| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2660581 | 90 (1.190) | 3 (0.040) | 3/236 | NT | 3.4% | intergenic (+23/+226) | ldhD_1/ybiV | D‑lactate dehydrogenase/Sugar phosphatase YbiV |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2660590 | 91 (1.330) | intergenic (+32/+217) | ldhD_1/ybiV | D‑lactate dehydrogenase/Sugar phosphatase YbiV | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
TATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTTTGAGATATATTAATA > USA300TCH1516_ALE/2660453‑2660729 | aattGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTgcc > 2:735040‑M2/2‑138 (MQ=255) atTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTgcct < 2:540779‑M2/141‑5 (MQ=255) ttGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTgcctt < 1:94199‑M2/141‑6 (MQ=255) gCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTgcctttg < 1:807682‑M2/141‑8 (MQ=255) gCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTgcctttg > 2:53657‑M2/1‑134 (MQ=255) cTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTTAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTgcctttgc > 1:248050‑M2/1‑133 (MQ=255) tttctcTGATGAAGCAGTACAAAACCTGGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCCGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTgcctttgctttt > 1:350772‑M2/2‑129 (MQ=255) tgtctcggATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTgcctttgctttt > 2:445826‑M2/3‑129 (MQ=255) cttctCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTgcctttgctttt > 2:687373‑M2/1‑129 (MQ=255) cttctCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTgcctttgctttt > 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ctGATGAAGCCGTACGAATCCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAttt < 2:477800/141‑1 (MQ=255) tgatgaAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAtttt > 2:356647/1‑141 (MQ=255) tgatgaAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAtttt < 2:692391/141‑1 (MQ=255) tgatgaAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGATACATGTGAAACACTTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAtttt < 2:354475/141‑1 (MQ=255) gatgaAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAGAAGCAAAGGCGCGACATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTg < 1:583801/141‑1 (MQ=255) gatgaAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTg < 1:231791/141‑1 (MQ=255) gatgaAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTg < 1:587579/141‑1 (MQ=255) gatgaAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTg < 1:770802/141‑1 (MQ=255) atgaAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCACATGGCGCgcctttgcttttaaatatat < 1:4951‑M2/141‑21 (MQ=255) gCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTGTCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATc > 1:128763/1‑141 (MQ=255) gCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATc > 2:715619/1‑141 (MQ=255) gCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGAGACATGTGACACTGCTTTTTATTTTGCATATc > 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ggtggtTTAAACGCAACATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGAtt > 1:676300/1‑141 (MQ=255) gtggtTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTa < 1:805781/141‑1 (MQ=255) tggtTTAAACGCAGCATTCTCTGTCATCAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTaa < 1:699042/141‑1 (MQ=255) tggtTTAAACGCAGCATTATCTGTCAGTAACACTGGGACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCATTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTaa < 2:149479/141‑1 (MQ=255) ggtTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTaaa < 2:682254/141‑1 (MQ=255) aaCGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGACACACCTTTAAAATAATTTTTATATGTAAAAGGAAATCCTCGTCAGGTGCCTTGGCTGTTAATTTTTTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGc < 2:667150/141‑1 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1:50340/141‑1 (MQ=255) atatatatatTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCCATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTTCTATGGCat < 1:668477/141‑1 (MQ=255) atatatTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCattatt > 1:478468/1‑141 (MQ=255) atatatTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCAATTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATGGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTATTATGGCattatt > 2:657477/1‑141 (MQ=255) atTTAAATGCAAAGGCGCGTCATGTGCTTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGTTTAAAATCCGTTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCt < 2:769823/141‑1 (MQ=255) atTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTGGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCt < 2:565211/141‑1 (MQ=255) aaaaGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCCTCTATTCACATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAAcc < 1:632463/141‑1 (MQ=255) aaaaGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAAcc < 1:449255/141‑1 (MQ=255) aGCAAAGGCGCGCCTTGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGt < 1:612790/141‑1 (MQ=255) aGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTCTGGCATTATTGCCTAACCTGt < 1:715619/141‑1 (MQ=255) aGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGt < 1:449594/141‑1 (MQ=255) gCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGtt > 2:73014/1‑141 (MQ=255) aaaGGCGCGCCATGTgcctttgcttttaaatatatatattaatttaaaagtgttacacatgtaccagtgttaatgacagataatgctgcgtttaaaccaccttcaacaaggttttgtactgcttcatcagagaagaaagca < 1:172629‑M2/141‑127 (MQ=255) aaaGGCGCGCCATGTGCCTTTGTTTTTTATTTTGTATATCTTTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGTGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTTTg < 1:116563/141‑1 (MQ=255) aaaGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTATg > 2:841109/1‑141 (MQ=255) aGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTTTgag > 2:108837/1‑141 (MQ=255) aGGCGCGACATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTTTCGCATGATTTCCTAACCTGTTTgag < 2:418732/141‑1 (MQ=255) gcgcgcCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCGGTTTGAGat > 1:565995/1‑141 (MQ=255) gcCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTTTGAGatatat > 1:796718/1‑141 (MQ=255) ccATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTTTGAGATATAtt < 1:655371/141‑1 (MQ=255) cATTTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTTTGAGATATATTa < 2:128763/141‑1 (MQ=255) tgtgCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTTTGAGATATATTAat > 1:754434/1‑141 (MQ=255) gtgCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTACAGTTGGTTGGTGACTATGGCCTTATTTCCTAACCTGTTTGAGATATATTAata > 1:894014/1‑141 (MQ=255) | TATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTTTGAGATATATTAATA > USA300TCH1516_ALE/2660453‑2660729 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |