| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2618806 | 162 (1.340) | 4 (0.040) | 3/264 | 9.2 | 2.5% | coding (291/1638 nt) | pgcA | Phosphoglucomutase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2618808 | 153 (1.340) | coding (293/1638 nt) | pgcA | Phosphoglucomutase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 162 total aligned reads displayed.
TCGACTTAATAAGTTTACTATTGAAAAATTGGCATTAGGTTTAGCGCGTTATTTAAATGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGTTTATTTACCTGATACATATAAAACGACACCGGAATTATCGTTCGCGGTGCGCAATCTTAATACTACTGCTGGCATTATGATTACAGCAAGTCATAATCCGAAAGACTATAA > USA300TCH1516_ALE/2618668‑2618943 | gACTTAATAAGTTTACTATTGAAAAATTGGCATTAGGTTTAGCGCGTTATTTAAATGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTAt < 1:12057/141‑1 (MQ=255) gACTTAATAAGTTTACTATTGAAAAATTGGCATTAGGTTTAGCGCGTTATTTAAATGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTAt < 1:1319838/141‑1 (MQ=255) ttAATAAGTTTACTATTGAAAAATTGGCATTAGGTTTAGCGCGTTATTTAAATGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAg < 1:1040777/141‑1 (MQ=255) ttAATAAGTTTACTATTGAAAAATTGGCATTAGGTTTAGCGCGTTATTTAAATGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAg < 2:1022139/141‑1 (MQ=255) taataaGTTTACTATTGAAAAATTGGCATTAGGTTTAGCGCGTTATTTAAATGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGc < 2:369484/141‑1 (MQ=255) ataaGTTTACTATTGAAAAATTGGCATTAGGTTTAGCGCGTTATTTAAATGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCaa > 2:1302477/1‑141 (MQ=255) aGTTTACTATTGAAAAATTGGCATTAGGTTTAGCGCGTTATTTAAATGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAGAcc > 1:355648/1‑141 (MQ=255) aGTTTACTATTGAAAAATTGGCATTAGGTTTAGCGCGTTATTTAAATGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAAcc > 1:192995/1‑141 (MQ=255) ttACTATTGAAAAATTGGGATTAGGTTTAGCTCGTTATTTAAATGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGACATTAGACATCTATCAACTTAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATc < 2:223947/141‑1 (MQ=255) ttACTATTGAAAAATTGGCATTAGGTTTGGTGCTTGATTTAAATGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACCGAAGTCGCCCAAAAAATTGCGAATGGTTTAGCAAACCATc < 2:959610/141‑1 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aTTGGCATTAGGTTTAGCGCGTTATTTAAATGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTAAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAAAAGttta > 1:118833/1‑141 (MQ=255) gtGGCATTAAGTTTAGCGCGTTGATTAAAAGCCCAAAACAACAGTCCAACAATAATCATTCATTATGATATTAGACAGCTTTCAACTGAAATCGCCCAAAAAATTTCTAATGTATTAACAAACCATCAAAAAACAGgttat > 2:691707/2‑141 (MQ=255) tgtcATCAGGTTTAGAGCGTTATATAAAGGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGtttatt < 1:244817/138‑1 (MQ=255) tGGCATTAGGTTTAGCGCGTTATTTAAATGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGtttatt < 2:293834/141‑1 (MQ=255) tGGCATTAGGTTTAGCGCGTTATTTAAATGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGtttatt < 2:1335958/141‑1 (MQ=255) gCATTAGGTTTAGCGCGTTATTTAAATGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGtttattta < 1:780235/141‑1 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tAAATGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGTTTATTTACCTGATACATATAAAACGacac > 2:1230838/1‑141 (MQ=255) tAAATGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGTTTATTTACCTGATACATATAAAACGacac > 2:1173137/1‑141 (MQ=255) tAAATGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGTTTATTTACCTGATACATATAAAACGacac > 2:679206/1‑141 (MQ=255) tAAATGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGTTTATTTACCTGATACATATAAAACGacac > 2:1092714/1‑141 (MQ=255) aaaTGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAAGTGATTTAACTGATACATATAAAACGaaaca > 2:1071344/1‑140 (MQ=255) caaacaaaCAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTGGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGTTTATTTACCTGATACATATAAAAGGACACCGGACttt > 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2:1361558/1‑141 (MQ=255) cGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGTTTATTTACCTGATACATATAAAACGACACCGGAATTATCGTTCGCGGTGCGCAATCTTAATACTACTGCTGGCATTATGATTACAGCAAGTGATaa > 1:596439/1‑141 (MQ=255) cccAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGTTTATTTACCTGATACATATAAAACGACACCGGAATTATCGTTCGCGGTGCGCAATCTTAATACTACTGCTGGCATTATGATTACAGCAAGTCATAATc < 2:504870/141‑1 (MQ=255) cccAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGTTTATTTACCTGATACATATAAAACGACACCGGAATTATCGTTCGCGGTGCGCAATCTTAATACTACTGCTGGCATTATGATTACAGCAAGTCATAATc > 1:665117/1‑141 (MQ=255) cccAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCAACAAAAAACAGTTTATTTACCCGATACATATAAAACGACACCGGAATTATCGTTCGCGGTGCGCAATCTTAATACTACTGCTGGCATTATGATTACAGCAAGTCATAATc > 1:193322/1‑141 (MQ=255) cAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGTTTATTTACCTGATACATATAAAACGACACCGGAATTATCGTTCGCGGTGCGCAATCTTAATACTACTGCTGGCATTATGATTACAGCAAGtaataaaacg < 2:1188812/141‑5 (MQ=255) aaaTAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGTTTATTTACCTGATACATATAAAACGACACCGGAATTATCGTTCGCGGTGCGCAATCTTAATACTACTGCTGGCATTATGATTACAGCAAGTCATAATCCGa < 2:577066/141‑1 (MQ=255) taatTGCTAATGCATCAGCAAACCATCAAACAACACTTTATTTACCTGATACATATAAAACGACATCGGAATTATCGTTCGCGGTGCGCAATCTTAATACTACTGCTGGCATTATGATTACAGCAAGTCATAATCCGAAAg < 1:218299/141‑1 (MQ=255) atTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGTTTATTTACCTGATACATATAAAACGACACCGGAATTATCGTTCGCGGTGCGCAATCTTAATACTACTGCTGGCATTATGATTACAGCAAGTCATAATCCGAAAGAc < 1:889168/141‑1 (MQ=255) tGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGTTTATTTACCTGATACATATAAAACGACACCGGAATTATCGTTCGCGGTGCGCAATCTTAATACTACTGCTGGCATTATGATTACAGCAAGTCATAATCCGAAAGACta > 2:15359/1‑141 (MQ=255) cTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGTTTATTTACCTGATACATATAAAACGACACCGGAATTATCGTTCGCGGTGCGCAATCTTAATACTACTGCTGGCATTATGATTACAGCAAGTCATAATCCGAAAGACtata > 1:9600/1‑141 (MQ=255) tAATGTATTAGCAAACCATCAAATCACAGTTTATTTACCTGATACATATAAAACGACACCGGAATTATCGTTCGCGGTGCGCAATCTTAATACTACTGCTGGCAGTATGATTACAGCAAGTCATAATCCGAAAGACTATaa < 2:1253455/141‑1 (MQ=255) | TCGACTTAATAAGTTTACTATTGAAAAATTGGCATTAGGTTTAGCGCGTTATTTAAATGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGTTTATTTACCTGATACATATAAAACGACACCGGAATTATCGTTCGCGGTGCGCAATCTTAATACTACTGCTGGCATTATGATTACAGCAAGTCATAATCCGAAAGACTATAA > USA300TCH1516_ALE/2618668‑2618943 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |