| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 665005 = | 100 (1.160) | 3 (0.040) | 3/282 | 7.6 | 3.0% | intergenic (+17/‑152) | ywqN_2/paiA_1 | Putative NAD(P)H‑dependent FMN‑containing oxidoreductase YwqN/Spermidine/spermine N(1)‑acetyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 665029 = | 101 (1.230) | intergenic (+41/‑128) | ywqN_2/paiA_1 | Putative NAD(P)H‑dependent FMN‑containing oxidoreductase YwqN/Spermidine/spermine N(1)‑acetyltransferase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ACTTTCTCCCCTTATTAACAAGTTTTAATAACGGCATTATACCACAACTTGCTCAATACTTAATAAACAATGATTGTCTATTCAATTTATATATTTATATTTTCCGTTAAAATTAAAAATAAAAAATAACGAAGCAAAAAATCACTTCGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/665155‑665005‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cttcgttATTTTTTATTTTTAATTTTAACGGAAAATATAAATATATAAATTGAATAGACAATCATTGTTTATTAAGTATTGAGCAAGTTGTGGTATAATGCCGTTATTAAAACTTGTTAATAAGGGGAGAAAGTCATGTTCAAGGTAAGACAAGC > USA300TCH1516_ALE/665029‑665176 ACTTTCTCCCCTTATTAACAAGTTTTAATAACGGCATTATACCACAACTTGCTCAATACTTAATAAACAATGATTGTCTATTCAATTTATATGTTTATATTTTCCTTTAAAATTAAAAATAAAAAATAAAGAAGCAATAAATCACTTCG > 2:21436/1‑149ACTTTCTCCCCTTATTAACAAGTTTTAATAACGGCATTATACCACAACTTGCTCAATACTTAATAAACAATGATTGTCTATTCAATTTATATATTTATATTTTCCGTTAAAATTAAAAATAAAAAATAACGAAGCAAAAAATCACTTCG > 2:226666/1‑149 aTTTTTCCACTTATTAACAAGTTTTAATAACGGCATTAGACCACAACTTGCTCAATACTTAATAAACAATGATTGTCTATTCAATTTATATATTTATATTTTCCGTTAAAATTAAAAATAAAAAATAACGAAGCAAAAAATCACTTCGT < 2:734197/148‑1 aTTTCTACCCTTATCAAAAATTTTTAATAACGGCATTATACCACAACTTGCTCAATACTTAATAAACAATGATTGCCTATTAAATTTATATATTTATATTTTCCTTTAAAATTAAAAATAAAAAATAACGAAGCAAAAAATCACTTCGT < 2:747814/148‑1 ttcCTCCCCTTATTAACAAGTTTTAATAACGGCATTATACCACAACTTGCTCAATACTTAATAAACAATGATTGTCTATTCAATTTATATATTTATATTTTCCGTTAAAATTAAAAATAAAAAATAACGAAGCAAAAAATCACTTCGTT < 1:864624/146‑1 TTTCTCCCCTTATTAACAAGTTTTAATAACGGCATTATACCACAACTTGCTCAATACTTAATAAACAATGATTGTCTATTCAATTTATATATTTATATTTTCCGTTAAAATTAAAAATAAAAAATAACGAAGCAAAAAATCACTTCGTT > 1:915225/1‑149 TTTCTCCCCTTATTAACAAGTTTTAATAACGGCATTATACCACAACTTGCTCAATACTTAATAAACAATGATTGTCTATTCAATTTATATATTTATATTTTCCGTTAAAATTAAAAATAAAAAATAACGAAGCAAAAAATCACTTCGTT > 1:934444/1‑149 TTATACCACAACTTGCTCAATACTTAATAAACAATGATTGTCTATTCAATTTATATATTTATATTTTCCGTTAAAATTAAAAATCAAAAGTAACTAAGCAAAAAATCACTTAGTTATTTTTTATTTTTAATTTTAACGGAAAATATAAA > 1:677234/1‑149 tttttcTTTTCCGTTAATATTAAAAATAAAAAATAACGATGCAAATAATTTCTTCGTTATTTTTTATTTTTAATTTTAACGGAAAATATAAATATATAAATTGAATAGACAATCATTGTTTATTAAGTATTGAGCAAGTTGTGGTATAA < 2:677234/143‑1 cccaaTAAAATTAAAAATAAAAAATAAAGAAGCAAACAATCACTTCGTTATTTTTTATTTATAATTTTATTGTAAAATATAAATATATAAATTGAATAGACAATCATTGTTTATTAAGTATTGAGCAAGTTGTGGTATAATGCCGTTAT < 2:5579/144‑1 TCGTTATTTTTTATTTTTAATTTTAACGGAAAATATAACTATATAAATTGAATAGACAATCATTGTTTCTGAAGTATTAAGCAAGTTGTGGAATAATGCCGTTATTAAACCGTGTTAATAAGGGGAGAAAGTGATGTTCAAGGTACGAC > 2:149812/1‑149 TCGTTATTTTTTATTTTTAATTTTAACGGAAAATATAAATATATAAATTGAATAGACAATCATTGTTTATTAAGTATTGAGCAAGTTGTGGTATAATGCCGTTATTAAAACTTGTTAATAAGGGGGGAAAGTCATGTTAAAGGTAAGAC > 2:532321/1‑149 TCGTTATTTTTTATTTTTAATTTTAACGGAAAATATAAATATATAAATTGAATAGACAATCATTGTTTATTAAGTATTGAGCAAGTTGTGGTATAATGCCGTTATTAAAACTTGTTAATAAGGGGCGAAAGTCATGTTCAAGGTAAaaa > 2:828221/1‑146 TCGTTATTTTTTATTTTTAATTTTAACGGAAAATATAAATATATAAATTGAATAGACAATCATTGTTTATTAAGTATTGAGCAAGTTGTGGTATAATGCCGTTATTAAAACTTGTTAATAAGGGGAGAAAGTCATGTTCAAGGTAAGAC > 2:815777/1‑149 TATTTTTTATTTTTAATTTTAACGGAAAATATAAATATATAAATTGAATAGACAATCATTGTTTATTAAGTATTGAGCAAGTTGTGGTATAATGCCGTTATTAAAACTTGTTAATAAGGGGAGAAAGTCATGTTCAAGGTAAGACAAGC > 1:845260/1‑149 TATTTTTTATTTTTAATTTTAACGGAAAATATAAATATATAAATTGAATAGACAATCATTGTTTATTAAGTATTGAGCAAGTTGTGGTATAATGCCGTTATTAAAACTTGTTAATAAGGGGAGAAAGTCATGTTCAAGGTAAGACAAGC > 1:845293/1‑149 ACTTTCTCCCCTTATTAACAAGTTTTAATAACGGCATTATACCACAACTTGCTCAATACTTAATAAACAATGATTGTCTATTCAATTTATATATTTATATTTTCCGTTAAAATTAAAAATAAAAAATAACGAAGCAAAAAATCACTTCGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/665155‑665005‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cttcgttATTTTTTATTTTTAATTTTAACGGAAAATATAAATATATAAATTGAATAGACAATCATTGTTTATTAAGTATTGAGCAAGTTGTGGTATAATGCCGTTATTAAAACTTGTTAATAAGGGGAGAAAGTCATGTTCAAGGTAAGACAAGC > USA300TCH1516_ALE/665029‑665176 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |