New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | NC_012417 | = 1575 | 1589 (0.830) | 5 (0.000) | 5/268 | 71.5 | 0.33% | intergenic (‑381/‑4) | USA300HOU_RS15665/USA300HOU_RS14895 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | NC_012417 | = 1586 | 1515 (0.830) | coding (8/189 nt) | USA300HOU_RS14895 | hypothetical protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 1612 total aligned reads displayed.
GTATATATTTTTAAGTTAAAAACCTATATGATACCCCCTAAACCTTTAAAATACCCCCTTAAAACTCAAAATAAAGGTATTTATAATTTGAGTAAGTCTTGTGATAAAGTTTTTTAAAAAAGGAGTGTTTATTTTGAATAAAAACACAGTGTTAGATGAAGGTTACGTTATAGCAACTATTTTAAATGTTTTCTTT‑TTACTTGGATTAATTTTTATATCTCATTTGGAAAATTTATATATATTAATTCCGTATGTTATTTTGATGGGAATAAATGCTATTT > NC_012417/1446‑1726 | gTATATATTTGTAAGTTAAAAACCTATATGATACCCCCTAAACCGTTAAAATACCCCCTTAAAACTCAAAATAAAGGTATTTATAATTTGAGTAAGTCTTGTGTTAAAAAAAAAAAAAAAAGGAGTGTTTATTTTGAATaa < 2:714671/141‑1 (MQ=255) tatataTTTTTAAGTTAAAAACCTATATGATACCCCCTAAACCTTTAAAATACCCCCTTAAAACTCAAAATAAAGGTATTTATAATTTGAGTAAGTCTTGTGATAAAGTTTTTTAAAAAAGGAGTGTTTATTTTGAATaaa > 1:484436/1‑141 (MQ=255) atataaTTTTAAATTAAAAACCTATATGATACCCCCTAAACCTTTAAAATACCCCCTTAAAATTCAAAATAAAGGTATTTATAATTTGAGTAAGTCTTGTGATAAAGTTTTTTAAAAAAGGAGTGTTTATTTTGAATaaaa < 2:198818/141‑1 (MQ=255) atatTTTTAAGTTAAAAACCTATATGATACCCCCTAAACCTTTAAAATACCCCCTTAAAACTCAAAATAAAGGTATTTATAATTTGAGTAAGTCTTGTGATAAAGTTTTTTAAAAAAGGAGTGTTTATTTTGAATAAAAac < 2:181576/141‑1 (MQ=255) atatTTTTAAGTTAAAAACCTATATGATACCCCCTAAACCTTTAAAATACCCCCTTAAAACTCAAAATAAAGGTATTTATAATTTGAGTAAGTCTTGTGATAAAGTTTTTTAAAAAAGGAGTGTTTATTTTGAATAAAAac < 1:299796/141‑1 (MQ=255) atTTTTAAGTTAAAAACCTATATGATACCCCCTAAACCTTTAAAATACCCCCTTAAAACTCAAAATAAAGGTATTTATAATTTGAGTAAGTCTTGTGATAAAGTTTTTTAAAAAAGGAGTGTTTATTTTGAATAAAAacac > 1:773467/1‑141 (MQ=255) tttttAAGTTAAAAACCTATATGATACCCCCTAAACCTTTAAAATACCCCCTTAAAACTCAAAATAAAGGTATTTATAATTTGAGTAAGTCTTGTGATAAAGTTTTTTAAAAAAGGAGTGTTTATTTTGAATAAAAAcaca < 1:138446/141‑1 (MQ=255) tttAAGTTAAAAACCTATATGATACCCCCTAAACCTTTAAAATACCCCCTTAAAACTCAAAATAAAGGTATTTATAATTTGAGTAAGTCTTGTGATAAAGTTTTTTAAAAAAGGAGTGTTTATTTTTAATAAAAACACAgt > 1:937355/1‑141 (MQ=255) tttAAGTTAAAAACCTATATGATACCCCCTAAACCTTTAAAATACCCCCTTAAAACTCAAAATAAAGGTATTTATAATTTCAGTAAGTCTTGTGATAAAGTTTTTTAAAAAAGGAGTGTTTATTTTGAATAAAAACCCAgg > 1:513900/1‑140 (MQ=255) tAAGTTAAAAACCTATATGATACCCCCTAAACCTTTAAAATACCCCCTTAAAACTCAAAATAAAGGTATTTATAATTTGAGTAAGTCTTGTGATAAAGTTTTTTAAAAAAGGAGTTTTTATTTTGAATAAAAACACAgtgt < 1:324186/141‑1 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1:289907/1‑141 (MQ=255) tAAACCTTTAAAATACCCCCTTAAAACTCAAAATAAAGGTATTTATAATTTGAGTAAGTCTTGTGATAAAGTTTTTTAAAAAAGGAGTGTTTATTTTGAATAAAAACACAGTGTTAGATGAAGGTTACGTTATAGCAACTa > 2:655108/1‑141 (MQ=255) tAAACCTTTAAAATACCCCCTTAAAACTCAAAATAAAGGTATTTATAATTTGAGTAAGTCTTGTGATAAAGTTTTTTAAAAAAGGAGTGTTTATTTTGAATAAAAACACAGTGTTAGATGAAGGTTACGTTATAGAAACTa > 1:613089/1‑141 (MQ=255) aaaCCTTTAAAATACCCCCTTAAAACTCAAAATAAAGGTATTTATAATTTGAGTAAGTCTTGTGATAAAGTTTTTTAAAAAAGGAGTGTTTATTTTGAATAAAAACACAGTGTTAGATGAAGGTTACGTTATAGCAACTAt > 1:988730/1‑141 (MQ=255) aaaCCTTTAAAATACCCCCTTAAAACTCAAAATAAAGGTATTTATAATTTGAGTAAGTCTTGTGATAAAGTTTTTTAAAAAAGGAGCGTTTATTTTGAATAAAAACACAGTGTTAGATGAAGGTTACGTTATAGCAACTAt > 1:345541/1‑141 (MQ=255) aaCCTTTAAAATACCCCCTTAAAACTCAAAATAAAGATATTTATAATTTGAGTAAGTCTTGTGATAAAGTTTTTTAAAAAAGGAGCGATTATTTTGAATAAAAACACAGTGTTATATGACGGATACGTTATAGCAACAAtt > 2:434631/1‑141 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |