| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2699163 = | 123 (1.020) | 45 (0.390) +TAGTGT |
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| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2699363 | 139 (1.150) | intergenic (+267/‑24) | copA/copZ | Copper‑exporting P‑type ATPase A/Copper chaperone CopZ | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
AGTAAGTGTTGTCACAAACGCACTTAGATTGAAAAAGATGCGATTAGAACCACGCCGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGG‑CTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACG > USA300TCH1516_ALE/2699027‑2699302 | aGTAAGTGTTGTCACAAACGCACTTAGATTGAAAAAGATGCGATTAGAACCACGCCGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGG‑CTCTATAATGTCGCGGtt > 1:1300658/1‑141 (MQ=255)aGTAAGTGTTGTCACAAACGCACTTAGATTGAAAAAGATGCGATTAGAACCACGCCGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGGGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGG‑CTCTATAATGTCGCGGtt > 1:726425/1‑141 (MQ=255)aGTAAGTGTTGTCACAAACGCACTTAGATTGAAAAAGATGCGATTAGAACCACGCCGTAAAGATGACTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGG‑CTCTATAATGTAGCgggt > 1:670810/1‑139 (MQ=255) aGTGTTGTCACAAACGCACTTAGATTGAAAAAGATGCGATTAGAACCACGCCGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGG‑CTCTATAATGTCGAGGTTTACa > 2:1334439/1‑141 (MQ=255) ttgttgtCACAAACGCACTTAGATTGAAAAAAATGCGATTAGAACCGCGCCGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTATTGATTGG‑CTCTATAATGTCGCGGTTTACAg < 1:551926/140‑1 (MQ=255) gttttgtCACAAACGCACTTAGATTGAAAAAGATGCGATTAGAACCCCGCCGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGC‑CTCTATAATGTCGCGGTTTACAg < 2:494176/138‑1 (MQ=255) gtgtTGTCACAAACGCACTTAGATTGAAAAAGATGCGATTAGAACCACGCCGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGG‑CTCTATAATGTCGCGGTTTGCAg > 2:213088/1‑141 (MQ=255) gtgtTGTCACAAACGCACTTAGATTGAAAAAGATGCGATTAGAACCACGCCGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGG‑CTCTATAATGTCGCGGTTTCCAg > 2:221841/1‑141 (MQ=255) gtgtTGTCACAAACGCACTTAGATTGAAAAAGATGCGATTAGAACCACGCCGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGG‑CTCTATAATGTCGCGGTTTACAg > 2:515795/1‑141 (MQ=255) gtgtTGTCACAAACGCACTTAGATTGAAAAAGATGCGATTAGAACCACGCCGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGG‑CTCTATAATGTCGCGGTTTACAg > 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tCACAAACGCACTTAGATTGAAAAAGATGCGATTAGAACCACGCCGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGG‑CTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGAt > 1:485731/1‑141 (MQ=255) tCACAAACGCACTTAGATTGAAAAAGATGCGATTAGAACCACGCCGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGG‑CTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGAt > 2:173588/1‑141 (MQ=255) tCACAAACGCACTTAGATTGAAAAAGATGCGATTAGAACCACGCCGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGG‑CTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGAt > 1:1032840/1‑141 (MQ=255) caAACGCACTTAGATTGAAAAAGATGCGATTAGAACCACGCCGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGACTCGAGATTGG‑CCCTATAATTTCGCGGATTACCGATGGaccct > 2:259709/1‑137 (MQ=255) aCGCACTTAGATTGAAAAAGATGCGATTAGAACCACGCCGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGG‑CTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGc < 2:146779/141‑1 (MQ=255) aCGCACTTAGATTGAAAAAGATGCGATTAGAACCACGCCGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGG‑CTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGc < 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cGATTAGAACCACGCCGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGG‑CTCTATAATGTCGCGGTTTCCAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTaa < 2:6919/141‑1 (MQ=255) cGATTAGAACCACGCCGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGG‑CTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTaa < 2:475701/141‑1 (MQ=255) cGATTAGAACCACGCCGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGG‑CTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTaa < 1:632798/141‑1 (MQ=255) cGATTAGAACCACGCCGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGG‑CTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATATTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTaa > 1:950778/1‑141 (MQ=255) aTTAGAACCACGCCGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGATAGTGATTGG‑CTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGGACATCGCTCCAACTGCATATGAGCAACTAatt > 2:1069591/1‑141 (MQ=255) aGAACCACGCCGTAAAGATGCCTAGGTTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTCG‑CTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAattatt < 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1:1189361/141‑1 (MQ=255) tGATTGG‑CTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATtattat < 1:221841/141‑1 (MQ=255) tGATTGG‑CTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATtattat < 1:1107620/141‑1 (MQ=255) tGATTGG‑CTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGATCCAACTGCATAAGAGCCACGAATtattat < 1:1006354/141‑1 (MQ=255) tGATTGG‑CTCTAAAATGTCCCAGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCCACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAAGAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCACTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATtattat < 2:482475/141‑1 (MQ=14) g‑CTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTataaataa < 1:173588/141‑1 (MQ=40) g‑CTCTAAAATGTCGCGGTTTACAGTTTGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTataaataa < 2:1156791/141‑1 (MQ=255) tataATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAg < 1:1209795/141‑1 (MQ=38) tataATGTCGCGGTTGACAGTTGGATCCTCGCCCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAg < 1:1209941/141‑1 (MQ=255) taATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGtg > 2:1086523/1‑140 (MQ=25) aTGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATCAGttcc > 2:907799/1‑138 (MQ=21) ggcgcgGTTTACTGTTGGTTCTTCGCCTCATCTGCGTTAGAGCCATTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTTTTATAAATAATAAGTACACt < 2:755806/139‑1 (MQ=11) gTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAGTAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATCAGAGCCACTAGTTATTATAAATAATAAGTacaga > 2:359127/1‑139 (MQ=255) gTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTAAAAAAAATAAGAacaca > 2:516061/1‑140 (MQ=255) | AGTAAGTGTTGTCACAAACGCACTTAGATTGAAAAAGATGCGATTAGAACCACGCCGTAAAGATGCCTAGATTCCTTAATAATGAAGGATTCGTTGGTGATTCTGAGATAGGCTAGTGATTGG‑CTCTATAATGTCGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACG > USA300TCH1516_ALE/2699027‑2699302 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |