| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 291054 = | 106 (1.230) | 4 (0.050) | 4/284 | 7.1 | 3.6% | coding (719/1260 nt) | gatC_1 | PTS system galactitol‑specific EIIC component |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 291069 = | 111 (1.340) | coding (734/1260 nt) | gatC_1 | PTS system galactitol‑specific EIIC component | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
TTAAATTGTTACAAAAAGTACCCGGTCTGAATAAGTTAGATGCTGATCCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAATGGTATTAATGCCTAGAATGGTAAAAATCTTAATGGAAGGTTTAATGCCAGTTTCAGAGTCTGCAAGAACATGGCTAAATAAACGTTTTGGCGAACGTGAAATTTAT > USA300TCH1516_ALE/290922‑291214 | ttAAATTGTTACAAAAAGTACCCGGTCTGAATAAGTTCGATGCTGATCCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGACTATATTTGTCGCATTGATATCCGGTTTAGGTATTGGGGCGTTTGCAGGTTACCAGCCTggg > 2:47684/1‑148 (MQ=255) tAAATTGTTACAAAAAGTAACCGGTCTGAATACGTTAGATGCTGATGCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATGTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGgag > 1:598277/1‑149 (MQ=255) aaaTTGTTACAAAAAGTACCCTGTCTGAATAAGTTAGATGCTGATCCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGGGAGTCTATATTTGTCGGCTTTATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGgaga < 2:3907/149‑1 (MQ=255) aaTTGTTACAAAAAGTACCCGGTCTGAACAAGTTAGATGCTGATCCTGAAACGATTCAAAAACGTTATGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTATGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGAc > 1:567087/1‑149 (MQ=255) aTTGTTACAAAAAGTACCCGGTCTGAATAAGTTAGATGCTGATCCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGAca < 2:2424/149‑1 (MQ=255) aTTGTTACAAAAAGTACCCGGTCTGAATAAGTTAGATGCTGATCCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGAca < 1:248067/149‑1 (MQ=255) aTTGTTACAAAAAGTACCCGGTCTGAATAAGTTAGATGCTGATCCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGAca < 2:86984/149‑1 (MQ=255) gTTACAAAAAGTACCCGGTCTGAATAAGTTAGATGCTGATCCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTGCAAACCTGGAGAcatca > 2:629549/1‑149 (MQ=255) tACAAAAAGTACCCGGTCTGAATAAGTTAGATGCTGATCCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCAtt > 2:680406/1‑149 (MQ=255) aCAAAAAGTACCCGGTCTGAATAAGTTAGATGCTGATCCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTa < 2:439063/149‑1 (MQ=255) aCAAAAAGTACCCGGTCTGAATAAGTTAGATGCTGATCCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTa < 2:729544/149‑1 (MQ=255) aaaaaGTACCCGGTCTGAATAAGTTAGATGCTGATCCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAGCCTGGAGAcatcagtgat > 2:507769/1‑144 (MQ=255) aaaaaGTACCCGGTCTGAATAAGTTAGATGCTGATCCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAAt > 1:104239/1‑149 (MQ=255) aaaaaGTACCCGGTCTGAATAAGTTAGATGCTGATCCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGACTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAAt > 2:89523/1‑149 (MQ=255) gTACCCGGTCTGAATAAGTTAGATGCTGATCCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATGATTAATTTAgg > 2:166924/1‑149 (MQ=255) gTACCCGGTCTGAATAAGTTAGATGCTGATCCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAgg > 1:51046/1‑149 (MQ=255) cGGTCTGAATAAGTTAGATGCTGATCCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGt < 1:418634/149‑1 (MQ=255) aTAAGTTAGATGCTGATCCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTCGCAGGGTGCAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCt > 1:870698/1‑149 (MQ=255) aTAAGTTAGATGCTGATCCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCt > 2:646894/1‑149 (MQ=255) aGTTAGATGCTGATCCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCa < 1:278512/149‑1 (MQ=255) gTTAGATGCTTATCCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTATTAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAg < 2:381107/149‑1 (MQ=255) gTTAGATGCTGATCCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAg < 1:90761/149‑1 (MQ=255) gTTAGATGCGGGTCCTTAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAg < 2:468255/149‑1 (MQ=255) tAGATGCTGATCCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGGGGGTTAGCAGCTTACAAAGCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAgca > 2:122148/1‑147 (MQ=255) gATGCTGAACCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAAt < 2:175775/149‑1 (MQ=255) cTGATCCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAATGGTa < 1:853772/149‑1 (MQ=255) cTGATCCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAATGGTa < 1:291230/149‑1 (MQ=255) tGATCCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAATGGTAt > 1:418320/1‑149 (MQ=255) aTCCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAATGGTATTa > 2:515752/1‑149 (MQ=255) cTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGGGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAATGGTATTAATg < 1:301082/149‑1 (MQ=255) tGAAACAATTCAAAATCGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAATGGTATTAATGc < 2:425273/149‑1 (MQ=255) tGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGCTCAATAGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAATGGTATTAATGc < 1:441385/149‑1 (MQ=255) tGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGTAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAATGGTATTAATGc < 2:234301/149‑1 (MQ=255) tGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAATGGTATTAATGc < 1:368442/149‑1 (MQ=255) tGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAATGGTATTAATGc < 1:370051/149‑1 (MQ=255) gAAAAAATTAAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAATGGTATTAATGcc < 2:703120/149‑1 (MQ=255) aaaGAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGATTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAATGGTATTAATGCCt < 1:207331/149‑1 (MQ=255) cAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGCCTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAATGGTATTAATGCCTAGa > 1:599707/1‑149 (MQ=255) 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gtgtTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAATGGTATTAATGCCTAGAATGGTAAAAATCTTAATGGAAGGTTTAATGCCAGTTTCAGAATCTGCAAGAACATGGCTAAATAAACGttt > 2:579928/1‑149 (MQ=255) gtgtTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAAGGGTATTAATGCCTAGAATGGTAAAAATCTTAATGGAAGGTTTAATGCCAGTTTCAGAGTCTGCAAGAACATGGCTAAATAAACGttt > 2:463583/1‑149 (MQ=255) ttAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAATGGTATTAATGCCTAGAATGGTAAAAATCTTAATGGAAGGTTTAATGCCAGTTTCAGAGTCTGCAAGAACATGGCTAAATAAACGTTTTgg < 1:178115/149‑1 (MQ=255) gCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAATGGTATTAATGCCTAGAATGGTAAAAATCTTAATGGAAGGTTTAATGCCAGTTTCAGAGTCTGCAAGAACATGGCTAAATAAACGTTTTGGCGa > 1:897353/1‑149 (MQ=255) cAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAATGGTATTAATGCCTAGAATGGTAAAAATCTTAATGGAAGGTTTAATGCCAGTTTCAGAGTCTGCAAGAACATGGCTAAATAAACGTTTTGGCGaa > 2:620026/1‑149 (MQ=255) cAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAATGGTATTAATGCCTAGAATGGTAAAAATCTTAATGGAAGGTTTAATGCCAGTTTCAGAGTCTGCAAGAACATGGCTAAATAAACGTTTTGGCGaa > 2:17902/1‑149 (MQ=255) ggTTACAAACTTGGCGACATCATTAATTTAGGAATGTAAATGGCTGCAGTAATGGTATTAATGCCTAGAATGGTAAAAATCTTAATGGAAGGTTTAATGCCAGTTTCAGAGTCTGCAAGAACATGGCTAAATAAACGTTTTGGCGAACg < 2:385782/149‑1 (MQ=255) ttACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAATGGTATTAATGCCTAGAATGGTAAAAATCTTAATGGAAGGTTTAATGCCAGTTTCAGAGTCTGCAAGAACATTGCTAAATAAACGTTTTGGCGAACGTg < 1:646894/149‑1 (MQ=255) cAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAATGGTATTAATGCCTAGAATGGTAAAAATCTTAATGGAAGGTTTAATGCCAGTTTCAGAGTCTGCAAGAACATGGCTAAATAAACGTTTTGGCGAACGTGaaa > 2:778726/1‑149 (MQ=255) acatccaggAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAATGGTATTAATGCCTAGAATGGTAAAAATCTTAATGGAAGGTTTAATGCCAGTTTCAGAGTCTGCAAGAACATGGCTAAATAAACGTTTTGGCGAACGTGaaa < 1:207190/142‑1 (MQ=255) 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ccTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAATGGTATTAATGCCTAGAATGGTAAAAATCTTAATGGAAGGTTTAATGCCAGTTTCAGAGTCTGCAAGAACATGGCTAAATAAACGTTTTGGCGAACGTGAAATTta > 1:664624/1‑149 (MQ=255) ccTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAATGGTATTAATGCCTAGAATGGTAAAAATCTTAATGGAAGGTTTAATGCCAGTTTCAGAGTCTGCAAGAACATGGCTAAATAAACGTTTTGGCGAACGTGAAATTta > 1:324232/1‑149 (MQ=255) | TTAAATTGTTACAAAAAGTACCCGGTCTGAATAAGTTAGATGCTGATCCTGAAACAATTCAAAAACGTTTTGGCGCATTTGGAGAGTCTATATTTGTCGGCTTGATTTTAGGTTTAGGTATTGGTGTGTTAGCAGGTTACAAACCTGGAGACATCATTAATTTAGGAATGTCAATGGCTGCAGTAATGGTATTAATGCCTAGAATGGTAAAAATCTTAATGGAAGGTTTAATGCCAGTTTCAGAGTCTGCAAGAACATGGCTAAATAAACGTTTTGGCGAACGTGAAATTTAT > USA300TCH1516_ALE/290922‑291214 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |