaTATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCAt > 2:111592/1‑141 (MQ=255) aagaTATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATa < 1:654391/141‑1 (MQ=255) tatCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGat > 1:79757/1‑141 (MQ=255) atCCCACATGTATTTGATTCAATTGATAGTGCCATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTTAAATTATTCTTTCTTTCAAAGTGTCGTTAGatt > 2:710812/1‑140 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2:702287/1‑141 (MQ=255) aGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCAAACACTATACCTAATTAGTTTTATACATCTCTCCTAACAAAATCAAAAAATCg < 1:189274/141‑1 (MQ=255) aTGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCAAACACTATACCTAATTAGTTTTATACATCTCTCCTAACAAAATCAAAAAATCGGAc < 2:733561/141‑1 (MQ=255) tGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTCTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCAAACACTATACCTAATTAGTTTTATACATCTCTCCTAACAAAATCAAAAAATCGGACa < 1:48206/141‑1 (MQ=255) tCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCAAACACTATACCTAATTAGTTTTATACATCTCTCCTAACAAAATCAAAACATCGGACAGATg > 1:557773/1‑141 (MQ=255) tattggttTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCAAACACTATACCTAATTAGTTTTATACATCTCTCCTAACAAAATCAAAAAATCGGACAGATGAAAAGt < 1:581802‑M2/133‑1 (MQ=255) tattggttTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCAAACACTATACCTAATTAGTTTTATACATCTCTCCTAACAAAATCAAAAAATCGGACAGATGAAAAGt < 2:75889‑M2/133‑1 (MQ=255) ttggttTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCTACTTGTCAAACACTATACCTAATTAGTTTTATACATCACTCCTAACAAAGTCAAAAAATCGGACAGATGAAAAGTaa < 2:231413‑M2/135‑1 (MQ=255) tggttTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCAAACACTATACCTAATTAGTTTTATACATCTCTCCTAACAAAATCAAAAAATCGGACAGATGAAAAGTaaa < 1:354091‑M2/136‑1 (MQ=255) tggttTTTTATTTTAAAAATTATTCCTTCCTTCAAAGTACCAAAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCAAACACTATACCTAATTAGGTTTATACATCTCTCCTAACAAAATCAAAAAATCGGACAGATGAAAAGTaaa < 1:65363‑M2/136‑1 (MQ=255) ggttTTTTTTTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCAAACACTATACCTAATTAGTTTTATACATCTCTCCTAACAAAATCAAAAAATCGGACAGATGAAAAGTaaaa < 1:710812‑M2/137‑1 (MQ=255) | AACAGATATTCGTATTGCGTTTAGCTGTGTAGAAAAAGAAGATATCCCACATGTATTTGATTCAATTGCTAAAGCGATTGATGACTTAAGATAATTAATTTCAACCAATAATCTGATGAGTATGACTCGGATTATTGGTTTTTTATTTTTAAAATTATTCCTTCTTTCAAAGTATCATAAGATATATTTTATTCAGCAACTTGTCAAACACTATACCTAATTAGTTTTATACATCTCTCCTAACAAAATCAAAAAATCGGACAGATGAAAAGTAAAA > USA300TCH1516_ALE/2082266‑2082542 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |