| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC | USA300TCH1516_ALE | 1,747,382 | (TAC)3→2 | coding (2065‑2067/2280 nt) | USA300HOU_RS08710 ← | Heme uptake protein MmpL11 |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1747377 = | 2 (0.020) | 65 (0.760) | 39/264 | 0.8 | 97.1% | coding (2072/2280 nt) | USA300HOU_RS08710 | Heme uptake protein MmpL11 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1747373 | 2 (0.020) | coding (2076/2280 nt) | USA300HOU_RS08710 | Heme uptake protein MmpL11 | |||||
TCAACTGACGTTTTTTCATTATTCCCCATAGCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAACTACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCACTTTAACCTTTTGTAAGTTTTCACGTACACGGT > USA300TCH1516_ALE/1747240‑1747509 | tCAACTGACGTTTTTTCATTATTCCCCATAGCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTAATACAactacta < 2:1844‑M2/141‑8 (MQ=255) atctgACTTTTTTTCATTATTCCCCATAGCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGCAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactaca > 1:581736‑M2/3‑132 (MQ=255) aCTGACGTTTTTTCATTATTCCCCATAGCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaa < 1:684655‑M2/141‑11 (MQ=255) aCGTGTTTTCATTATTCCCCATAGCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataac > 2:319265‑M2/1‑127 (MQ=255) ttttttCATTATTCCCCATAGCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgt < 1:477970‑M2/141‑18 (MQ=255) ttttttCATTATTCCCCATAGCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgt < 2:655585‑M2/141‑18 (MQ=255) ttCATTATTCCCCATAGCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaat < 1:403430‑M2/141‑22 (MQ=255) cATTATTCCCCATAGCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatac > 2:640437‑M2/1‑118 (MQ=255) cccTTAGTGGAACTGCAATGAAGATTGAAGAGCATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaa > 1:425575‑M2/1‑110 (MQ=255) cccATAGCGTATCGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaa > 1:71635‑M2/1‑110 (MQ=255) cccATAGCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAacgactacaataactgttaatactgtattaa > 2:212926‑M2/1‑110 (MQ=255) cccATAGCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGGATAGCAactgcgacaatggctgtgaatactgtattaa > 2:38355‑M2/1‑110 (MQ=255) cATAGCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaatt > 1:333907‑M2/1‑108 (MQ=255) aaCGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgt < 1:293816‑M2/141‑42 (MQ=255) aaCGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgt < 1:54857‑M2/141‑42 (MQ=255) cGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtca > 2:45702‑M2/1‑98 (MQ=255) aggaAAGGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtca > 2:929858‑M2/2‑98 (MQ=255) ggCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcat > 2:82719‑M2/1‑97 (MQ=255) aaGATTTCAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgt > 1:958661‑M2/1‑90 (MQ=255) aaGATTGAAGAGAATACAACAGATATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGACTATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattacttgaacgtgtcactgtctgt > 1:626065‑M2/1‑90 (MQ=255) aaCATCGAAGACAAAACAACAGCAATTAATGCGCTAAATAATGTTAAATTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTACAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgt > 1:580183‑M2/1‑90 (MQ=255) aaGATAATACATCATAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattg > 1:757391‑M2/1‑83 (MQ=255) aaGAGAATACACAATAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattg > 1:266156‑M2/1‑83 (MQ=255) agaATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatc < 2:443051‑M2/141‑62 (MQ=255) agaATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcatcgtctgtctaattgatc < 2:875563‑M2/141‑62 (MQ=255) gaATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaatcactgtggatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatct < 1:428198‑M2/141‑63 (MQ=255) gaATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatct < 1:740641‑M2/141‑63 (MQ=255) aaTACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatcta > 2:44991‑M2/1‑78 (MQ=255) acacCAGAAATCAATGCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGGAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactataatcaatgttaatgctgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctatta > 2:210299‑M2/1‑75 (MQ=255) tccaGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaac > 1:458580‑M2/2‑73 (MQ=255) acCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaac > 1:804917‑M2/1‑73 (MQ=255) caatcCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatc < 1:748641‑M2/141‑78 (MQ=255) aatcCGTTAAATAATTCTCAAGGAATGTTGAATATCGTAGGTGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgggtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatca > 1:165734‑M2/1‑63 (MQ=255) aatcCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCATCGAAGAATAGTATAGCAacaaccgatttaactgttaatcgactagtaatttaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatca > 1:476528‑M2/1‑63 (MQ=255) gATACATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCATCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaaccatatcatcaatttt < 1:710299‑M2/141‑84 (MQ=255) aataatGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttct < 2:940941‑M2/141‑88 (MQ=255) ataatGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctg < 2:370990‑M2/141‑89 (MQ=255) taatGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgt > 2:579068‑M2/1‑52 (MQ=255) gtaacgtTGAATATCGTAGGAGCACCGATGGCTAGTATAGCA‑‑‑ACTACTACAACGACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGACATTGTCTCTCTAATTGATCTATTAACGATACCATCACTTTGTTCTGTTGTCGTaact > 2:605158/1‑139 (MQ=255) gtaaagtTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCA‑‑‑ACTACTGCAAGAACGGTTAATACTGTATTAGTTGGACGTGTCAGTGACTATCTAATTGATATATTAAGCATATCATCAATTTGTTCAGTTATGGTAAta > 2:125364/1‑140 (MQ=255) gtaaactTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGTATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaatc > 1:899661‑M2/1‑42 (MQ=255) aagtTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaataact < 1:43400‑M2/141‑103 (MQ=255) tGAAAATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaataactttaa < 1:675927‑M2/141‑107 (MQ=255) gAATATCGTAGGAGCACAGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtataattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaatcactttaac > 2:371953‑M2/1‑34 (MQ=255) gAAGATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgactaattgatctattaacgatatcataaatttgttctgttgtcgtaatcactttaac > 2:112358‑M2/1‑34 (MQ=255) atCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgactttctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaatcactttaaccttt > 1:136100‑M2/1‑30 (MQ=255) cGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaatcactttaaccttttg < 2:515167‑M2/141‑114 (MQ=255) cGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaatggaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaatcaatttaaccttttt < 2:479513‑M2/141‑114 (MQ=255) gTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttttgttttgatagtcactttaaccttttgt < 1:923714‑M2/141‑115 (MQ=255) tAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttagtactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaatcactttaaccttttgta > 1:387100‑M2/1‑26 (MQ=255) gCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaatcactttaggcttttgtaagttt < 1:313904‑M2/141‑121 (MQ=255) gCACCGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaatcactttaaccttttgtacgttt < 2:873146‑M2/141‑121 (MQ=255) ccGAAGAATAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaatcactttaaccttttgtaagttttca > 1:443051‑M2/1‑18 (MQ=255) acgAAGAATAGTATAGCAactactcccctaacgtttaaaactgtattaattgaacggggcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaatcactttaaccttttgtaagttttca > 1:875563‑M2/2‑18 (MQ=255) agaaTAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattgattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaatcactttaaccttttgtaagttttcacgta < 2:182031‑M2/141‑128 (MQ=255) agaaTAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtccttgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaatcactttaaccttttgtaagttttcccgtc < 2:482119‑M2/141‑128 (MQ=255) agaaTAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaatcactttaaccttttgtaagttttcacgta < 2:495070‑M2/141‑128 (MQ=255) agaaTAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaatcactttaaccttttgtaagttttcacgta < 1:639089‑M2/141‑128 (MQ=255) agaaTAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaatcactttaaccttttgtaagttttcacgta < 1:739943‑M2/141‑128 (MQ=255) agaaTAGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattctctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgctgtcgtaatcactttaaccctttgtaagttttcacgta < 2:430606‑M2/141‑128 (MQ=255) aGTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaatcactttaaccttttgtaagttttcacgtacccgg < 1:362531‑M2/141‑133 (MQ=255) gTATAGCAactactacaataagtgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaatcactttaaccttttgtaagttttcacgtacacggt < 1:515100‑M2/141‑134 (MQ=255) gTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaatcactttaaccttttgtaagttttcacgtacacggt < 1:408154‑M2/141‑134 (MQ=255) gTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaatcactttaaccttttgtaagttttcacgtacacggt < 2:868470‑M2/141‑134 (MQ=255) gTATAGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaatcactttaaccttttgtaagttttcacgtacacggt < 1:699119‑M2/141‑134 (MQ=255) ttagCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaatcactttaaccttgtgtaagttttcacgtacacggtca > 2:501197‑M2/2‑6 (MQ=255) ataGCAactaatacaataactgttaacactatattaattgaacgtgtcattttctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaatcactttaaccttttgtcacttttcacgtacacggtca > 2:401378‑M2/1‑6 (MQ=255) taGCAactactacaataactgttaatactgtattaattgaacgtgtcattgtctgtctaattgatctattaacgatatcatcaatttgttctgttgtcgtaatcactttaaccttttgtaagttttcacgtacacggtcaa > 1:435989‑M2/1‑5 (MQ=255) | TCAACTGACGTTTTTTCATTATTCCCCATAGCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAACTACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCACTTTAACCTTTTGTAAGTTTTCACGTACACGGT > USA300TCH1516_ALE/1747240‑1747509 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |