New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 665005 = | 100 (1.160) | 3 (0.040) | 3/282 | 7.6 | 3.0% | intergenic (+17/‑152) | ywqN_2/paiA_1 | Putative NAD(P)H‑dependent FMN‑containing oxidoreductase YwqN/Spermidine/spermine N(1)‑acetyltransferase |
? | USA300TCH1516_ALE | 665029 = | 101 (1.230) | intergenic (+41/‑128) | ywqN_2/paiA_1 | Putative NAD(P)H‑dependent FMN‑containing oxidoreductase YwqN/Spermidine/spermine N(1)‑acetyltransferase | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
GCCACTTTAAATGGTTATATTATTGGAACTGCTGAAAAGCCTGGTGACATCATGAAAGACAACTATGCCTTAGCACGTGCAACTGAGTGGAATAGTATATTGCAATAAGACATACCTCATACTAAACGAAGTGATTTTTTGCTTCGTTATTTTTTATTTTTAATTTTAACGGAAAATATAAATATATAAATTGAATAGACAATCATTGTTTATTAAGTATTGAGCAAGTTGTGGTATAATGCCGTTATTAAAACTTGTTAATAAGGGGAGAAAGTCATGTTCAAGGTAAGACAAGC > USA300TCH1516_ALE/664881‑665176 | gCCACTTTAAATGGTTATATTATTGGAACTGCTGAAAAGCCTGGTGACATCATGAAAGACAACTATGCCTTAGCACGTGCAACTGAGTGGAATAGTATATTGCAATAAGACATACCTCATACTAAACGAAGTGATTTTTTGCTTCGtta > 1:902105/1‑149 (MQ=255) tttAAATGGTTATATTATTGGAACTGCTGAAAAGCCTGGTGACATCATGAAAGACAACTATGCCTTAGCACGTGCAACTGAGTGGAATAGTATATTGCAATAAGACATACCTCATACTAAACGAAGTGATTTTTTGCTTCGttattttt > 1:251421/1‑149 (MQ=255) tttAAATGGTTATATTATTGGAACTGCTGAAAAGCCTGGTGACATCATGAAAGACAACTATGCCTTAGCACGTGCAACTGAGTGGAATAGTATATTGCAATAAGACATACCTCATACTAAACGAAGTGATTTTTTGCTTCGttattttt > 1:356298/1‑149 (MQ=255) ttAAATGGTTATATTATTGGAACTGCTGAAAAGCCTGGTGACATCATGAAAGACAACTATGCCTTAGCACGTGCAACTGAGTGGAATAGTATATTGCAATAAGACATACCTCATACTAAACGAAGTGATTTTTTGCTTCGttatttttt < 2:185780/149‑1 (MQ=255) tAAATGGGTATATTATTGGAACGGCTGAAAAGCCTGGTGACATCATGAAAGACAACTATGCCTTAGCACGTGCAACTGAGTGGAATAGTATATTGCAATAAGACATACCTCATACTAAACGAAGTGATTTTTTGCTTCGttatttttta < 2:726331/149‑1 (MQ=255) aTGGTTATATTATTGGAACTGCTGAAAAGCCTGGTGACATCATGAAAGACAACTATGCCTTAGCACGTGCAACTGAGTGGAATAGTATATTGCAATAAGACATACCTCATACTAAACGAAGTGATTTTTTGCTTCGttattttttattt > 2:733811/1‑149 (MQ=255) aTGGTTATATTATTGGAACTGCTGAAAAGCCTGGTGACATCATGAAAGACAACTATGCCTTAGCACGTGCAACTGAGTGGAATAGTATATTGCAATAAGACATACCTCATACTAAACGAAGTGATTTTTTGCTTCGttattttttattt > 1:379409/1‑149 (MQ=255) tGGTTATATTATTGGAACTGCTGAAAAGCCTGGTGACATCATGAAAGACAACTATGCCTTAGCACGTGCAACTGAGTGGAATAGTATATTGCAATAAGACATACCTCATACTAAACGAAGTGATTTTTTGCTTCGttattttttatttt > 1:863158/1‑149 (MQ=255) tattatTGGAACTGCTGAAAAGCCTGGTGACATCATGAAAGACAACTATGCCTTAGCACGTGCAACTGAGTGGAATAGTATATTGCAATAAGACATACCTCATACTAAACGAAGTGATTTTTTGCGTCGTTATTTTTTATttttaattt > 2:142860/1‑149 (MQ=255) tattGGAATTGCTGAAAAGTCTGGTGACATCATTAAAGACAACTATGCCTTAGCACGTGCAACTGAGTGGAATAGTATATTGCAATAAGACATACCTCATACTAAACGAAGTGATTTTTTGCTTCGTTATTTTTTATttttaattttaa < 1:549963/149‑1 (MQ=255) tattGGAACTGCTGAAAAGCCTGGTGACATCATGAAAGACAACTATGCCTTAGCACGTGCAACTGAGTGGAATAGTATATTGCAATAAGACATACCTCATACTAAACGAAGTGATTTTTTGCTTCGTTATTTTTTATttttaattttaa < 2:548539/149‑1 (MQ=255) ttGGAACTGCTGAAAAGCCTGGTGACATCATGAAAGACAACTATGCCTTAGCACGTGCAACTGAGTGGAATAGTATATTGCAATAAGACATACCTCATACTAAACGAAGTGATTTTTTGCTTCGTTATTTTTTATTTTTAATTTTAACg > 1:243066/1‑149 (MQ=255) ttGGAACTGCTGAAAAGCCTGGTGACATCATGAAAGACAACTATGCCTTAGCACGTGCAACTGAGTGGAATAGTATATTGCAATAAGACATACCTCATACTAAACGAAGTGATTTTTTGCTTCGTTATTTTTTATTTTTAATTTTAACg > 1:799079/1‑149 (MQ=255) tGGAACTGCTGAAAAGCCTGGTGACATCATGAAAGACAACTATGCCTTAGCACGTGCAACTGAGTGGAATAGTATATTGCAATAAGACATACCTCATACTAAACGAAGTGATTTTTTGCTTCGTTATTTTTTATTTTTAATTTTAACgt > 2:863641/1‑148 (MQ=255) tGGAACTGCTGAAAAGCCTGGTGACATCATGAAAGACAACTATGCCTTAGCACGTGCAACTGAGTGGAATAGTATATTGCAATAAGACATACCTCATACTAAACGAAGTGATTTTTTGCTTCGTTATTTTTTATTTTTAATTTTAACgg > 2:252408/1‑149 (MQ=255) tGGAACTGCTGAAAAGCCTGGTGACATCATGAAAGACAACTATGCCTTAGCACGTGCAACTGAGTGGAATAGTATATTGCAATAAGACATACCTCATACTAAACGAAGTGATTTTTTGCTTCGTTATTTTTTATTTTTAATTTTAACgg < 2:868873/149‑1 (MQ=255) tGGAACTGCTGAAAAGCCTGGTGACATCATGAAAGACAACTATGCCTTAGCACGTGCAACTGAGTGGAATAGTATATTGCAATAAGACATACCTCATACTAAACGAAGTGATTTTTTGCTTCGTTATTTTTTATTTTTAATTTTAACgg > 1:231375/1‑149 (MQ=255) tGGAACGTCTGAAAAGCCTGGTGACATCATGAAAGACAACTCTGCCTTAGCACGTGAAACTGAGTGGAATAGTATATTGCAATAAGACATACCTCATACTAAACGAAGTGATTTTTTGCTTCGTTATTTTTTATTTTTAATTTTAACgg < 2:87401/149‑1 (MQ=255) gAACTGCTGAAAAGCCTGGTGACATCATGAAAGACAACTATGCCTTAGCACGTGCAACTGAGTGGAATAGTATATTGCAATAAGACATACCTCATACTAAACGAAGTGATTTTTTGCTTCGTTATTTTTTTTTTTTAATTTTAACGCaa > 2:159826/1‑149 (MQ=255) gAACTGCTGAAAAGCCTGGTGACATCATGAAAGACAACTATGCCTTAGCACGTGCAACTGAGTGGAATAGTATATTGCAATAAGACATACCTCATACTAAACGAAGTGATTTTTTGCTTCGTTATTTTTTATTTTTAATTTTAACGGaa < 2:499126/149‑1 (MQ=255) gAACTGCTGAAAAGCCTGGTGACATCATGAAAGACAACTATGCCTTAGCACGTGAAAAAGAAAAGAACAGTATATTGCAATAAGACATACCTCATACTAAACGACGTGATTTTTTGCTTCGTTATTTTTTATTTTTAATTTCAACGGaa < 1:677757/149‑1 (MQ=255) aaCTGCTGAAAAGCCTGGTGACATCATGAAAGACAACTATGCCTTAGCACGTGCAACTGAGTGGAATAGTATATTGCAATAAGACATACCTCATACTAAACGAAGTGATTTTTTGCTTCGTTATTTTTTATTTTTAATTTTAACGGaaa < 1:269655/149‑1 (MQ=255) aCTGCTGAAAAGCCTGGTGACATCATGAAGGACAACTATGCCTTAGCACGTGCAACTGAGTGGAATAGTATATTGCAATAAGACATACCTCATACTAAACGAAGTGATGTTTTGCTTCGTTATTTTTTATTTTTAATTTTAACGGagaa > 2:637481/1‑149 (MQ=255) aCTGCTGAAAAGCCTGGTGACATCATGAAAGACAACTATGCCTTAGCACGTGCAACTGAGTGGAATAGTATATTGCAATAAGACATACCTCATACTAAACGAAGTGATTTTTTGCTTCGTTATTTTTTATTTTTAATTTTAACGGaaaa > 1:555034/1‑149 (MQ=255) aCTGCTGAAAAGCCTGGTGACATCATGAAAGACAACTATGCCTTAGCACGTGCAACTGAGTGGAATAGTATATTGCAATAAGACATACCTCATACTAAACGAAGTGATTTTTTGCTTCGGTATTTTTTTTTTTTTATTTTAACGGaaga > 2:893146/1‑147 (MQ=255) cgctgAAAAGCCTGGTGACATCATGAAAGACAACCATGCCTTAGCACGTGCAACTGAGTGGAATAGTATACTGCAATAAGACATACCTCATACTAAACGAAGTGATTTTTTGCTTCGTTATTTTCTATTTTTAATTTTAACGGAaaata < 1:460533/148‑1 (MQ=255) ctgAAAAGCCTGGTGACATCATGAAAGACAACTATGCCTTAGCACGTGCAACTGAGTGGAATAGTATATTGCAATAAGACATACCTCCTACTAAACGAAGTGATTTTTTGCTTCGTTATTTTTTATTTTTAATTTTAACGGAaaatata < 2:152837/149‑1 (MQ=255) ctgAAAAGCCTGGCGACATCATGAAAGACAACTATGCCTTAGCACGTGCAACTGAGTGGAATAGTATATTGCAATAAGACATACCTCATACTAAACGAAGTGATTTTTTGCTTCGTTATTTTTTATTTTTAATTTTAACGGAaaatata < 2:670179/149‑1 (MQ=255) cggAAAAGCCTGGTTACATCATGAAAGACAACTATGCCTTAGCACGTGCAACTGAGTGGAATAGTATATTGCAATAAGACATACCTCATACTAAACGAAGTGATTTTTTGCTTCGTTATTTTTTATTTTTAATTTTAACGGAaaatata < 2:806961/147‑1 (MQ=255) cggAAAAGCCTGGTGACATCATGAAAGACAACTATGCCTTAGCACGTGCAACTGAGTGGAATAGTATATTGCAATAAGACATACCTCATCCTAAACGTAGTGATTTTTTGCTTCGTTATTTTTTATTTTTAATTTTAACGGAaaatata < 2:152884/147‑1 (MQ=255) gAAAAGCCTGGTGACCTCATGAAAGACAGCTAGGCCTTTGCACGTGCAACTGAGTGGAATAGTATATTGCAATAAGACATACCTCATACTAAACGAAGTGATTTTTTGCTTCGTTATTTTTTATTTTTAATTTTAACGGAaaatataaa < 2:180711/149‑1 (MQ=255) aaaaGCCTGGTGACATCATGAAAGACAACTATGCCTTAGCACGTGCAACTGAGTGGAATAGTATATTGCAATAAGACATACCTCATACTAAAAGACGTACTTTGATGCTTCGTTATTTTTTATTTTTAATTTTAACGGAaaatataaat > 1:673638/1‑149 (MQ=255) aaaGCCTGGTGACATCATGAAAGACAACTATGCCTTAGCACGTGCAACTGAGTGGAATAGTATATTGCAATAAGACATACCTCATACTAAACGAAGTGATTTTTTGCTTCGTTATTTTTTATTTTTAATTTTAACGGAaaatataaata < 2:754719/149‑1 (MQ=255) aaaGCCTGGTGACATCATGAAAGACAACTATGCCTGAGCTCGTGAATGTGACGAGGATAGTATATTGCAATAAGACATACCTCATACTAAACGAAGTGATTTTTTGCTTCGTTATTTTTTATTTTTAATTTTAACGGAaaatataaata < 2:379002/149‑1 (MQ=255) tcacctcatGAAAGACCACTTTGCCTTAGCACGGGCAACTGAGTGGAATAGTATATTTCAATAAGACATACCTCATACTAAACGAAGTGATTTTTTGCTTCGTTATTTTTTATTTTTAATTTTAACGGAAAATATAAATATATAAATTg < 2:179978/144‑1 (MQ=255) atGAAAGACAACTATGCCTTAGCACGTGCAACTGAGTGGAATAGTATATTGCAATAAGACATACCTCATACTAAACGAAGTGATTTTTTGCTTCGTTATTTTTTCATCAGATTTTTAACGGAAAATATAAATATATAAATTGAATAGAc > 1:482120/1‑149 (MQ=255) gAAAGACAACTATGCCTTAGCACGTGCAACTGAGTGGAATAGTATATTGCAATAAGACATACCTCATACTAAACGAAGTGATTTTTTGCTTCGTTATTTTTTATTTTTAATTTTAACGGAAAATATAAATATATAAATTGAATAGACaa < 2:796298/149‑1 (MQ=255) aaaGACAACTATGCCTTAGCACGTGCAACTGAGTGGAATAGTATATTGCAATAAGACATACCTCATACTAAACGAAGTGATTTTTTGCTTCGTTATTTTTTATTTTTAATTTTAACGGAAAATATAAATATATAAATTGAATAGACAAt > 2:453004/1‑149 (MQ=255) aCAACTATGCCTTAGCACGTGCAACTGAGTGGAATAGTATATTGCAATAAGACATACCTCATACTAAACGAAGTGATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATTTTTAATTTTAACGGAAAATTTAAATATATTAATTGAATACACAAtgctt > 2:352341/1‑145 (MQ=255) aCAACTATGCCTTAGCACGTGCAACTGAGTGGAATAGTATATTGCAATAAGACATACCTCATACTAAACGAAGGGATTTTTTGCTTCGTTATTTTTTATTTTTAATTTTAACGGAAAATATAAATATATAAATTGAATAGACAATCAtt > 2:760768/1‑149 (MQ=255) cAACTATGCCTTAGCACGTGCAACTGAGTGGAATAGTATATTGCAATAAGACATACCTCATACTAAACGAAGTGATTTTTTGCTTCGTTATTTTTTATTTTTAATTTTAACGGAAAATATAAATATATAAATTGAATAGACAATCATTg > 1:812672/1‑149 (MQ=255) aaaCTATGCCTTAGCACGTGGAACAGAGTGGAATAGTATATTGCAATAAGACATACCTCATACTAAACGAAGTGATTTTTTGCTTCGTTATTTTTTATTTTTAATTTTAACGGAAAATATAAATATATAAATTGAATAAACAATGATTg < 1:342742/148‑1 (MQ=255) aaCTAGTCCTTTGCACTTGCAACTGAGTGGAATAGTATATTGCAATAATACATTCCTCATACTAAACGAAGTGATTTTTTGCTTCGTTATTTTTTATTTTTAATTTTAAACCAATCTAGTTTGATATAAATTGAATAGACAATCATTGt < 2:901184/149‑1 (MQ=255) tattctatAGCACGTGCAACTGAGTGGAATAGTATATTGCAATAAGACATACCTCATACTAAACGAAGTGATTTTTTGCTTCGTTATTTTTTATTTTTAATTTTAACGGAAAATATAAATATATAAATTGAATAGACAATCATTGTtta < 2:455968/142‑1 (MQ=255) tATGCCTTAGCACGTGCAACTGAGTGGAATAGTATATTGCAATAAGACATACCTCATACTAAACGAAGTGATTTTTTGCTTCGTTATTTTTTATTTTTAATTTTAACGGAAAATATAAATATATAAATTGAATAGACAATCATTGTtta < 2:757272/149‑1 (MQ=255) aaTGCCTTAGCACGTGCAACTGAGTGGAATAGTATAATGCAATAAGACATACCTCATACTAAACGAAGTGATTTTTTGCTTCGTTATTTTTTATTTTTAATTTTAACGGAAAATATAAATATATAAATTGAATAGACAATCATTGTtta < 2:259008/148‑1 (MQ=255) aTGCCTTAGCACGTGCAACTGAGTGGAATAGTATATTGCAATAAGACATACCTCATACTAAACGAAGTGATTTTTTGCTTCGTTATTTTTTATTTTTAATTTTGACGGAAAATATAAATATATAAATTGAATAGAAATTCATTTTttat > 2:633496/1‑149 (MQ=255) aTGCCTTAGCACGTGCAACTGAGTGGAATAGTATATTGCAATAAGACATACCTCATACTAAACGAAGTGATTTTTTGCTTCGTTATTTTTTATTTTTAATTTTAACGGAACATCTAATTATTTAAATTGAAGAGACAGACAATGTttat > 2:548086/1‑149 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |