| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1961511 = | 129 (1.420) | 99 (1.140) +TATTTT |
4/268 | 9.1 | 47.2% | noncoding (74/74 nt) | USA300TCH1516_01819 | tRNA‑Glu |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1998272 | 102 (1.120) | noncoding (1/76 nt) | USA300TCH1516_01882 | tRNA‑Val | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
CAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAGTCCTACCTGTGGAGCCATGGCTCCTTGGTCAAGCGGTTAAGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACACGGGTTCGAGTCCCGTAGGAGTCAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1961647‑1961511‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGAGAATTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCGGCGGTTCGAACCCGTCATTCTCCACCATTTAT < USA300TCH1516_ALE/1998272‑1998192 |||||| CAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGTGGCGAGTCCTACCTGTGGAGCCATGGCTCCTTGGTCAAGCGGTTAAGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACACGGGTTCGAGTCCCGTAGGAGTCATTATT > 1:984018/1‑141CAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAGTCCTACCTGTGGAGCCATGGCTCCTTGGTCAAGCGGTTAAGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACACGGGTTCGAGTCCCGTAGGAGTCATTATT > 1:125686/1‑141CAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTCAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAGTCCTACCTGTGGAGCCATGGCTCCTTGGTCAAGCGGTTAAGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACACGGGTTCGAGTCCCGTAGGAGCCATGATT > 2:727459/1‑141 GTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGGTCTGTCGTAGGTTCGAGTCCTACCTGTGGAGCCATGGCTACTTGGTCAAGCGGTTAAGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACACGGGTTCGAGTCCCGTAGGAGTCATTATTTTGGA < 1:668562/141‑1 taagGCTATGGGATGTTAACCGATGGGTCGTAGGTTCGAGTCTTACCTGTGGGGCCATGGCTCCTTGGTCAAGCGGTTAAGACCCCGCCCTTTCACGGCGGTAACACGGGTTCGAGTCCCGTAGGAGTCATTATTTTGGAG < 2:760351/137‑1 gAGAGCTGTCGGCTGTTACCCGATCGGCCGTAGGTTCGAGCCCTACCGGGGGGGCCATGGCTCCTTGGTCAAGCGGTTAAGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACACGGGTTCGAGTCCCGTAGGAGTCATTATTTTGGAG < 2:62263/140‑1 AGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAGTCCTACCTGTGGAGCCATGGCTCCTTGGTCAAGCGGTTAAGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACACGGGTTCGAGTCCCGTAGGAGTCATTATTTTGGAGA < 2:653857/141‑1 AGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAGTCCTACCTGTGGAGCCATGGCTCCTTGGTCAAGCGGTTAAGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACACGGGTTCGAGTCCCGTAGGAGTCATTATTTTGGAGA > 2:689395/1‑141 AGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAGTCCTACCTGTGGAGCCATGGCTCCTTGGTCAAGCGGTTAAGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACACGGGTTCGAGTCCCGTAGGAGTCATTATTTTGGAGA > 2:738950/1‑141 AGAGATATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAGTCCTACCTGTGGAGCCATGGCTCCTTGGTCAAGCGGTTAAGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACACGGGTTCGAGTCCCGTAGGAGTCATTATTTTGGAGA > 2:689194/1‑141 GCTATCGGCTGTTCACCGATCGGTCGTAGGTTCGAGTCCTACCTGTGGAGCCATGGCCCCGTGGTCCAGCGGTTCAGACACCGCCCTGTCACGGCGGTAACACGGGGTCGGGTCCCGTAGGGGTCATTAGTTGGGAGAcat > 2:137939/1‑138 GCTATCGGCTGTTAACCTGTCGGTCGTAGGTTCGAGTCCTACCTGTGGAGCCATGGCTCCTTGGTCAAGCGGTTAAGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACACGGGTTCGAGTCCCGTAGGAGTCATTATTTTGGAGAATT < 1:619153/141‑1 GCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAGTCCTACCTGTTGAGCCATGGCTCCTTGGTCAAGCGGTTAAGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACACGGGTTCGAGTCCCGTAGGAGTCATTATTTTGGAGAATT > 1:436600/1‑141 GCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAGTCCTACCTGTGGAGCCATGGGTGCTTGGTCAAGCGGTTAAGACACCGCCCTTTAGCGGCGGTAACACGGGTTCGGGTGGAGTTGGTGGCATTATTTTGGAGAATT > 2:949807/1‑141 GCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAGTCCTACCTGTGGAGCCATGGCTCCTTGGTCAAGCGGTTAAGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACACGGGTTCGAGTCCCGTAGGAGTCATTATTTTGGTGAATT > 1:507252/1‑141 GCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAGTCCTACCTGTGGAGCCATGGCTCCTTGGTCAAGCGGTTAAGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACACGGGTTCGAGTCCCGTAGGAGTCATTATTTTGGAGAATT < 1:41140/141‑1 GCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAGTCCTACCTGTGGAGCCATGGCTCCTTGGTCAAGCGGTTAAGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACACGGGTTCGAGTCCCGTAGGAGTCATTATTTTGGAGAATT > 1:378982/1‑141 GCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAGTCCTACCTGTGGAGCCATAGCTCCTTGGTCAAGCGGTTAAGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACACGGGTTCGAGTCCCGTAGGGGTCATTATTTTGGAGAATT > 1:662641/1‑141 ATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAGTCCTACCTGTGGAGCCATGGCTCCTTGGTCAAGCGGTTAAGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACACGGGTTCGAGTCCCGTAGGAGTACTTATTTTGGAGAATTAGC > 2:148434/1‑141 TCGGCTGTTAACCGATCGGTCATAGGTTCGAGTCCTACCTGTGGAGCCATGGCTCCTTGGTCAAGCGGTTAAGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACACGGGTTCGAGTCCCGTAGGAGTCATTATTTTGGAGAATTAGCc > 1:206982/1‑140 TAACCGTTCGGTCGTAGGTTCGAGTCCTACCTGTGGAGCCATGGCTCCTTGGTCAAGCGGTTAAGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACACGGGTTCGAGTCCCGTAGGAGTCATTATTTTGGAGAATTAGCTCAGCTGGG < 2:879321/141‑1 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GATCGGTCGTAGGTTCGCGTCCTACCTGTGGAGCCATGGCTCCTTGGTCAAGCGGTTAAGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACACGGGTTCGAGTCCCGTAGGAGTCATTATTTTGGAGAATTAGCTCAGCTGGGAGAGC < 1:114332/141‑1 GATCGGTCGTAGGTTCGAGTCCTACCTGTGGAGCCATGGCTCCTTGGTCAAGCGGTTAAGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACACGGGTTCGATTCCCGTAGGAGTCATTATTTTGGAGAATTAGCTCAGCTGGGAGAGC < 1:876843/141‑1 ATCGGTCGTAGGTTCGAGTCCTACCTGTGGAGCCATGGCTCCTTGGTCAAGCGGTTAAGACACCGCCTTTTCACGGCGGTAACACGGGTTCGAGTCCCGTAGGAGTCATTATTTTGGAGAATTAGCTCAGCTGGGAGAGCA < 1:232720/141‑1 TCGGTCGTAGGTTCGAGTCCTACCTGTGGAGCCATGGCTCCTTGGTCATGCGGTTAAGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACACGGGTTCGAGACCCGTAGGAGTCATTATTTTGGCGAATTAGCTCAGCTCGGAGAGCAT < 2:638628/141‑1 TCGGTCGTAGGTTCGAGTCCTACCTGTGGAGCCATGGCTCCTTGGTCAAGCGGTTAAGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACACTGGTTCGAGTCCCGTAGGAGTCATTATTTTGGAGAAGTAGCTCAGCCGGGAGAGCAT > 2:972881/1‑141 GTCGTAGGTTCGAGTCCTACCGGTGGAGCCATGGCTCCTTGGTCAAGCGGTTAAGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACACGGGTTCGAGTCCCGTAGGAGTCATTATTTTGGAGAATTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTG < 2:394047/141‑1 GTCGAAGGTTCGAGTCCTACCTGTGGAGCCATGGCTCCTTGGTCAAGCGGTTAAGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACACGGGTTCGAGTCCCGTAGGAGTCATTATTTTGGAGAATTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTG > 1:248741/1‑141 CGTAGGTTCGAGTCCTACCTGTGGAGCCATGGCTCGTTGGACACGCGGGTATGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACACGGGTTCGAGTCCCGAAAGAGGCATTATTTTGGAGAATTAGCTCAGCTGGGAGAGCAACTGCC > 2:652946/1‑141 CGTAGGTTCGAGTCCTACCTGTGGAGCCATGGCTCCTTGGTCAGGCGGTTAAGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACACGGGTTCGAGTCCCGTAGGAGTCATTATTTTGGAGAATTAGCTCAGCTGGGCGAGCATCTGCC > 2:652987/1‑141 CGTAGGTTCGAGTCCTACCTGTGGAGCCATGGCTCCTTGGTCAAGCGGTTAAGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACACGGGTTCGAGTCCCGTAGGAGGCATTATTTTGGAGAATTAGCTCAGCGGGGAGAGCATCTGCC > 2:289222/1‑141 CGTAGGTTCGAGTCCTACCTGTGGAGCCATGGCTCCTTGGTCAAGCGGTTAAGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACACGGGTTCGAGTCCCGTAGGAGCCATTATTTTGGAGAATTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCC > 2:73521/1‑141 CGTAGGTTCGAGTCCTACCTGGGGAGCCCTGGCTCCTTGGTCAAGCGGTTAAGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACACGGGTTCGAGTCCCGTAGGAGTCATTATTTTGGAGAATTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCC > 2:9202/1‑141 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AGCCATGGCTCCTTGGGCAAGCGGTTAAGCCACCGCCCTTCCACGGCGGTAACACGGGTTCGAGTCCCGTAGGAGTCATTATTTTGGAGAATTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCGGCGGTTC < 1:400336/141‑1 GCCATTGCTCCGTGGTCAAGCGGTTAAGGCACCGCCCTTTCACGGCGGTACCTCGGGTTCGAGTCCCGTAGGAGTCATTATTTTGGAGTATGAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGTGTCGGCGGTTCG < 2:2320/141‑1 GCCATGGCTCCTTGGTCAAGCGGTTAAGACCCCGCCCTTTCACGGCGGTAACACGTGTCCTAGTCCCGTAGGAGTCTGTATTTTTGAGAATTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCGGCGGTTCG < 2:2257/141‑1 GCCATGGCTCCTTGGTCAAGCGGTTAAGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACACGGGTTCGAGTCCCGTAGGAATCATTATTTTGTAGAATTAGCTCAGCTTGGAGAGACACTGCCTTACAAGCATGAGTTCGTCGGTTCG > 2:4673/1‑141 CATGGCTCCTTGGTCAAGCGGTTAAGACACCGCCCATTCACGGCGGTAACACGGGTTCGAGTGCCGTAGGAGTCATTATTTTGGAGAATTAGCTCAGCTGGGAGAGCCTCGGCCTCACAAGCAGAGGGGCGGCGGCTCGAc > 2:653684/1‑140 ATGGCTCCTTGGTCAAGCGGTTAAGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACACGGGTTCGAGTCCCGTAGGAGTCATTATTTTGGAGAATTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCGGCGGTTCGAAC > 2:305768/1‑141 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gGCGGGTACGACCCCGCCCTTTCGCGGCGGTAACGCGGGTTCGAGTCCCGTAGGAGTCATTATTTTGGAGAATTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGTAGAGGGTCGGCGGTTCGAACCCGTCATTCTCCACC < 1:386347/140‑1 AGCGGTTAAGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACCCGGGTTCGCGTCCCGTAGGAGTCATTATTTTGGAGAATTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCGGCGGTTCGAACCCGTCATTCTCCACC < 1:929581/141‑1 GCGGTTAAGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACACGGGTTCGAGTCCCGTAGGAGTCATTATTTTGGAGAATTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCGGCGGTTCGAACCCGTCATTCTCCACCc > 1:813826/1‑140 GCGGTTAAGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACACGGGTTCGAGTCCCGTAGGAGTCATTATTTTGGAGAATTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCGGCGGTTCGAACCCGTCATTCTCCACCA > 1:360821/1‑141 GCGGTTAAGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACACGGGTTCGAGTCCCGTAGGAGTCATTATTTTGGAGAATTAGCTCAGCGGGGAGAGCAACTGCCTTACAAGCAGAGGGTCGGCGGTTCGAACCCGTCATTCTCCACaa > 1:305390/1‑139 CGGTTAAGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACCCGGGTTCGAGTCCCGTAGGAGTCATTATTTTGGAGAATTAGCTCAGCTGGGAAAGCCTCTGCCGTACAAGCAGAGGGTCGGCGGTTCGAACCCGTCATTCTCCACCAT < 1:385986/141‑1 CGGTTAAGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACACGGGTTCGAGTCCCGTAGGAGTCATTATTTTGGAGAATTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCGGCGGTTCGAACCCGTCATTCTCCACCAT > 1:172049/1‑141 CGGTTAAGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACACGGGTTCGAGTCCCGTAGGAGTCATTATTTTGGAGAATTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCGGCGGTTCGAACCCGTCATTCTCCACCAT > 1:613569/1‑141 gggTAAGACCCCGCCGTTTCACGGCGGGAACACGCGTTCGAGTCCCGTAGGAGTCATTATTTTGGAGAATTAGCTCAGCTGGTAGAGCTCCTGCCTCACAAGCAGAGGGTCGGCGGTTCGCACCCGTCATTCTCCACCATT < 1:604303/138‑1 GGTTAAGGCCCCGCCCTTTCCCGGCGGTAACCCGGGTTCGAGTCCCGTAGGAGTCATTATTTTGGAGAATTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCGGCGGTTCGAACCCGTCATTCTCCACCATT < 1:232402/141‑1 GGTTAAGACACCGCCCTTTCCCGGCGGTAACACGGGTTCGAGTCCCGTAGGAGTCATTATTTTGGAGAATTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCGGCGGTTCGAACCCGTCATTCTCCACCATT < 1:424465/141‑1 GGTTAAGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACACGGGTTCGAGTCCCGTAGGAGTCATTATTTTGGAGAATTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCGGCGGTTCGAACCCGTCATTCTCCACCATT < 2:895393/141‑1 tcAGACCCCGCCCTTTCACGCCGGCAACACGGGTTCGAGCCCCGTAGGAGTCATTATTTTGGAGAATTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGTGTCGGCGGTTCGAACCCGGCATTCTCCACCATTctg < 2:258944/139‑4 |||||| CAGTGGTAGAGCTATCGGCTGTTAACCGATCGGTCGTAGGTTCGAGTCCTACCTGTGGAGCCATGGCTCCTTGGTCAAGCGGTTAAGACACCGCCCTTTCACGGCGGTAACACGGGTTCGAGTCCCGTAGGAGTCAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1961647‑1961511‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGAGAATTAGCTCAGCTGGGAGAGCATCTGCCTTACAAGCAGAGGGTCGGCGGTTCGAACCCGTCATTCTCCACCATTTAT < USA300TCH1516_ALE/1998272‑1998192 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |