| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | NC_012417 | 2316 = | 1149 (1.000) | 3 (0.000) | 3/248 | NT | 0.27% | coding (359/582 nt) | USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein |
| ? | NC_012417 | 2352 = | 1124 (1.020) | coding (323/582 nt) | USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 1278 total aligned reads displayed.
CAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTTTTTGGCTTTAACATCTTCAAAAACTGCTGTGATTATGTTTCCAGTTAAAAGTTCTCCATATGAGTTTAAAACTTCAGAATAGAAACAGTCACCGCTATTTTTGTAGTTCCCACCAACTGCTCTAGGTGATATTGAACTAGTTTTCTTTTTATTCTCTATGTCGTTTTTTAGTTTTTGGAATCCTTCAGGAACATATCCATATCGAGATTTGGCATTTTCTAGATTAACATCTTTAGCTGTTCCG > NC_012417/2176‑2456 | cAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTTTTTGGCTTTAACATCTTCAAAAACTGCTGTGATTATGTTTCCAGTTAAAAGTTCTCCATATGAGTTTAAAACTTCAGAATAGAAACAGTCACCGCTATTTTTGt < 1:632514/141‑1 (MQ=255) ttAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTTTTTGGCTTTAACATCTTCAAAAACTGCTGTGATTATGTTTCCAGTTAAAAGTTCTCCATATGAGTTTAAAACTTCAGAATAGAAACAGTCACCGCTATTTTTGTAGTTc < 2:578133/141‑1 (MQ=255) atatggcaaaatttttattttagataaagccggaacagctaaagatgttaatctagaaaatgccaaatctcgatatggatatgttcctgaaggattccaaaaactaaaaaacgacatagagaataaaaagaaaacTAGTTc > 1:261320‑M1/136‑141 (MQ=255) atatggcaaaataattatttaagataaagacggaacagataaagatgttaatctagaaaatgccaaatctcgatatggatatgttcctgaaggatttcaaaatctaaaaaacgaaaaaaaaaaaaaaaagaaaacTAGTTc > 2:462696‑M1/136‑141 (MQ=255) tAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTTTTTGGCTTTAACATCTTCAAAAACTGCTGTGATTATGTTTCCAGTTAAAAGTTTTGCAAATGAGTTTAAAATTTCAGAATAGAAAAAGTAACAGATATTTTTGTAGtttc > 2:663272/1‑139 (MQ=255) tAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTTTTTGGCTTTAACATCTTCAAAAACTGCTGTGATTATGTTTCCAGTTAAAAGTTCTCCATATGAGTTTAAAACTTCAGAATAGAAACAGTCACCGCTATTTTTGTAGTTcc > 1:547294/1‑141 (MQ=255) gCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTTTTTTGCTTTAACATCTTCAAAAACTGCTGTGATTATGTTTCCAGTTAAAAGTTCTCCATATGAGTTTAAAACTTCAGAATAGAAACAGTCACCGCTATTTTTGTAGTTCcca > 2:166535/1‑141 (MQ=255) gCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTTTTTGGCTTTAACATCTTCAAAAACTGCTGTGATTATGTTTCCAGTTAAAAGTTCTCCATATGAGTTTAAAACTTCAGAATAGAAACAGTCACCGCTATTTTTGTAGTCCcca < 1:474124/141‑1 (MQ=255) cTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTTTTTGGCTTTAACATCTTCAAAAACTGTTGTGATTATGTTTCCAGTTAAAAGTTCTCCATATGAGTTTAAAACTTCAGAATAGAAACAGTCACCGCTATTTTTGTAGTTCccac < 1:126124/141‑1 (MQ=255) cTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTTTTTGGCTTTAACATCTTCAAAAACTGCTGTGATTATGTTTCCAGTTAAAAGTTCTCCATATGAGTTTAAAACTTCAGAATAGAAACAGTCACCGCTATTTTTGTAGTTCccac < 2:27558/141‑1 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tAAGTTTTTGGCTTTAACATCTTCAAAAACTGCTGTGATTATGTTTCCAGTTAAAAGTTCTCCATATGAGTTTAAAACTTCAGAATAGAAACAGTCACCGCTATTTTTGTAGTTCCCACCAACTGCTCTAGGTGATATTGa > 2:83501/1‑141 (MQ=255) aaGTTTTTGGCTTTAACATCTTCAAAAACTGCTGTGATTATGTTTCCAGTTAAAAGTTCTCCATATGAGTTTAAAACTTCAGAATAGAAACAGTCACCGCTATTTTTGTAGTTCCCACCAACTGCTCTAGGTGATATTGaa < 1:362955/141‑1 (MQ=255) aGTTTTTGGCTTTAACATCTTCAAAAACTGCTGTGATTATGTTTCCAGTTAAAAGTTCTCCATATGAGTTTAAAACTTCAGAATAGAAACAGTCACCGCTATTTTTGTAGTTCCCACCAACTGCTCTAGGTGATATTGaaa > 1:592916/1‑140 (MQ=255) ttttGGCTTTAACATCTTCAAAAACTGCTGTGACTATGTTTCCAGTTAAAAGTTCTCCATATGAGTTTAAAACTTCAGAATTGAAACAGTCACCGCTATTTTTGTAGTTCCCACCAACTGCTCTAGGTGATATTGAACTAg < 2:387909/141‑1 (MQ=255) tttGGCTTTAACATCTTCAAAAACTGCTGTGATTATGTTTCCAGTTAAAAGTTCTCCATATGAGTTTAAAACTTCAGAATAGAAACAGTCACCGCTATTTTTGTAGTTCCCACCAACTGCTCTAGGTGATATTGAACTAGt < 1:268977/141‑1 (MQ=255) gCTTTAACATCTTCAAAAACTGCTGTGATTATGTTTCCAGTTAAAAGTTCTCCATATGAGTTTAAAACTTCAGAATAGAAACAGTCACCGCTATTTTTGTAGTTCCCACCAACTGCTCTAGGTGATATTGAACTAGTTTTc > 2:591068/1‑141 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(MQ=255) tCAGAATAGAAACAGTCACCGCTATTTTTGTAGTTCCCACCAACTGCTCTAGGTGATATTGAACTAGTTTTCTTTTTATTCTCTATGTCGTTTTTTAGTTTTTGGAATCCTTCAGGAACATATCCATATCGAGATTTGGCa > 2:71770/1‑141 (MQ=255) cAGAATAGAAACAGTCACCGCTATTTTTGTAGTTCCCACCAACTGCTCTAGGTGATATTGAACTAGTTTTCTTTTTATTCTCTATGTCGTTTTTTATTTTTTGGAATCGTTCAGGAACATATCCATATCGAGATTTGGCAt > 1:646300/1‑141 (MQ=255) cAGAATAGAAACAGTCACCGCTATTTTTGTAGTTCCCACCAACTGCTCTAGGTGATATTGAACTAGTTTTCTTTTTATTCTCTATGTCGTTTTTTAGTTTTTGGAATCCTTCAGGAACATATCCATATCGAGATTTGGCAt < 2:647907/141‑1 (MQ=255) cAGAATAGAAACAGTCACCGCTATTTTTGTAGTTCCCACCAACTGCTCTAGGTGATATTGAACTAGTTTTCTTTTTATTCTCTATGTCGTTTTTTAGTTTTTGGAATCCTTCAGGAACATATCCATATCGAGATTTGGCAt < 1:16889/141‑1 (MQ=255) aGAATAGAAACAATCACCGCGATCTTTTTAGTTCCCACCAACTGCTCTAGGTGATATTGAACTAGTTTTCTTTTTATTCTCTATGTCGTTTTTTAGTTTTTGTAATCCTTCAGGAACATATCCATATCGAGATTTGGCAtt < 1:197053/141‑1 (MQ=255) gAATAGAAACAGTCACCGCTATTTTTGTAGTTCCCACCAACTGCTCTAGGTGATATTGAACTAGTTTTCTTTTTATTCTCTATGTCGTTTTTTAGTTTTTGGAATCCTTCAGGAACATATCCTTATCGAGATTTGTCAttt > 2:449869/1‑141 (MQ=255) gAATAGAAACAGTCACCGCTATTTTTGTAGTTCCCACCAACTGCTCTAGGTGATATTGAACTAGTTTTCTTTTTATTCTCTATGTCGTTTTTTAGTTTTTGGAATCCTTCAGGAACATATCCATACCGAGATTTGGCAttt < 1:514399/141‑1 (MQ=255) agaGTCACCGCTATTTTTGTAGTTCCCACCAACTGCTCTAGGTGATATTGAACTAGTTTTCTTTTTATTCTCTATGTCGTTTTTTAGTTTTTGGAATCCTTCAGGAACATATCCATATCGAGATTTGGCATTTTCTAGAtt < 1:100901/139‑1 (MQ=255) aCCGCTATTTTTGTAGTTCCCACCAACTGCTCTAGGTGATATTGAACTAGTTTTCTTTTTATTCTCTATGTCGTTTTTTAGTTTTTGGAATCCTTCAGGAACATATCCATATCGAGATTTGGCATTTTCTAGATTAACATc > 2:13430/1‑141 (MQ=255) ccGCTATTTTTGTAGTTCCCACCAACTGCTCTAGGTGATATTGAACTAGTTTTCTTTTTATTCTCTATGTCGTTTTTTAGTTTTTGGAATCCTTCAGGAACATATCCATATCGAGATTTGGCATTTTCTAGATTAACATCt < 2:360845/141‑1 (MQ=255) ccGCTATTTTTGTAGTTCCCACCAACTGCTCTAGGTGATATGGAACTAGTTTTCTTTTTATTCTCTATGTCGTTTTTTAGTTTTTGGAATCCTTCAGGAACATATCCATATCGAGATTTGGCATTTTCTAGATTAACATCt > 1:616800/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) ttttGTAGTTCCCACCACCTGCTCTAGGTGATATTGAACTAGTTTTCTTTTTATTCTCTATGTCGTTTTTTAGTTTTTGGAAGCCTTCAGGAACATATCCATATCGAGATTTGGCATTTTCTAGATTAACATCTTTAGCTg < 2:233980/141‑1 (MQ=255) ttttGTAGTTCCCACCAACTGCTCTAGGTGATATTGAACTAGTTTTCTTTTTATTCTCTATGTCGTTTTTTAGTTTTTGGAATCCTTCAGGAACATATCCATATCGAGATTTGGCATTTTCTAGATTAACATCTTTAGCtt > 2:413466/1‑140 (MQ=255) tttGTAGTTCCCACCATCTGCTCTAGGTGATATTGAACTAGTTTTCTTTTTATTCTCTATGTCGTTTTTTAGTTTTTGGAATCCTTCAGGAACATATCCATATCGAGATTTGGCATTTTCTAGATTAACATCTTTAGCTGt < 1:250261/141‑1 (MQ=255) tttGTAGTTCCCACCAACTGCTCTAGGTGATATTGAACTAGTTTTCTTTTTAGTCTCTATGTCGTTTTTTAGTTTTTGGAATCCTTCAGGAACATATCCATATCGAGATTTGGCATTTTCTAGATTAACATCTTTAGCTGt < 1:329351/141‑1 (MQ=255) TAGTTCCCACCAACTGCTCTAGGTGATATTGAACTAGTTTTCTTTTTATTCTCTATGTCGTTTTTTAGTTTTTGGAATCCTTCAGGAACATATCCATATCGAGATTTGGCATTTTCTAGATTAACATCTTTAGCTGTTCCg > 1:283755‑M1/1‑141 (MQ=255) | CAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTTTTTGGCTTTAACATCTTCAAAAACTGCTGTGATTATGTTTCCAGTTAAAAGTTCTCCATATGAGTTTAAAACTTCAGAATAGAAACAGTCACCGCTATTTTTGTAGTTCCCACCAACTGCTCTAGGTGATATTGAACTAGTTTTCTTTTTATTCTCTATGTCGTTTTTTAGTTTTTGGAATCCTTCAGGAACATATCCATATCGAGATTTGGCATTTTCTAGATTAACATCTTTAGCTGTTCCG > NC_012417/2176‑2456 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |