New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | NC_012417 | = 1575 | 1589 (0.830) | 5 (0.000) | 5/268 | 71.5 | 0.33% | intergenic (‑381/‑4) | USA300HOU_RS15665/USA300HOU_RS14895 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | NC_012417 | = 1586 | 1515 (0.830) | coding (8/189 nt) | USA300HOU_RS14895 | hypothetical protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 177 total aligned reads displayed.
TGCGTTTTAAGAGCTTGTATATATTTTTAAGTTAAAAACCTATATGATACCCCCTAAACCTTTAAAATACCCCCTTAAAACTCAAAATAAAGGTATTTATAATTTGAGTAAGTCTTGTGATAAAGTTTTTTAAAAAAGGAGTGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_012417/1430‑1575 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtgtttTTATTCAAAATAAACACTCCTTTTTTAAAAAACTTTATCACAAGACTTACTC‑AAATTATAAATACCTTTATTTTGAGTTTTAAGGGGGTATTTTAAAGGTTTAGGGGGTATCATATAGGTTTTTAACTTAAAAATATATA < NC_012417/1586‑1447 TGCGTTTTAAGAGCTTGTATATATTTTTTTTTTTTTTACCTATATGATACCCCCTAAACCTTTAAAATACCCCCTTAAAACTCAAAATAAAGGTATTTATAATTTGAGTAAGTCTTGTGATAAAGTTTTTTAAAAAAGGAG > 2:488095/1‑141 TGCGTTTTAAGAGCTTGTATATATTTTTAAGTTAAAAACCTATATGATACCCCCTAAACCTTTAAAATACCCCCTTAAAACTCAAAATAAAGGTATTTATAATTTGGGTAAGTCTTGTGATAAAGTTTTTTAAAAAAGGAG > 1:306528/1‑141 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TTTATTCAAAATAAACACTCCTTTTTTAAAAAACTTTATCACAAGACGTACTC‑AAATTATAAATACCTTTATTTTGAGTTTTAAGGGGGTATTTTAAAGGTTTAGGGGGTATCATATAGGTTTTTAACTTAAAACTATATA > 2:648013/1‑141 TTTATTCAAAATAAAAAATAAATAAATAAAAAACTTTATCACAAGACTTACTC‑AAATTATAAATACCTTTATTTTGAGTTTTAAGGGGGTATTTTAAAGGTTTAGGGGGTATCATATAGGTTTTTAACTTAAAAATTTATA < 2:687744/141‑1 TGCGTTTTAAGAGCTTGTATATATTTTTAAGTTAAAAACCTATATGATACCCCCTAAACCTTTAAAATACCCCCTTAAAACTCAAAATAAAGGTATTTATAATTTGAGTAAGTCTTGTGATAAAGTTTTTTAAAAAAGGAGTGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_012417/1430‑1575 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtgtttTTATTCAAAATAAACACTCCTTTTTTAAAAAACTTTATCACAAGACTTACTC‑AAATTATAAATACCTTTATTTTGAGTTTTAAGGGGGTATTTTAAAGGTTTAGGGGGTATCATATAGGTTTTTAACTTAAAAATATATA < NC_012417/1586‑1447 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |