| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1961511 = | 129 (1.420) | 99 (1.140) +TATTTT |
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| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1998272 | 102 (1.120) | noncoding (1/76 nt) | USA300TCH1516_01882 | tRNA‑Val | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
CAACCTACTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAAT > USA300TCH1516_ALE/1998132‑1998412 | cAACCTTCAGATTACCAGACAGTTGCTCCACGAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGACCCGCCGGCCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATGCTcc < 2:750414/141‑1 (MQ=11)cAACCTACTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTcc > 1:651948/1‑141 (MQ=34)cAACCTACTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTcc < 1:251224/141‑1 (MQ=35) aCCTACTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGACTAACTGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCCACTGGTAAGGCAGCTGCTGTCCCAGCTGCGCTAATTCTccca > 2:791548/1‑139 (MQ=11) ccTACTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGAt > 1:901054/1‑141 (MQ=35) ccTACTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGACGGAATTCTGCgtt > 2:937599/1‑139 (MQ=255) ccTACTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCCCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCggt > 1:405216/1‑139 (MQ=21) cTACTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGGAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAGCCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGAtt < 1:264503/141‑1 (MQ=21) cTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTATCCGCTTTaa > 2:920012/1‑141 (MQ=25) cTGATTACAAGTCAGTTGCAATGGCTATTAAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTaa > 2:457588/1‑141 (MQ=11) aGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTg < 2:134900/141‑1 (MQ=255) aGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATCACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTg < 1:513100/141‑1 (MQ=255) tCAGTTGCTCTACCAATTGCGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGc < 2:805455/141‑1 (MQ=255) gTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCTCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAAc > 1:245755/1‑141 (MQ=255) gTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAAc > 2:750220/1‑141 (MQ=255) gTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCGTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAAc > 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tctcCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAg > 1:405658/1‑141 (MQ=255) tctcCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACCTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAg < 2:26332/141‑1 (MQ=255) tctcCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTATAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAg > 1:188475/1‑141 (MQ=255) tctcCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGGT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAg > 1:437335/1‑141 (MQ=255) cctcCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CGACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCGTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAg < 1:791548/140‑1 (MQ=255) ccAGCTGTGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCAc < 1:774418/141‑1 (MQ=255) aGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCa < 2:832404/141‑1 (MQ=255) gCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAATGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAg > 1:660366/1‑141 (MQ=255) gCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAATTCGACTACCATAGACGCTCGGGAGCCTAGCTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATATACACCAg > 2:154940/1‑141 (MQ=14) cTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGa > 2:103919/1‑141 (MQ=255) gAGCTAAATCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACa < 1:151022/141‑1 (MQ=255) ggCTAATTCTCCGATTGAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACat < 1:2514/140‑1 (MQ=255) accTAATTCTACGATTGAAAACCGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACat < 1:290325/139‑1 (MQ=255) cTAATTCTCTAATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAACTCCTTGCTATAGTCACCAGACagat > 1:729461/1‑141 (MQ=255) cTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACatat > 1:838618/1‑141 (MQ=255) cTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACatat > 1:765197/1‑141 (MQ=255) tAATTGTCCGTTTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTCCTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGTAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATg < 2:150063/141‑1 (MQ=255) tAATTGTCCGATTTACAACGGCCCCGCAACTTT‑CTACTCTAACGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGTAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATg < 2:644097/141‑1 (MQ=11) tAATTCTCCGCTTTAAAACTGCCGGGCAACGTT‑CTACTCGAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATg < 2:193304/141‑1 (MQ=255) tAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATg < 2:618521/141‑1 (MQ=255) aTTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAATGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCGATAGTCACCAGACATATGaa < 1:601124/141‑1 (MQ=255) tctcCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATg < 2:901054/141‑1 (MQ=255) tctcCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAATCACCAGACATATGACTg > 2:526447/1‑141 (MQ=255) cGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAAt > 2:632041/1‑141 (MQ=38) | CAACCTACTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAAT > USA300TCH1516_ALE/1998132‑1998412 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |