New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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? | USA300TCH1516_ALE | = 2699363 | 139 (1.150) | intergenic (+267/‑24) | copA/copZ | Copper‑exporting P‑type ATPase A/Copper chaperone CopZ | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. |
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
ACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAATTTTAAATGTTGAAGGTATGAGCTGTGGTCACTGCAAAAGTGCTGTTGAATCTGCATTAAATAATATTGACGGTGTCACTTCAGCTGACGTTAACCTTGAAAAT > USA300TCH1516_ALE/2699226‑2699503 | acacTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATCAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAAAGCCACTAATTATTATAAGTAATAAGTgac > 1:204269/1‑139 (MQ=255) acacTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTGGc < 2:1304976/141‑1 (MQ=37) cacTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTGGct < 1:1205291/141‑1 (MQ=37) cacTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTGGct > 1:1246706/1‑141 (MQ=37) cacTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTGGct > 1:1326350/1‑141 (MQ=37) cTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTGGctct > 1:1265001/1‑141 (MQ=37) cTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTAGATCTTCGCACCAAAAGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTGGctca > 2:557382/1‑140 (MQ=255) aCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATACATAATAAGTACACTACGGTTGACAGTTGTATCATCGCTCCAAAAGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAGTAACTGGCTCCaa > 2:587483/1‑141 (MQ=11) ggTTTACAGTTGGGTCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTGGCTCTaaaa < 1:505284/141‑1 (MQ=38) gTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGa < 1:676613/141‑1 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tCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTcaca > 1:962660/1‑141 (MQ=255) tCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTcaca > 1:1150885/1‑141 (MQ=255) tCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTcaca < 1:1171289/141‑1 (MQ=255) cccAACGGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACGCTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTcaca < 1:601980/140‑1 (MQ=255) ccATCTGCATAAGGGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCTACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACaa < 2:485731/141‑1 (MQ=255) ccAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACaa < 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tAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAATTTTAAATGTTGAAg > 1:1068694/1‑141 (MQ=255) tAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAAGAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAATTTTAAATGTTGAAg < 1:1214503/141‑1 (MQ=255) attattATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAATTTTAAATGTTGAAGGt > 2:171212/1‑141 (MQ=255) attattATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAAATGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAATTTTAAATGTTGAAggg > 2:1199619/1‑140 (MQ=255) tcattatAAATAATAAGTACCCTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGTTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTGGCTCTAAAAGGCGGTGAATGCTATGTCACAAGAAATTTTAAATGTTGAAGGTa < 2:726425/139‑1 (MQ=255) tattatTTATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAACTTTTAAATGTTGAAGGTAt > 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(MQ=255) cACTAATTATTATAAATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAATTTTAAATGTTGAAGGTATGAGCTGTGGTCACTGCAAAAGTGCTGTTGAATCTGCATTAAATAATATTGACGGTGTCACtt > 1:1201121/1‑141 (MQ=255) cACTAATTATTATAAATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAATTTTAAATGTTGAAGGTATGAGCTGTGGTCACTGCAAAAGTGCTGTTGAATCTGCATTAAATAATATTGACGGTGTCACtt > 2:395982/1‑141 (MQ=255) cACTAATTATTATAAATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAATTTTAAATGTTGAAGGTATGAGCTGTGGTCACTGCAAAAGTGCTGTTGAATCTGCATTAAATAATATTGACGGTGTCACtt > 2:885714/1‑141 (MQ=255) cACTAATAATTATAAATAATCAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAATTTTAAATGTTGAAGGTATGAGATGTGGTCACTGCAAAAGTGCTGTTGAATCTGCATCAAATAATATTGACGGTGTCACtt > 1:862976/1‑141 (MQ=255) tattctAAATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAATTTTAAATGTTGAAGGTATGAGCTGTGGTCACTGCAAAAGTGCTGTTGACTCTGCGTTAAATAATATTGACGGTGTCACTTCAGCTGa < 1:1300055/141‑1 (MQ=255) tattatAAATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAATTTTAAATGTTGAAGGTATGGGCTGTGGTCACTGGAAAAGTGCTGTTGAATCTGCATTAAATAATATTGACGTGGTCACTTCAGCTGa < 2:242290/141‑1 (MQ=255) tattatAAATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAATTTTAAATGTTGAAGGTATGAGCTGTGGTCACTGCAAAAGTGCTGTTGAATCTGCATTAAATAATATTGACGGTGTCACTTCAGCTGa < 2:168557/141‑1 (MQ=255) tattatAAATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAATTTTAAATGTTGAAGGTATGAGCTGTGGTCACTGCAAAAGTGCTGTTGAATCTGCATTAAATAATATTGACGGTGTCACTTCAGCTGa > 1:230256/1‑141 (MQ=255) attatAAATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAATTTTAAATGTTGAAGGTATGAGCTGTGGTCACTGCAAAAGTGCTGTTGAATCTGCATTAAATAATATTGACGGTGTCACTTCAGCTGAc > 2:101897/1‑141 (MQ=255) tataAATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAATTTTAAATGTTGAAGGTATGAGCTGGGGTCACTGCAAAAGTGCTGTTGAATCTGCATTAAATAATATTGACGGTGTCACTTCAGCTGACGt > 1:518452/1‑141 (MQ=255) tataAATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCAAAAGAAATTTTAAATGTTGAAGGTATGAGCTGTGGTCACTGCAAAAGTGCTGTTGAATCTGCATTAAATAATATTGACGGTGTCACTTCAGCTGACGt > 1:518475/1‑141 (MQ=255) taaataaTAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAATTTTAAATGTTGAAGGTATGAGCTGTGGTCACTGCAAAAGTGCTGTTGAATCTGCATTAAATAATATTGACGGTGTCACTTCAGCTGACGTTa > 2:168421/1‑141 (MQ=255) taaataaTAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAATTTTAAATGTTGAAGGTATGAGCTGTGGTCACTGCAAAAGTGCTGTTGAATCTGCATTAAATAATATTGACGGTGTCACTTCAGCTGACGTTa > 2:431364/1‑141 (MQ=255) taaataaTAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAATTTTAAATGTTGAAGGTATGAGCTGTGGTCACTGCAAAAGTGCTGTTGAATCTGCATTAAATAATATTGACGGTGTCACTTCAGCTGACGTTa > 2:279309/1‑141 (MQ=255) ataaGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAATTTTAAATGTTGAAGGTATGAGCTGTGGTCACTGCAAAAGTGCTGTTGAATCTGCATTAAATAATATTGACGGTGTCACTTCAGCTGACGTTAACCTTg > 2:257355/1‑141 (MQ=255) aaGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAATTTTAAATGTTGAAGGTATGCGCTGTGGTCACTGCAAAAGTGCTGTTGAATCTGCATTAAATAATATTGACGGTGTCACTTCAGCTGACGTTAACCTTGaa < 1:311335/141‑1 (MQ=255) aaGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAATTTTAAATGTTGAAGGTATGAGCTGTGGTCACTGCAAAAGTGCTGTTGAATCTGCATTAAATAATATTGACGGTGTTACTTCAGCTGACGTTAACCTTGaa < 1:999904/141‑1 (MQ=255) aaGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAATTTTAAATGTTGAAGGTATGAGCTGTGGTCACTGCAAAAGTGCTGTTGAATCTGCATTAAATAATATTGACGGTGTCACTTCAGCTGACGTTAACCTTGaa < 2:331691/141‑1 (MQ=255) aaGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAATTTTAAATGTTGAAGGTATGAGCTGTGGTCACTGCAAAAGTGCTGTTGAATCTGCATTAAATAATATTGACGGTGTCACATCAGCTGACGTTAACCTTGaa < 1:708381/141‑1 (MQ=255) aGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAATCTTAAATGTTGAAGGCATGAGCTGCGGTCACTGCAAAAGTGCTGTTGAATCTGCATTAAATAATATTGACGGTGTCACTTCAGCTGACGTTAACCTTGaaa > 2:792604/1‑141 (MQ=255) gTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAATTTTAAATGTTGAAGGTATGAGCTGTGGTCACTGCAAAAGTGCTGTTGAATCTGCATTAAATAATATTGACGGTGTCACTTCAGCTGACGTTAACCTTGaaaa > 1:1376492/1‑141 (MQ=255) gTGGCTCTAAAAGGAGGTCAATGCTATGTCACAAGAAATTTTAAGTGTTGAAGGGATGAGATATGGTCACTGCAAAAGTGCTGTTGAATCTGCATGAAATAATATTGACGGTGTCACTTCAGCTGACGTTAACCTTGaaaa > 2:348279/1‑141 (MQ=255) tGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAATTTTAAATGTTGAAGGTATGAGCTGTGGTCACTGCAAAAGTGCTGTTGAATCTGCATTAAATAATATTGACGGTGTCACTTCAGCTGACGTTAACCTTGAAAAt > 2:654053/1‑141 (MQ=255) | ACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAATTTTAAATGTTGAAGGTATGAGCTGTGGTCACTGCAAAAGTGCTGTTGAATCTGCATTAAATAATATTGACGGTGTCACTTCAGCTGACGTTAACCTTGAAAAT > USA300TCH1516_ALE/2699226‑2699503 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |