| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 72990 = | 134 (1.110) | 7 (0.060) | 3/254 | 9.0 | 5.6% | intergenic (‑17/+69) | arcD_1/arcA_1 | Arginine/ornithine antiporter/Arginine deiminase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 73054 = | 115 (1.050) | intergenic (‑81/+5) | arcD_1/arcA_1 | Arginine/ornithine antiporter/Arginine deiminase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TGAAATTACTGGTAGTGAACTTGTACGTGGACGCGGAGGCCCAAGATGTATGAGTCAGCCGTTATTTAGAGAAGATATTTAAATTTGAAAGGTGGTAAAAGTCACAAGTAATTCATTCATTAAATCAAATAACAAGATTTTTACCACCTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/73140‑72990‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttttaccacctttCAAATTTAAATATCTTCTCTAAATAACGGCTGACTCATACATCTTGGGCCTCCGCGTCCACGTACAAGTTCACTACCAGTAATTTCAATCACTTTAATTCCTTTGTCGCGTAAAAGTTGGTTTGATACATAGTTGCGATC > USA300TCH1516_ALE/73054‑73193 TGAAATTACTGGTAGTGAACTTGTACGTGGACGCGGAGGCCCAAGATGTATGAGTCAGCCGTTATTTAGAGAAGATATTTAAATTTGAAAGGTGGTAAAAGTCACAAGTAATTCATTCATTAAATCAAATAACAAGATTTT < 2:1086028/141‑1 GAAATTACTGGTAGTGAACTTGTACGTGGACGCGGAGGCCCAAGATGTATGAGTCAGCCGTTATTTAGAGAAGATATTTAAATTTGAAAGGTGGTAAAAGTCACAAGTAATTCATTCATTAAATCAAATAACAAGATTTTT > 2:494470/1‑141 GAAATTACTGGTAGTGAACTTGTACGTGGACGCGGAGGCCCAAGATGTATGAGTCAGCCGTTATTTAGAGAAGATATTTAAATTTGAAAGGTGGTAAAAGTCACAAGTAATTCATTCATTAAATCAAATAACAAGATTTTT > 2:1193194/1‑141 AAATTACTGGTAGTGAACTTGTACGTGGACGCGGAGGCCCAAGATGTATGAGTCAGCCGTTATTTAGAGAAGATATTTAAATTTGAAAGGTGGTAAAAGTCACAAGTAATTCATTCATTAAATCAAATAACAAGATTTTTA > 2:1242058/1‑141 AAATTACTGGTAGTGAACTTGTACGTGGACGCGGAGGACCAAGATGTATGAGTCAGCCGTTATTTAGAGAAGATATTTACATTTGAAAGGTGGTAAAAGTCAATATGAATTCAGTGATTAAATCAAATAACAAGATTTTTA > 2:1142005/1‑141 ATTACTGGTAGTGGACTTGTACGTTGACGCGGAGGCCCAAGATGTATGAGTCAGCCGTTATTTAGAGAAGATATTTAAATTTGAAAGGTGGTAAAAGTCACAAGTAATTCATTCATTAAATCAAATAACAAGATTTTTACC < 1:123824/141‑1 ATTACTGGTAGTGAACTTGTACGTGGACGCGGAGGCCCAAGATGTATGAGTCAGCCGTTATTTAGAGAAGATATTTAAATTTGAAAGGTGGTAAAAGTCACAAGTAATTCATTCATTAAATCAAATAACAAGATTTTTACC < 2:1021358/141‑1 ATTACTGGTAGTGAACTTGTACGTGGACGCGGAGGCCCAAGATGTATGAGTCAGCCGTTATTTAGAGAAGATATTTAAATTTGAAAGGTGGTAAAAGTCACAAGTAATTCATTCATTAAATCAAATAACAAGATTTTTACC < 1:47355/141‑1 ACTGGTAGTGAACTTGTACGTGGACGCGGAGGCCCAAGATGTATGAGTCAGCCGTTATTTAGAGAAGATATTTAAATTTGAAAGGTGGTAAAAGTCACAAGTAATTCATTCATTAAATCAAATAACAAGATTTTTACCACC > 1:962899/1‑141 GGTAGTGAACTTGTACGTGGACGCGGAGGCCCAAGATGTATGAGTCAGCCGTTATTTAGAGAAGATATTTAAATTTTAAATGTGGTAAAAGTCACAAGTAATTCATTCATTAAATCAAATAACAAGATTTTTACCACCTTT < 2:346192/141‑1 GGTAGTGAACTTGTACGTCGACGCGGAAGCCCAAGATGTATGGGTCAGCCGTTATTTAGATAAGATATATAAATTTGTAAGGTGGTAAAAGTCACAAGTAATTCATTCATTAAATCAAATAACAAGATTTTTACCACCTTT < 2:104758/141‑1 TGAAAGGTGGTAAAAGTCACAAGTAATTCATTCATTAAATCAAATAACAAGATTTTTACCACCTTTCAAATTTAAATATCTTCTCTAAATAACGGCTGACTCATACATCTTGGGCCTCCGCGTCCACGTACAAGTTCACTA > 2:102828/1‑141 TGAAAGGTGGTAAAAGTCACAAGTAATTCATTCATTAAATCAAATAACAAGATTTTTACCACCTTTCAAATTTAAATATCTTCTCTAAATAACGGCTGACTCATACATCTTGGGCCTCCGCGTCCACGTACAAGTTCACTA > 2:223997/1‑141 TGAAAGGTGGTAAAAGTCACAAGTAATTCATTCATTAAATCAAATAACAAGATTTTTACCACCTTTCAAATTTAAATATCTTCTCTAAATAACGGCTGACTCATACATCTTGGGCCTCCGCGTCCACGTACAAGTTCACTA > 1:362734/1‑141 GTGGTAAAAGTCACAAGTAATTCATTCATTAAATCAAATAACAAGATTTTTACCACCTTTCAAATTTAAATATCTTCTCTAAATAACGGCTGACTCATACATCTTGGGCCTCCGCGTCCACGTACAAGTTCACTACCAGTA > 2:1066706/1‑141 GTGGTAAAAGTCACAAGTAATTCAGTCATTAAATCAAATAACAAGATTTTTACCACCTTTCAAATTTAAATATCTTCTCTAAATAACGGCTGACTAATACATCTTGCGCCTCCGCGTCCACGTACAAGTTCACTACCAGTA > 2:282990/1‑141 AAATAACTAGATTTTTACCACCTTTCAAATTTAAATATCTTCTCTAAATAACGGCTGACTCATACATCTTGGGCCTCCGCGTCCACGTACAAGTTCTCTACCAGTAATTTCAATCACTTTAATTCCTTTGTCGCGTAAAAG < 1:282990/141‑1 AAATAACAAGATTTTTACCACCTTTCAAATTTAAATATCTTCTCTAAATAACGGCTGACTCATACATCTTGGGCCTCCGCGTCCACGTACAAGTTCACTACCAGTAATTTCAATCACTTTAATTCCTTTGTCGCGTAAAAG < 1:1066706/141‑1 TTTACCACCTTTCAAATTTAAATATCTTCTCTAAATAACGGCTGACTCATACATCTTGGGCCTTCGCGTCCACGTACAAGTTCACTACCAGTAATTTCAATCACTTTAATTCCTTTGTCGCGTAAAAGTTGGTTTGATACA < 1:1350950/141‑1 TTTACCACCTTTCAAATTTAAATATCTTCTCTAAATAACGGCTGACTCATACATCTTGGGCCTCCGCGTCCACGTACATGTTCTCTACCAGTAATTTCAATCACTTTAATTCCTTTGTCGCGTAAAAGTTGGTTTGATACA < 1:160731/141‑1 TTACCACCTTTCAAATTTAAATATCTTCTCTAAATAACGGCTGACTCATACATCTTGGGCCTCCGCGTCCACGTACAAGTTCACTACCAGTAATTTCAATCACTTTAATTCCTTTGTCGCGTAAAAGTTGGTTTGATACAT < 1:549264/141‑1 TACCACCTTTCAAATTTAAATATCTTCTCTAAATAACGGCTGACTCATACATCTTGGGCCTCCGCGTCCACGTACAAGTTCACTACCAGTAATTTCAATCACTTTAATTCCTTTGTCGCGTAAAAGTTGGTTTGATACATA > 2:908738/1‑141 TACCACCTTTCAAATTTAAATATCTTCTCTAAATAACGGCTGACTCATACATCTTGGGCCTCCGCGTCCACGTACAAGTTCACTACCAGTAATTTCAACCACTTTAATTCCTTTGTCGCGTAAAAGTTGGTTTGATACATA > 1:1297898/1‑141 TACCACCTTCCAAATTTAAATATCTTCTCTAAATAACGGCTGACTCATACATCTTGGGCCTCCGCGTCCACGTACAAGTTCACTACCAGTAATTTCAATCACTTTAATTCCTTTGTCGCGTAAAAGTTGGTTTGATACATA > 1:1004717/1‑141 ttCACCTTTCAAATTTAAATGTCTTCTCTAATTTACGGCTGACTTATACATCTTGGGCCTCCGCGTCCACGTACAAGTTCACTACCAGTAATTTCAATCACTTTAATTCCTTTGTCGCGTAAAAGTTGGTTTGATACATAG < 1:25738/139‑1 ACCACCTTTCAAATTTAAATATCTTCTCTAAATAACGGCTGACTCATACATCTTGGGCCTCCGCGTCCACGTACAAGTTCACTACCAGTAATTTCAATCACTTTAATTCCTTTGTCGCGTAAAAGTTGGTTTGATACATAG < 2:78546/141‑1 ACCACCTTTCAAATTTAAATATCTTCTCTAAATAACGGCTGACTCATACATCTTGGGCCTCCGCGTCCACGTACAAGTTCACTACCAGTAATTTCAATCACTTTAATTCCTTTGTCGCGTAAAAGTTGGTTTGATACATAG < 2:594771/141‑1 CCACCTTTCTAAGTGTAATATCTTCTCTAAATAACGGCCTACTCATACATCTTGGGCCTCCGCGTCCACGTACAAGTTCACTACCAGTAATTTCAATCACTTTAATTCCTTTGTCGCGTATAAGTTGGTTTGATACATAGT < 2:550792/141‑1 CCACCTTTCAAATTTAAATATCTTCTCTAAATAACGGCTGACTCATACATCTTGGGCCTCCGCGTCCACGTACAAGTTCACTACCAGTAATTTCAATCACTTTAATTCCTTTGTCGCGTAAAAGTTGGTTTGCTAACTAGT > 1:903099/1‑141 CCACCTTTCAAATTTAAATATCTTCTCTAAATAACGCCTGACTCATACATCTTGGGCCTCCGCGTCCACGTACAAGTATAAATGCACCAATTTCAATCACTCTAATTCCTTTGTCGCGTAAAAGTTGGTTTGATACATAGc > 1:995570/1‑140 CCACCTTCCAAATTTAAATATCATCCCTAAATAACGGCTGACTCATACATCTTGGGCCTCCGCGTCCACGTACAAGTTCACTACCAGTAATTTCAATCACTTTAATTCCTTTGTCGCGTAAAAGTTGGTTTGATACATAGT < 1:1274493/141‑1 ACCTTTCAAATTTAAATATCTTCTCTAAATAACGGCTGACTCATACATCTTGGGCCTCCGCGTCCACGTACAAGTTCACTACCAGTAATTTCAATCACTTTAATTCCTTTGTCGCGTAAAAGTTGGTTTGAAACATAGTTG > 2:275479/1‑141 ACCTTTCAAATTTAAATATCTTCTCTAAATAACGGCTGACTCATACATCTTGGGCCTCCGCGTCCACGTACAAGTTCACTACCAGTAATTTCAATCACTTTAATTCCTTTGTCCCGTAAAAGTTGGTTTGATACATAGTTG > 2:66005/1‑141 ACCTTTCAAATTTAAATATCTTCTCTAAATAACGGCTGACTCATACATCTTGGGCCTCCGCGTCCACGTACAAGTTCACTACCAGTAATTTCAATCACTTTAATCCCTTTGTCGCGTAAAAGTTGGTTTGATCCATAGTTG > 2:520330/1‑141 ACCTTTCAAATTTAAATATCTTCTATAATAAACAGCTGACTCATACATCTTGGGCCTCCGCGTCCACGTACAAGTTCACTACCAGTAATTTCAATCACTTTAATTCCTTTGTCGCGTAAAAGTTGGTTTGATCCATAGTTG > 1:657772/1‑141 ctgTCAAGTTTAAATATCTTCTCTAAATAACGGCTGACTCATACATCTTGGGCCTCTGCGTCCACGTACAAGTTCACTACCAGTAATTTCAATAGCTTTAATTCCTTTGTCGCGTAAAAGTTGGTTTGATGCGTAGTTGCG > 2:589692/4‑141 CTTTCAAATTTAAATATCTTCTCTAAATAACGGCTGACTCATACATCTTGGGCCTCCGCGTCCACGTACAAGTTCACTACCAGTAATTTCAATCACTTTAATTCCTTTGTCGCGTAAAAGTTGGTTTGATACCTAGTTGCG > 2:777886/1‑141 CTTTCAAATTTAAATATCTTCTCTAAATAACGGCTGACTCATACATCTTGGGCCTCCCCGTCCACGTACAAGTTCACTACCAGTAATTTCCATCACTTTAATTCCTTTGTCGCGTAAAAGTTCGTTTGATACAGAGTTACG > 1:1087512/1‑141 TCAAATTTAAATATCTTCTCTAAATAACGGCTGACTCATACATCTTGGGCCTCCGCGTCCACGTACAAGTTCACTACCAGTAATTTCAATCACTTTAATTCCTTTGTCGCGTCAAAGTTGGTTTGATACATAGTTGAGATC > 2:678330/1‑141 TCAAATTTAAATATCTTCTCTAAATAACGGCTGACTCATACATCTTGGGCCTCCGCGTCCACGTACAAGTTCACTACCAGTAATTTCAATCACTTTAATTCCTTTGTCGCGTAAAAGTTGGTTTGATACATAGTTGCGATC > 2:1047824/1‑141 TGAAATTACTGGTAGTGAACTTGTACGTGGACGCGGAGGCCCAAGATGTATGAGTCAGCCGTTATTTAGAGAAGATATTTAAATTTGAAAGGTGGTAAAAGTCACAAGTAATTCATTCATTAAATCAAATAACAAGATTTTTACCACCTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/73140‑72990‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttttaccacctttCAAATTTAAATATCTTCTCTAAATAACGGCTGACTCATACATCTTGGGCCTCCGCGTCCACGTACAAGTTCACTACCAGTAATTTCAATCACTTTAATTCCTTTGTCGCGTAAAAGTTGGTTTGATACATAGTTGCGATC > USA300TCH1516_ALE/73054‑73193 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |