| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 291054 = | 106 (1.230) | 4 (0.050) | 4/284 | 7.1 | 3.6% | coding (719/1260 nt) | gatC_1 | PTS system galactitol‑specific EIIC component |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 291069 = | 111 (1.340) | coding (734/1260 nt) | gatC_1 | PTS system galactitol‑specific EIIC component | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
CCAGGTATTTACTTAGTTAAATTGTTACAAAAAGTACCCGGTCTGAATAAGTTAGATGCTGATCCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAATGGTATTAATGCCTAGAATGGTAAAAATCTTAATGGAAGGTTTAATGCCAGTTTCAGAGTCTGCAAGAACATGGCTAAATAAACGTTTTGGCGAA > USA300TCH1516_ALE/290906‑291202 | ccAGGTATTTACTTAGTTAAATTGTTACAAAAAGTACCCGGTCTGAATAAGTTAGATGCTGATCCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTAGTGGTGTGTTAGc > 1:770303/1‑149 (MQ=255) aGGTATTTACTTAGTTAAATTGTTACAAAAAGTACCCGGTCTGAATAAGTTAGATGCTGATCCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAg < 2:143336/149‑1 (MQ=255) aTTTACTTAGTTAAATTGTTACAAAAAGTACTCGGTCTGAATAAGTTAGATGCTGAGCCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTa < 1:798334/149‑1 (MQ=255) ttACTTAGTTAAATTGTTACAAAAAGTACCCGGTCTGAATAAGTTAGATGCTGATCCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGCGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGTTGTGTTAACAGGTTACa > 2:745323/1‑149 (MQ=255) gtaaaaTTGTTACAAAAAGGACCCGGTCCGAATAAGTTAGATGCTGATCCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTgg < 1:315352/146‑1 (MQ=255) ttAAATTGTTACAAAAAGTACCCGGTCTGAATAAGTTCGATGCTGATCCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGACTATATTTGTCGCATTGATATCCGGTTTAGGTATTGGGGCGTTTGCAGGTTACCAGCCTggg > 2:47684/1‑148 (MQ=255) ttAAATTGTTACAAAAAGTACCCGGTCTGAATAAGTTAGATGCTGATCCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGAGTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTCCAAACCCGga > 2:223326/1‑149 (MQ=255) aaaTTGTTACAAAAAGTACCCTGTCTGAATAAGTTAGATGCTGATCCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGGGAGTCTATATTTGTCGGCTTTATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGgaga < 2:3907/149‑1 (MQ=255) aaTTGTTACAAAAAGTACCCGGTCTGAACAAGTTAGATGCTGATCCTGAAACGATTCAAAAACGTTATGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTATGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGAc > 1:567087/1‑149 (MQ=255) aTTGTTACAAAAAGTACCCGGTCTGAATAAGTTAGATGCTGATCCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGAca < 2:86984/149‑1 (MQ=255) aTTGTTACAAAAAGTACCCGGTCTGAATAAGTTAGATGCTGATCCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGAca < 1:248067/149‑1 (MQ=255) aTTGTTACAAAAAGTACCCGGTCTGAATAAGTTAGATGCTGATCCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGAca < 2:2424/149‑1 (MQ=255) gTTACAAAAAGTACCCGGTCTGAATAAGTTAGATGCTGATCCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTGCAAACCTGGAGAcatca > 2:629549/1‑149 (MQ=255) tACAAAAAGTACCCGGTCTGAATAAGTTAGATGCTGATCCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCAtt > 2:680406/1‑149 (MQ=255) aCAAAAAGTACCCGGTCTGAATAAGTTAGATGCTGATCCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTa < 2:439063/149‑1 (MQ=255) aCAAAAAGTACCCGGTCTGAATAAGTTAGATGCTGATCCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTa < 2:729544/149‑1 (MQ=255) aaaaaGTACCCGGTCTGAATAAGTTAGATGCTGATCCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAAt > 1:104239/1‑149 (MQ=255) aaaaaGTACCCGGTCTGAATAAGTTAGATGCTGATCCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGACTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAAt > 2:89523/1‑149 (MQ=255) 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cTGATCCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCGTTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAATGGTa > 2:712840/1‑149 (MQ=255) cTGATCCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAATGGTa < 1:291230/149‑1 (MQ=255) cTGATCCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAATGGTa < 1:853772/149‑1 (MQ=255) tGATCCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAATGGTAt > 1:418320/1‑149 (MQ=255) gATCCTGAAACAATGCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAATGGTAtt > 2:477336/1‑149 (MQ=255) 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tGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAATGGTATTAATGc < 1:368442/149‑1 (MQ=255) gAAAAAATTAAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAATGGTATTAATGcc < 2:703120/149‑1 (MQ=255) aaaGAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGATTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAATGGTATTAATGCCt < 1:207331/149‑1 (MQ=255) cAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGCCTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAATGGTATTAATGCCTAGa > 1:599707/1‑149 (MQ=255) cAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAATGGTATTAATGCCTAGa < 2:568295/149‑1 (MQ=255) 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tttaggtATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAATGGTATTAATGCCTAGAATGGTAAAAATCTTAATGGAAGGTTTAATGCCAGTTTCAGAGTCTGCAAGAACATGGc > 1:578025/1‑149 (MQ=255) ttaggtATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAATGGTATTAATGCCTAGAATGGTAAAAATCTTAATGGAAGGTTTAATGCCAGTTTCAGAGACTGCAAGAACATGGCt > 2:170465/1‑149 (MQ=255) ttaggtATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAATGGTATTAATGCCTAGAATGGTAAAAAACTTAATGGAAGGTTTAATGCCAGTTTCAGAGTCTGCAAGAACAAGGCt > 2:210477/1‑149 (MQ=255) aggtATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAATGGTATTAATGCCTAGAATGGTAAAAATCTTAATGGAAGGTTTAATGCCAGTTTCAGAGTCTGCAAGAACCTGGCtaa > 1:361456/1‑149 (MQ=255) ggtttgggTGTGTCAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAATGGTATTAATGCCTAGAATGGTAAAAATCTTTATGGAAGGTTTAATGCCAGTTTCAGAGTCTGCAAGAACATGGCtaaa < 1:65813/143‑1 (MQ=255) ggtATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAATGGTATTAATGCCTAGAATGGTAAAAATCTTAATGGAAGGTTTAATGCCAGTTTCAGAGTCTGCAAGAACATGGCtaaa < 2:622830/149‑1 (MQ=255) ggtATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAATGGTATTAATGCCTAGAATGGTAAAAATCTTAATGGAAGGTTTAATGCCAGTTTCAGAGTCTGCAAGAACATGGCtaaa < 1:385799/149‑1 (MQ=255) ggtATTGGTGGGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAATGGTATTAATGCCTAGAATGGTAAAAATCTTAATGGAAGGTTTAATGCCAGTTTCAGAGTCTGCAAGAACATGGCtaaa < 2:740644/149‑1 (MQ=255) ggTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAATGGTATTAATGCCTAGAATGGTAAAAATCTTAATGGAAGGTTTAATGCCAGTTTCAGAGTCTGCACGAACATGGCTAAATAAACg > 1:256887/1‑149 (MQ=255) gtgtgtTAGCAGGTTACAAACCTGGGGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAATGGTATTAATGCCTAGAATGGTAAAAATCTTAATGGAAGGTTTAATGCCAGTTTCAGAGTCTGCAAGAACATGGCTAAATAAACGt < 2:677022/149‑1 (MQ=255) 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cAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAATGGTATTAATGCCTAGAATGGTAAAAATCTTAATGGAAGGTTTAATGCCAGTTTCAGAGTCTGCAAGAACATGGCTAAATAAACGTTTTGGCGaa > 2:17902/1‑149 (MQ=255) cAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAATGGTATTAATGCCTAGAATGGTAAAAATCTTAATGGAAGGTTTAATGCCAGTTTCAGAGTCTGCAAGAACATGGCTAAATAAACGTTTTGGCGaa > 2:620026/1‑149 (MQ=255) | CCAGGTATTTACTTAGTTAAATTGTTACAAAAAGTACCCGGTCTGAATAAGTTAGATGCTGATCCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAATGGTATTAATGCCTAGAATGGTAAAAATCTTAATGGAAGGTTTAATGCCAGTTTCAGAGTCTGCAAGAACATGGCTAAATAAACGTTTTGGCGAA > USA300TCH1516_ALE/290906‑291202 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |