| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC | USA300TCH1516_ALE | 1,747,382 | (TAC)3→2 | coding (2065‑2067/2280 nt) | USA300HOU_RS08710 ← | Heme uptake protein MmpL11 |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1747377 = | 2 (0.020) | 65 (0.760) | 39/264 | 0.8 | 97.1% | coding (2072/2280 nt) | USA300HOU_RS08710 | Heme uptake protein MmpL11 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1747373 | 2 (0.020) | coding (2076/2280 nt) | USA300HOU_RS08710 | Heme uptake protein MmpL11 | |||||
AATCGTAACGTTTGACCGTGTACGTGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1747523‑1747377‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtagtagtTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCATTGCCGTTCCGCTATGGGGAATAATGAAAAAACGTCAGTTGA < USA300TCH1516_ALE/1747373‑1747240 AATCGTAACGTTTGACCGTGTACGTGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATGTCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATTACACGTTCAATTAATCCAGTATTAACAGTTATTGT < 1:742830/141‑1AATCGTAACGTTTGACCGTGTACGTGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGT < 1:213687/141‑1 ATCGTAACGTTTGACCGTGTACGTGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCGATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATAAACAGTTATTGTA > 2:466223/1‑141 ATCGTAACGTTTGACCGTGTACGTGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATCGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATAGAGTATTAACAGTTATTGTA > 1:634758/1‑141 TTGACCGTGTACGTGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTA > 1:435989/1‑141 TGACCGTGTACGTGAAAAGTGACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGAAAATGACACGTTCAATTAATATAGTGTTAACAGTTATTGTATTAGTTGCTAT > 2:401378/1‑141 TGACCGTGTACGTGAAAACTTACACAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTAa > 2:501197/1‑140 ACCGTGTACGTGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATAC < 2:868470/141‑1 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TACGTGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCT < 1:739943/141‑1 TACGTGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCT < 1:639089/141‑1 TACGTGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCT < 2:495070/141‑1 TACGTGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATCAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCT < 2:182031/141‑1 TGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGCCCCGTTCAATTAATACAGTTTTAAACGTTAGGGGAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGt > 1:875563/1‑140 TGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGG > 1:443051/1‑141 AAACTTACAAAAGCCTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGC < 1:313904/141‑1 AAACGTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGC < 2:873146/141‑1 TACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTACTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTA > 1:387100/1‑141 ACAAAAGGTTAAAGTGACTATCAAAACAAAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTAC < 1:923714/141‑1 aAAAAGGTTAAATTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCCATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACG < 2:479513/140‑1 CAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACG < 2:515167/141‑1 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ACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTA > 2:579068/1‑141 CAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTAT < 2:370990/141‑1 AGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATT < 2:940941/141‑1 aAAATTGATGATATGGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGATGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATGTATC < 1:710299/140‑1 TGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACCCGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCACCTACGATATTCAACATTCCTTGAGAATTATTTAACGGATT > 1:165734/1‑141 TGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTAAATTACTAGTCGATTAACAGTTAAATCGGTTGTTGCTATACTATTCTTCGATGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATT > 1:476528/1‑141 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AGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATCCACAGTGATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTC < 1:428198/141‑1 GATCAATTAGACAGACGATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCT < 2:875563/141‑1 GATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCT < 2:443051/141‑1 CAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTATTGTGTATTCTCTT > 1:266156/1‑141 CAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTATGATGTATTATCTT > 1:757391/1‑141 ACAGACAGTGACACGTTCAAGTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATAGTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATATCTGTTGTATTCTCTTCAATCTT > 1:626065/1‑141 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TGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTGCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCATTGCCGTTCCGCTATGGGGAATAATGAAAAAAAGTCAGat > 1:581736/1‑139 TAGTAGTTGTATTACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCATTGCCGTTCCGCTATGGGGAATAATGAAAAAACGTCAGTTGA < 2:1844/141‑1 AATCGTAACGTTTGACCGTGTACGTGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1747523‑1747377‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtagtagtTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCATTGCCGTTCCGCTATGGGGAATAATGAAAAAACGTCAGTTGA < USA300TCH1516_ALE/1747373‑1747240 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |