| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC | USA300TCH1516_ALE | 1,747,382 | (TAC)3→2 | coding (2065‑2067/2280 nt) | USA300HOU_RS08710 ← | Heme uptake protein MmpL11 |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1747377 = | 2 (0.020) | 65 (0.760) | 39/264 | 0.8 | 97.1% | coding (2072/2280 nt) | USA300HOU_RS08710 | Heme uptake protein MmpL11 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1747373 | 2 (0.020) | coding (2076/2280 nt) | USA300HOU_RS08710 | Heme uptake protein MmpL11 | |||||
ACTGACGTTTTTTCATTATTCCCCATAGCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAACTACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCACTTTAACCTTTTGTAAGTTTTCACGTACACGGTCAA > USA300TCH1516_ALE/1747243‑1747512 | tcaactgacgttttttcattattccccatagcggaacggcaatgaagattgaagagaatacaccagaaatcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtaatacaActacta < 2:1844‑M1/7‑1 (MQ=255) atctgactttttttcattattccccatagcggaacggcaatgaagattgaagagaatacaccagaaatcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtagcagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACa > 1:581736‑M1/133‑141 (MQ=255) actgacgttttttcattattccccatagcggaacggcaatgaagattgaagagaatacaccagaaatcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACaa < 1:684655‑M1/10‑1 (MQ=255) acgtgttttcattattccccatagcggaacggcaatgaagattgaagagaatacaccagaaatcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAAc > 2:319265‑M1/128‑141 (MQ=255) ttttttcattattccccatagcggaacggcaatgaagattgaagagaatacaccagaaatcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGt < 1:477970‑M1/17‑1 (MQ=255) ttttttcattattccccatagcggaacggcaatgaagattgaagagaatacaccagaaatcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGt < 2:655585‑M1/17‑1 (MQ=255) ttcattattccccatagcggaacggcaatgaagattgaagagaatacaccagaaatcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAAt < 1:403430‑M1/21‑1 (MQ=255) cattattccccatagcggaacggcaatgaagattgaagagaatacaccagaaatcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATAc > 2:640437‑M1/119‑141 (MQ=255) cccttagtggaactgcaatgaagattgaagagcatacaccagaaatcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTaa > 1:425575‑M1/111‑141 (MQ=255) cccatagcgtatcggcaatgaagattgaagagaatacaccagaaatcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTaa > 1:71635‑M1/111‑141 (MQ=255) cccatagcggaacggcaatgaagattgaagagaatacaccagaaatcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACGACTACAATAACTGTTAATACTGTATTaa > 2:212926‑M1/111‑141 (MQ=255) cccatagcggaacggcaatgaagattgaagagaatacaccagaaatcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaataggatagcaACTGCGACAATGGCTGTGAATACTGTATTaa > 2:38355‑M1/111‑141 (MQ=255) catagcggaacggcaatgaagattgaagagaatacaccagaaatcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAAtt > 1:333907‑M1/109‑141 (MQ=255) aacggcaatgaagattgaagagaatacaccagaaatcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACgtgt < 1:293816‑M1/41‑1 (MQ=255) aacggcaatgaagattgaagagaatacaccagaaatcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACgtgt < 1:54857‑M1/41‑1 (MQ=255) cggcaatgaagattgaagagaatacaccagaaatcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCa > 2:45702‑M1/99‑141 (MQ=255) aggaaaggaagattgaagagaatacaccagaaatcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCa > 2:929858‑M1/99‑141 (MQ=255) ggcaatgaagattgaagagaatacaccagaaatcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCAt > 2:82719‑M1/98‑141 (MQ=255) aagatttcagagaatacaccagaaatcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATtgtctgt > 1:958661‑M1/91‑141 (MQ=255) aagattgaagagaatacaacagatatcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgactatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTACTTGAACGTGTCActgtctgt > 1:626065‑M1/91‑141 (MQ=255) aacatcgaagacaaaacaacagcaattaatgcgctaaataatgttaaattaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtacagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATtgtctgt > 1:580183‑M1/91‑141 (MQ=255) aagataatacatcataaatcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTg > 1:757391‑M1/84‑141 (MQ=255) aagagaatacacaataaatcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTg > 1:266156‑M1/84‑141 (MQ=255) agaatacaccagaaatcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATc < 2:443051‑M1/61‑1 (MQ=255) agaatacaccagaaatcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATCGTCTGTCTAATTGATc < 2:875563‑M1/61‑1 (MQ=255) gaatacaccagaaatcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATCACTGTGGATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCt < 1:428198‑M1/62‑1 (MQ=255) gaatacaccagaaatcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCt < 1:740641‑M1/62‑1 (MQ=255) aatacaccagaaatcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTa > 2:44991‑M1/79‑141 (MQ=255) acaccagaaatcaatgcgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcggaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTATAATCAATGTTAATGCTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTa > 2:210299‑M1/76‑141 (MQ=255) tccagaaatcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAAc > 1:458580‑M1/74‑141 (MQ=255) accagaaatcaatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAAc > 1:804917‑M1/74‑141 (MQ=255) caatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATatcatc < 1:748641‑M1/77‑1 (MQ=255) aatccgttaaataattctcaaggaatgttgaatatcgtaggtgcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGGGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATAtcatca > 1:165734‑M1/64‑141 (MQ=255) aatccgataaataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcatcgaagaatagtatagcaACAACCGATTTAACTGTTAATCGACTAGTAATTTAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATAtcatca > 1:476528‑M1/64‑141 (MQ=255) gatacataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcatcgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACCATATCATCAatttt < 1:710299‑M1/83‑2 (MQ=255) aataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCt < 2:940941‑M1/87‑1 (MQ=255) ataatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCtg < 2:370990‑M1/88‑1 (MQ=255) taatgctaaagtaaagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCtgt > 2:579068‑M1/53‑141 (MQ=255) gtaacgtTGAATATCGTAGGAGCACCGATGGCTAGTATAGCA‑‑‑ACTACTACAACGACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGACATTGTCTCTCTAATTGATCTATTAACGATACCATCACTTTGTTCTGTTGTCGTaact > 2:605158/1‑139 (MQ=255) gtaaagtTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCA‑‑‑ACTACTGCAAGAACGGTTAATACTGTATTAGTTGGACGTGTCAGTGACTATCTAATTGATATATTAAGCATATCATCAATTTGTTCAGTTATGGTAAta > 2:125364/1‑140 (MQ=255) gtaaacttgaatatcgtaggagcaccgaagtatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATc > 1:899661‑M1/43‑141 (MQ=255) aagttgaatatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATAACt < 1:43400‑M1/102‑1 (MQ=255) tgaaaatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATAACTTTaa < 1:675927‑M1/106‑1 (MQ=255) gaatatcgtaggagcacagaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTATAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCACTTTAAc > 2:371953‑M1/35‑141 (MQ=255) gaagatcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGACTAATTGATCTATTAACGATATCATAAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCACTTTAAc > 2:112358‑M1/35‑141 (MQ=255) atcgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGACTTTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCACTTTAACCttt > 1:136100‑M1/31‑141 (MQ=255) cgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCACTTTAACCTTTTg < 2:515167‑M1/113‑1 (MQ=255) cgtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATGGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCAATTTAACcttttt < 2:479513‑M1/113‑2 (MQ=255) gtaggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTTTGTTTTGATAGTCACTTTAACCTTTTGt < 1:923714‑M1/114‑1 (MQ=255) taggagcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAGTACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCACTTTAACCTTTTGTa > 1:387100‑M1/27‑141 (MQ=255) gcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCACTTTAGGCTTTTGTAAGttt < 1:313904‑M1/120‑1 (MQ=255) gcaccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCACTTTAACCTTTTGTACGttt < 2:873146‑M1/120‑1 (MQ=255) ccgaagaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCACTTTAACCTTTTGTAAGTTTTCa > 1:443051‑M1/19‑141 (MQ=255) acgaagaatagtatagcaACTACTCCCCTAACGTTTAAAACTGTATTAATTGAACGGGGCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCACTTTAACCTTTTGTAAGTTTTCa > 1:875563‑M1/19‑141 (MQ=255) agaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTGATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCACTTTAACCTTTTGTAAGTTTTCACGTa < 2:182031‑M1/127‑1 (MQ=255) agaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCCTTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCACTTTAACCTTTTGTAAGTTTTCCCgtc < 2:482119‑M1/127‑2 (MQ=255) agaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCACTTTAACCTTTTGTAAGTTTTCACGTa < 2:495070‑M1/127‑1 (MQ=255) agaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCACTTTAACCTTTTGTAAGTTTTCACGTa < 1:639089‑M1/127‑1 (MQ=255) agaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCACTTTAACCTTTTGTAAGTTTTCACGTa < 1:739943‑M1/127‑1 (MQ=255) agaatagtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTCTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGCTGTCGTAATCACTTTAACCCTTTGTAAGTTTTCACGTa < 2:430606‑M1/127‑1 (MQ=255) agtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCACTTTAACCTTTTGTAAGTTTTCACGTACCCgg < 1:362531‑M1/132‑1 (MQ=255) gtatagcaACTACTACAATAAGTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCACTTTAACCTTTTGTAAGTTTTCACGTACACGGt < 1:515100‑M1/133‑1 (MQ=255) gtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCACTTTAACCTTTTGTAAGTTTTCACGTACACGGt < 1:408154‑M1/133‑1 (MQ=255) gtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCACTTTAACCTTTTGTAAGTTTTCACGTACACGGt < 2:868470‑M1/133‑1 (MQ=255) gtatagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCACTTTAACCTTTTGTAAGTTTTCACGTACACGGt < 1:699119‑M1/133‑1 (MQ=255) ttagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCACTTTAACCTTGTGTAAGTTTTCACGTACACGGTCa > 2:501197‑M1/7‑141 (MQ=255) atagcaACTAATACAATAACTGTTAACACTATATTAATTGAACGTGTCATTTTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCACTTTAACCTTTTGTCACTTTTCACGTACACGGTCa > 2:401378‑M1/7‑141 (MQ=255) tagcaACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCACTTTAACCTTTTGTAAGTTTTCACGTACACGGTCaa > 1:435989‑M1/6‑141 (MQ=255) | ACTGACGTTTTTTCATTATTCCCCATAGCGGAACGGCAATGAAGATTGAAGAGAATACACCAGAAATCAATCCGATAAATAATGCTAAAGTAAAGTTGAATATCGTAGGAGCACCGAAGAATAGTATAGCAACTACTACTACAATAACTGTTAATACTGTATTAATTGAACGTGTCATTGTCTGTCTAATTGATCTATTAACGATATCATCAATTTGTTCTGTTGTCGTAATCACTTTAACCTTTTGTAAGTTTTCACGTACACGGTCAA > USA300TCH1516_ALE/1747243‑1747512 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |