| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2699163 = | 72 (0.790) | 22 (0.250) +TAGTGT |
3/268 | 9.8 | 24.2% | intergenic (+67/‑224) | copA/copZ | Copper‑exporting P‑type ATPase A/Copper chaperone CopZ |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2699363 | 72 (0.790) | intergenic (+267/‑24) | copA/copZ | Copper‑exporting P‑type ATPase A/Copper chaperone CopZ | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
TTCAGTAAGTGTTGTCACAAACGCACTTAGATTGAAAAAGATGCGATTAGAACCACGCCGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTA > USA300TCH1516_ALE/2699024‑2699300 | ttCAGTAAGTGTTGTCACAAACGCACTTAGATTGAAAAAGATGCGATTAGAACCACGCCGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTCTGATGTcgcg > 2:96406/1‑141 (MQ=255)ttCAGTAAGTGTTGTCACAAACGCACTTAGATTGAAAAAGATGCGATGAGAACCACGCCGGAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTAGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTcgcg > 1:453572/1‑141 (MQ=255) aGTAAGTGTTGTCACAAACGCACTTAAATTGAAAAAGATGCGATTAGAACCACGCCGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGtt < 1:214065/141‑1 (MQ=255) gtgtTGTCACAAACGCACTTAGATTGAAAAAGATGCGATTAGAACCACGCCGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAg < 2:128554/141‑1 (MQ=255) tgtCACAAACGCACTTAGATTGAAAAAGATGCGATTAGAACCACGCCGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTgg < 1:66313/141‑1 (MQ=255) gtCACAAACGCACTTAGATTGAAAAAGATGCGATTAGAACCACGCCGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGATGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCGCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGa > 2:837457/1‑141 (MQ=255) aaaaTGCATTTAGTTTGAAAAAGATGCGATTAGAACCAGGCCTTAAAGATGCCTTGTGTCCGTAAGAATGCAGTATTCTTTGGTGACTCGGAGTTATGCTAGTGATTGGTTCTATACTGTCGCGGTTTACAGTTGGATCtt < 2:254529/140‑1 (MQ=255) aaCGCACTTAGATTGAAAAAGATGCGATTAGAACCACGCCGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCg < 2:405864/141‑1 (MQ=255) aCGCACTTAGATTGAAAAAGATGCGATTAGAACCACGCCGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGc < 1:893060/141‑1 (MQ=255) aCGCACTTAGATTGAAAAAGATGCGATTAGAACCACGCCGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGc < 2:645036/141‑1 (MQ=255) gCACTTAGATTGAAAAAGATGCGATTAGAACCACGCCGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTc > 1:821184/1‑141 (MQ=255) gCACTTAGATTGAAAAAGATGCGATTAGAACCACGCCGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTc > 1:834143/1‑141 (MQ=255) aCTTAGATTGAAAAAGATGCGATTAGAACCACGCCGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGAGCTTCGCTCCa > 2:397463/1‑141 (MQ=255) aCTTAGATTGAAAAAGATGCGATTAGAACAACGCCGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCa > 2:615420/1‑141 (MQ=255) cTTAGATTGAAAAAGATGCGATTAGAACCACGCCGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCaa > 1:401609/1‑141 (MQ=255) cTTAGATTGAAAAAGATGCGATTAGAACCACGCCGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCaa > 2:865576/1‑141 (MQ=255) tAGATTGAAAAAGATCCGATTAGAAGCACGCCGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACt > 1:497913/1‑141 (MQ=255) agagTGAAAAAGATGCGATTAGAACCACGCCGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTCGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCATCTg < 2:910688/141‑1 (MQ=255) gATTGAAAAAGATGCGATTAGAACCACGCCGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGc > 1:226582/1‑141 (MQ=255) aaaaaaaaaaGCCATCAGAACCACCCCGTAAAGACGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATa < 1:375651/139‑1 (MQ=39) aaaaaGGTGAGATTAGAACTACGCCGTAAAGATGCCTAGATTCTTTAATAAGGAAGGAGTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAag < 2:192214/141‑1 (MQ=39) gaagCGATTTGAAACACGCCGTAAAGCTGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCa < 2:275527/138‑1 (MQ=255) gATGCGATTAGAACCACGCCGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCa < 1:428894/141‑1 (MQ=255) gCGATTAGAACCACGCCGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTa > 1:747869/1‑141 (MQ=255) gaaTTAGAACCACGCCGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTaa < 2:163251/139‑1 (MQ=255) cGATTAGAACCACGCCGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGCACCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTGCAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTaa > 2:926924/1‑141 (MQ=255) tAGAACCACGCCGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAattat < 1:737143/141‑1 (MQ=255) gAACCACGCCGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAAttatta < 1:869299/141‑1 (MQ=255) ccACGCCGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTataa > 1:354200/1‑141 (MQ=255) cGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATCAGAGCCACTGATTATTATAAgtcata > 2:819915/1‑141 (MQ=255) cGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATACGAGCCACTAATTATTATAAataata > 2:486517/1‑141 (MQ=255) cGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAataata > 1:873957/1‑141 (MQ=255) aGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAGGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTACGCTCCAACTGCACTAGATTTACTAATTATTATAAATAATAAGTac < 1:480502/141‑1 (MQ=37) aGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTac < 1:374863/141‑1 (MQ=255) gATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTTGTTATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTaca < 1:672438/141‑1 (MQ=255) gATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTaca < 1:582662/141‑1 (MQ=255) aTGCGTAGATGCCTTAATTATGGAGGATGCTTTGGGGACGCTGAGATGTGCTAGTGCTGGGCTCTAGAACGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTacac < 1:952067/141‑1 (MQ=17) aTGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCAAAGTCGCCGTTAATTATTATAAATAATAAGTacac < 1:237951/141‑1 (MQ=37) gCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAGTTATTATAAAAAATANGTACACTa > 2:867971/1‑141 (MQ=255) tAGATTCCTTAAAAATGAATGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTGCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACgg < 1:578611/141‑1 (MQ=255) caGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGCGACTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACgg < 1:376379/140‑1 (MQ=255) acgATCCCTTAATGATGAAGGCTTCGTTGGTGATCTTGAGATGTGCTAGTGATTGTCTCTATAATGTCGCGGTTTACATTTCGATCTGCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACgg < 2:659437/139‑1 (MQ=21) gATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTTTGAGATCGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGtt < 2:770145/141‑1 (MQ=255) gATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTTCTTGAAAGAATAAGTACACTACGGtt < 1:482002/141‑1 (MQ=37) gATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGtt < 1:10018/141‑1 (MQ=255) ttAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGt < 2:23854/141‑1 (MQ=255) gAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCtt < 2:314381/141‑1 (MQ=255) ggATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTACTTCTTATGAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGc > 1:928512/1‑141 (MQ=255) ggATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGc < 1:808848/141‑1 (MQ=255) agtCGTTGGTTATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATATGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTc < 1:599427/139‑1 (MQ=255) aTTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAAGCGGGTTCATTCCGTTAATTATTATAACTAATAAGTCAACTACGGTTTCCAGGTGGGTCTTCGCTc > 1:229583/1‑141 (MQ=21) aTTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGTTc > 2:104785/1‑141 (MQ=255) aTTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTc < 1:301864/141‑1 (MQ=255) tGGTGATTCTGGTATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATTTTCTGGTTTACTGTTTGATCTTCGCTCCAACTGCATTAGAGCCACATATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTg < 2:873957/141‑1 (MQ=17) tGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTg < 1:161528/141‑1 (MQ=255) ggTTATTCTTAATTAGGTTAGTGATTGGCTCTAAAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGc < 2:401609/141‑1 (MQ=17) gTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGAACTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCa > 2:628558/1‑141 (MQ=255) tGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCACCTGCAt > 1:183870/1‑141 (MQ=255) tGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCAt < 1:751123/141‑1 (MQ=255) agaTAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCa > 1:127469/1‑141 (MQ=255) aTAGACTAGTGCTTGGCCCTATAATGTCGCGGTTTACATTTGGATCTTCGCTCCAACTGCAATAGGGAGACAAATTATTATAAATAATAAGAACACCACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACt < 2:822068/141‑1 (MQ=14) cTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCCACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGCACACAACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAattt > 1:377525/1‑140 (MQ=255) gATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATtata < 1:20640/141‑1 (MQ=255) aTTGGCTGTATAATGTCACAGATTAAAGTTGAATCTTCGCTCCGTCTGCATAAGAGCCATTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTataa < 2:830384/141‑1 (MQ=11) ctGGCCCTATATTGTCGCGGTTTACATTTGGATCTACGCTCCAACGGCGTAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTataaa < 2:747869/140‑1 (MQ=11) ggCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTataaata > 1:961522/1‑141 (MQ=255) ataATGTCGCGGTTTACCGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGt < 1:605941/141‑1 (MQ=37) tGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTacac > 2:94581/1‑141 (MQ=37) tttgcgGTTTACAGTTTGATCTTGGCTTCAACTGCATAAGTGCAATTAATTATTGTTTATAATACTTACACTACGGTTTACATTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACt < 2:332369/138‑1 (MQ=11) gTCGCGGTTTGCAGTTGGATCTTCGCTCCAACGGCGTAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTCCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACt < 1:554748/141‑1 (MQ=255) gTCGCGGTTAACAGTTTGATCTTCGCTCCAACTGCATTAGAGCCACTAATTATTATAAATAACAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAACTACCCt < 2:614196/141‑1 (MQ=11) tCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTa > 1:703234/1‑141 (MQ=37) | TTCAGTAAGTGTTGTCACAAACGCACTTAGATTGAAAAAGATGCGATTAGAACCACGCCGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGGCTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTA > USA300TCH1516_ALE/2699024‑2699300 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |