| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2699163 = | 123 (1.020) | 45 (0.390) +TAGTGT |
3/268 | 9.3 | 26.4% | intergenic (+67/‑224) | copA/copZ | Copper‑exporting P‑type ATPase A/Copper chaperone CopZ |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2699363 | 139 (1.150) | intergenic (+267/‑24) | copA/copZ | Copper‑exporting P‑type ATPase A/Copper chaperone CopZ | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
ACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2699294‑2699163‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGT < USA300TCH1516_ALE/2699363‑2699228 |||||| aaTTATTATCTATAATAATTTGTGTCTTTTATGCTGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTACACCGTGGTGCACTTATTAGTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACT < 2:144673/139‑1 TATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTGGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTAT < 1:511105/141‑1 ATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATT < 1:750517/141‑1 ATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATT < 1:750477/141‑1 TTAGTGGCGCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTA < 1:544183/141‑1 ttcGCTCTTATGTTTTTTGAGCCAAGACCCAACTCTACACCGTGGTCTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTG < 2:917977/138‑1 TATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTCCTTATAATAGTTAGTGTCGCTTAg > 1:452925/1‑140 TATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTAT > 1:568123/1‑141 ATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATG > 1:1246305/1‑141 ATGCAGTTGGAGCGAAGATACAGAGCTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTCGTAGTTGTTATG > 1:1362921/1‑141 CAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAG < 1:819942/141‑1 CAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAG < 1:618498/141‑1 CAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAG < 1:599740/141‑1 GCGAAGATCCAACTGTAAACCGTGGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCG < 1:483134/141‑1 GCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTTTAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCG > 1:901916/1‑141 CGAAGATCCAACTGTAAGCCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGA < 1:632484/141‑1 CGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGA < 1:1331613/141‑1 CGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCACTTATGCAGTTGGAGCGA > 1:41604/1‑141 cgcGATACAACTGTAATCCGTAGCGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAA < 1:1339999/138‑1 cacGATCGAACGGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTTTTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAA < 1:505046/138‑1 GAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAtcttc < 1:750764/141‑6 GAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAtcttc < 1:1026577/141‑6 GAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGGACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAtcttc < 1:22625/141‑6 ATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATC < 1:1304976/141‑1 tggAAACCGCAGTGTACTTATTATATATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGT < 1:45402/138‑1 GTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTAGATCTTAGGCATTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTCGGGGCGAAGATCCAACTGga > 1:1069591/1‑139 AGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTACGTATAATAATTAATGGCTGTAATGCAATAGGAGCGAACATTCAAATGTAAACgacacc > 2:814205/1‑135 ACTTGTTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGGTCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAAGTAGTGTCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATGCGACTGTAAACCGGAGTGTAtg > 2:604010/1‑139 AATAATTCGTGGCTCTTATGCAGGTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAAT < 1:902907/141‑1 ATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATACTAATT > 1:515795/1‑141 ATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGGGTACTTATTATTTATAATAATT > 1:213088/1‑141 ATTAGTGACTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATT < 1:840135/141‑1 CTCTTATCCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGACGATCCGGCTGTGCACAGTAATGTACTTATTATCTTCACTAATTAGTGGCTC > 1:855655/1‑141 TTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTCATAATAATTAGTGGCTCTTA < 1:830840/141‑1 ATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTTGTATTGATAATAATTAGTTGCTCTTATG > 2:826639/1‑141 ATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTAGTTATACTAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCTAAGATCCAACTGTAAACCGCAGTGTAATTATTATGTATAATAATTAATCGCTCTTATG > 2:899221/1‑141 atcatTTGGAGGCAAAATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGC < 2:968462/136‑1 CAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCTAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAG < 1:909527/141‑1 CGAAGATCCAACTGTAAACCTTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGCAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGA < 1:384622/141‑1 CGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGATCGA > 1:276619/1‑141 CGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGA > 1:225632/1‑141 CGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTAATCTATATACTAATCAGTGGCTGTAATGCAGACGGAGCca > 2:685123/1‑139 aaaggtaCAACTGTAAACCGTAGTGCACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCAAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAA < 2:1359372/134‑1 GAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTCTAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTACACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAtcttc < 1:107410/141‑6 GAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAtcttc < 1:1037238/141‑6 AGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTAATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGATGGAGCGAAGATACACCTGTAAACCGTgac > 2:888000/1‑138 |||||| ACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2699294‑2699163‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGT < USA300TCH1516_ALE/2699363‑2699228 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |