| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2660590 | 91 (1.330) | intergenic (+32/+217) | ldhD_1/ybiV | D‑lactate dehydrogenase/Sugar phosphatase YbiV | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
AGTAACACCACATATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTTTGAGAT > USA300TCH1516_ALE/2660441‑2660720 | gTAACACCACATATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGgcg > 1:559508/1‑141 (MQ=255) ccacATATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAACTTAATATATATATTTAAAAGCAAACGCGCGCCaa > 2:860169/1‑140 (MQ=255) aattGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTgcc > 2:735040‑M2/2‑138 (MQ=255) atTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTgcct < 2:540779‑M2/141‑5 (MQ=255) ttGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTgcctt < 1:94199‑M2/141‑6 (MQ=255) tGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGTAACACTTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCacatggcgcgccttt < 1:172629‑M1/141‑16 (MQ=255) gCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTgcctttg > 2:53657‑M2/1‑134 (MQ=255) cTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTTAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTgcctttgc > 1:248050‑M2/1‑133 (MQ=255) tttctcTGATGAAGCAGTACAAAACCTGGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCCGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTgcctttgctttt > 1:350772‑M2/2‑129 (MQ=255) tgtctcggATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTgcctttgctttt > 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tctGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTTTCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATTTGCCTTTGCtatttatt > 1:710807/1‑141 (MQ=255) ctGATGAAGCCGTACGAATCCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAttt < 2:477800/141‑1 (MQ=255) tgatgaAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAtttt > 2:356647/1‑141 (MQ=255) tgatgaAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAtttt < 2:613650/141‑1 (MQ=255) tgatgaAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAtttt < 2:692391/141‑1 (MQ=255) gatgaAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAGAAGCAAAGGCGCGACATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTg < 1:583801/141‑1 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1:668477/141‑1 (MQ=255) atatatTTAAAAGCAAAGGCgcgccatgtgcctttgcttttaaatatatatattaatttaaacgtgtttcacatgtaccagtgttaatgacagataatgctgcgtttaaaccaccttcaacaaggttttgtactgcttcat < 1:4951‑M1/141‑122 (MQ=255) atatatTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCattatt > 1:478468/1‑141 (MQ=255) atatatTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCAATTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATGGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTATTATGGCattatt > 2:657477/1‑141 (MQ=255) atTTAAATGCAAAGGCGCGTCATGTGCTTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGTTTAAAATCCGTTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCt < 2:769823/141‑1 (MQ=255) atTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTGGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCt < 2:565211/141‑1 (MQ=255) 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1:632463/141‑1 (MQ=255) aaaaGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAAcc < 1:449255/141‑1 (MQ=255) aGCAAAGGCGCGCCTTGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGt < 1:612790/141‑1 (MQ=255) gCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGtt > 2:73014/1‑141 (MQ=255) cAAAGGCacatggcgcgcctttgcttttaaatatatatattaatttaaacgtgtttcacatgtaccagtgttaatgacagataatgctgcgtttaaaccaccttcaacaaggttttgtactgcttcatcagagaagaaagc > 2:53657‑M1/1‑7 (MQ=255) cAAAGGCacatggcgcgcctttgcttttaaatatatatattaatttaaacgtgtttcacatgtaccagtgttaatgacagataatgctgcgtttaaaccaccttcaacaaggttttgtactgcttcatcagagaagaaagc < 1:807682‑M1/141‑135 (MQ=255) aaaGGCGCGCCATGTgcctttgcttttaaatatatatattaatttaaaagtgttacacatgtaccagtgttaatgacagataatgctgcgtttaaaccaccttcaacaaggttttgtactgcttcatcagagaagaaagca < 1:172629‑M2/141‑127 (MQ=255) aaaGGCGCGCCATGTGCCTTTGTTTTTTATTTTGTATATCTTTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGTGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTTTg < 1:116563/141‑1 (MQ=255) aaaGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTATg > 2:841109/1‑141 (MQ=255) aaGGCacatggcgcgcctttgcttttaaatatatatattaatttaaacgtgtttcacatgtaccagtgttaatgacagataatgctgcgtttaaaccaccttcaacaaggttttgtactgcttcatcagagaagaaagcaa < 1:94199‑M1/141‑137 (MQ=255) aGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTTTgag > 1:794194/1‑141 (MQ=255) aGGCGCGACATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTTTCGCATGATTTCCTAACCTGTTTgag < 2:418732/141‑1 (MQ=255) | AGTAACACCACATATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTTTGAGAT > USA300TCH1516_ALE/2660441‑2660720 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |