| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2618806 | 162 (1.340) | 4 (0.040) | 3/264 | 9.2 | 2.5% | coding (291/1638 nt) | pgcA | Phosphoglucomutase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2618808 | 153 (1.340) | coding (293/1638 nt) | pgcA | Phosphoglucomutase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
TCGACTTAATAAGTTTACTATTGAAAAATTGGCATTAGGTTTAGCGCGTTATTTAAATGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGTTTATTTACCTGATACATATAAAACGACACCGGAATTATCGTTCGCGGTGCGCAATCTTAATACTACTGCTGGCATTATGATTACAGCAAGTCATAATCCGAAAGACTATAACGGC > USA300TCH1516_ALE/2618668‑2618947 | tCGACTTAATAAGTTTACTATTGAAAAATTGGCATTAGGTTTAGCGCGTTATTTAAATGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAACGt < 1:151701/141‑1 (MQ=255) gACTTAATAAGTTTACTATTGAAAAATTGGCATTAGGTTTAGCGCGTTATTTAAATGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTAt < 1:12057/141‑1 (MQ=255) gACTTAATAAGTTTACTATTGAAAAATTGGCATTAGGTTTAGCGCGTTATTTAAATGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTAt < 1:838105/141‑1 (MQ=255) ttAATAAGTTTACTATTGAAAAATTGGCATTAGGTTTAGCGCGTTATTTAAATGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAg < 1:1040777/141‑1 (MQ=255) ttAATAAGTTTACTATTGAAAAATTGGCATTAGGTTTAGCGCGTTATTTAAATGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAg < 1:717305/141‑1 (MQ=255) aGTTTACTATTGAAAAATTGGCATTAGGTTTAGCGCGTTATTTAAATGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAGAcc > 1:355648/1‑141 (MQ=255) ttACTATTGAAAAATTGGGATTAGGTTTAGCTCGTTATTTAAATGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGACATTAGACATCTATCAACTTAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATc < 2:223947/141‑1 (MQ=255) ttACTATTGAAAAATTGGCATTAGGTTTGGTGCTTGATTTAAATGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACCGAAGTCGCCCAAAAAATTGCGAATGGTTTAGCAAACCATc < 2:959610/141‑1 (MQ=255) ttACTATTGAAAAATTGGCATTAGGTTTAGCGCGTTATTTAAATGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATc < 2:1077169/141‑1 (MQ=255) cTATTGAAAAATTGGCATTAGGTTTAGCGCGTTATTTAAATGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTGCCAAACAATCaaa > 2:314433/1‑141 (MQ=255) tATTGAAAAATTGGCATTAGGTTTAGCGCGTTATTTAATTGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAAt < 2:36758/141‑1 (MQ=255) aTTGAAATATTGGCATTAAGTTTAACGCGTTACTTAAATGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTATCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATa < 2:1307/141‑1 (MQ=255) ttGAAAAATTGGCATTAGGTTTAGCGCGTTCTTTAAATGCCCAAACAAACAGTCGAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTGGCAAACCATCAAATaa > 2:1176921/1‑141 (MQ=255) ttGAAAAATTGGCATTAGGTTTAGCGCGTTATTTAAATGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATaa > 2:1025963/1‑141 (MQ=255) ttGAAAAATTGGCATTAGGTTTAGCGCGTTATTTAAATGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGGCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATaa > 2:461255/1‑141 (MQ=255) ttGAAAAATTGGCATTAGGTTTAGCGCGAGATGTAAATGCCCAAACAAACACTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATaa > 2:970587/1‑141 (MQ=255) aaaaTTGGCATTAGGTTTAGCGCGTTATTTAAATGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTCTGATATTAGACATCTTTCAACTTAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGt < 1:1353679/141‑1 (MQ=255) aTTGGCATTAGGTTTAGCGCGTTATTTAAATGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGttta < 1:1111352/141‑1 (MQ=255) aTTGGCATTAGGTTTAGCGCGTTATTTAAATGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGttta < 2:338390/141‑1 (MQ=255) aTTGGCATTAGGTTTAGCGCGTTATTTAAATGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTAAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAAAAGttta > 1:118833/1‑141 (MQ=255) gtGGCATTAAGTTTAGCGCGTTGATTAAAAGCCCAAAACAACAGTCCAACAATAATCATTCATTATGATATTAGACAGCTTTCAACTGAAATCGCCCAAAAAATTTCTAATGTATTAACAAACCATCAAAAAACAGgttat > 2:691707/2‑141 (MQ=255) tgtcATCAGGTTTAGAGCGTTATATAAAGGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGtttatt < 1:244817/138‑1 (MQ=255) tGGCATTAGGTTTAGCGCGTTATTTAAATGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGtttatt < 2:293834/141‑1 (MQ=255) gCATTAGGTTTAGCGCGTTATTTAAATGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGtttattta > 1:77968/1‑141 (MQ=255) cATTAGGTTTAGCGCGTTATTTAAATGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAAAAGTTTATTTAc > 2:1064935/1‑141 (MQ=255) aTTAGGTTTAGCGCGTTATTTAAATGCCCAAACAAACGGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGTTTATTTAcc < 2:401523/141‑1 (MQ=255) aTTAGGTTTAGCGCGTTATTTAAATGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGTTTATTTAcc < 2:606291/141‑1 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2:253590/141‑1 (MQ=255) cgcgTTATTTAAATGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGTTTATTTACCTGATACAtata > 1:62242/1‑141 (MQ=255) cgcgTTATTTAAATGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGTTTATTTACCTGATACAtata > 1:1036089/1‑141 (MQ=255) cgcgTTATTTAAATGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGTTTATTTACCTGATACAtata > 2:1266527/1‑141 (MQ=255) gcgTTATTTAAATGCCAACAAAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGTTTATTTACCTGATACATATaa > 2:1326320/1‑141 (MQ=255) gTTATTTAAATGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGTTTATTTACCTGATACATATaaaa > 1:999248/1‑141 (MQ=255) tATTTAAATGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGTTTATTTACCTGATACATATAAAACg > 1:551377/1‑141 (MQ=255) tAAATGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGTTTATTTACCTGATACATATAAAACGacac > 2:679206/1‑141 (MQ=255) aaaTGCCCAAACAAACGGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGTTTATTTACCTGATACATATAAAACGACAcc > 1:677167/1‑141 (MQ=255) aaacaaacAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAACTAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGAGTAGTTACCTGATACATATAAAACACCACCGAGATTAt > 2:1115754/1‑141 (MQ=255) aaacaaacAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGTTTATTTACCTGATACATATAAAACGACACCGGAATTAt > 1:910825/1‑141 (MQ=255) aaacaaacAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGTTTATTTACCTGATACATATAAAACGACACAGGAATTAt > 1:716057/1‑141 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(MQ=255) aCATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACCGTTTATTTACCTGATACATATAAAACGACACCGGAATTATCGTTCGCGGTGCGCAATCTTAATACTCCCGCTGGCAGTAt > 2:836061/1‑141 (MQ=255) tCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGTTTATTTACCTGATACATATAAAACGACACCGGAATTATCGTTCGCGGTGCGCAATCTTAATACTACTGCTGGCATTATGAt > 2:481487/1‑141 (MQ=255) tttCAACTGAATTCGCCTATATGATTGCTAATGTATTAGCAAACCATTAAATAACAGTTTATTTACCTGATACATATAAAACGACACCGGAATTATCGTTCGCGGTGCGCAATCTTAATACTACTGCTGGCATTATGATTa < 2:1238280/141‑1 (MQ=255) tttCAACTGAATTCGCCCAAATCATTGCTGCAGTATTAGCAAACAATCCAACAAGCGCTGATTTTCCAGCCACAGAGAAATCTGCATTGGAATGATCGTTCGCTGTGCGCGATCTTAATACTACTGCTGGCATTATGATTa < 2:321404/141‑1 (MQ=255) tttCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGTTTATTTACCTGATACATATAAAACGACACCGGAATTATCGTTCGCGGTGCGCAATCTTAATACTACTGCTGGCATTATGATTa < 1:648508/141‑1 (MQ=255) tttCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAAGAACAGTTACTAAACCTGATACATATAAAACGACACCGGAATTATCGTTCGCGGTGCGCAATCTTAATACTACTGCTGGCATTATGATTa < 1:1350392/141‑1 (MQ=255) cAACTGAATTCGACCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCCTCAAATAACAGTTTATTTACCTGATACATATAAAACGACACCGGAATTATCGTTCGCGGTGCGCAATCTTAATACTACTGCTGGCATTATGATTACAg < 1:511419/141‑1 (MQ=255) cTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGTTTATTTACCTGATACATATAAAACGACACCGGAATTATCGTTCGCGGTGCGCAATCTTAATACTACTGCTGGCATTATGATTACAGCaa < 2:62242/141‑1 (MQ=255) cTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGTTTATTTACCTGATACATATAAAACGACACCGGAATTATCGTTCGCGGTGCGCAATCTTAATACTACTGCTGGCATTATGATTACAGCaa < 1:1266527/141‑1 (MQ=255) cGCCCAAATAGTTACTAATGTATTATCAAACCATCAAAGAACAGTTTATTTACCTGATACATATAAAACGACACCGGAATTATCGTTCGCGGTGCGCAATCTTAATACTACTGCTGGCATTATGATTACAGCAAGTCATaa > 2:1361558/1‑141 (MQ=255) cGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGTTTATTTACCTGATACATATAAAACGACACCGGAATTATCGTTCGCGGTGCGCAATCTTAATACTACTGCTGGCATTATGATTACAGCAAGTCATaa > 1:271337/1‑141 (MQ=255) cccAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGTTTATTTACCTGATACATATAAAACGACACCGGAATTATCGTTCGCGGTGCGCAATCTTAATACTACTGCTGGCATTATGATTACAGCAAGTCATAATc > 1:665117/1‑141 (MQ=255) cccAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCAACAAAAAACAGTTTATTTACCCGATACATATAAAACGACACCGGAATTATCGTTCGCGGTGCGCAATCTTAATACTACTGCTGGCATTATGATTACAGCAAGTCATAATc > 1:193322/1‑141 (MQ=255) cAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGTTTATTTACCTGATACATATAAAACGACACCGGAATTATCGTTCGCGGTGCGCAATCTTAATACTACTGCTGGCATTATGATTACAGCAAGtaataaaacg < 2:1188812/141‑5 (MQ=255) cAAATAACCGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACCGTTTATTTACCTGATACATATAAAACGACACCGGAATTATCGTTCGCGGTGCGCAATCTTAATACTACTGCTGGCATTATGATTACAGCAAGTCATAATCCg < 2:392754/141‑1 (MQ=255) ataaaatGGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGTTTATTTACCTGATACATATAAAACGACACCGGAATTATCGTTCGCGGTGCGCAATCTTAATACTACTGCTGGCATTATGATTACAGCAAGTCATAATCCGa > 2:232199/5‑141 (MQ=255) aaaTAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGTTTATTTACCTGATACATATAAAACGACACCGGAATTATCGTTCGCGGTGCGCAATCTTAATACTACTGCTGGCATTATGATTACAGCAAGTCATAATCCGa < 2:577066/141‑1 (MQ=255) aaaTAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGTTTATTTACCTGATACATATAAAACGACACCGGAATTATCGTTCGCGGTGCGCAATCTTAATACTACTGCTGGCATTATGATTACAGCAAGTCATAATCCGa > 2:1150601/1‑141 (MQ=255) atTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGTTTATTTACCTGATACATATAAAACGACACCGGAATTATCGTTCGCGGTGCGCAATCTTAATACTACTGCTGGCATTATGATTACAGCAAGTCATAATCCGAAAgcc > 1:385186/1‑139 (MQ=255) atTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGTTTATTTACCTGATACATATAAAACGACACCGGAATTATCGTTCGCGGTGCGCAATCTTAATACTACTGCTGGCATTATGATTACAGCAAGTCATAATCCGAAAGAc < 1:889168/141‑1 (MQ=255) tAATGTATTAGCAAACCATCAAATCACAGTTTATTTACCTGATACATATAAAACGACACCGGAATTATCGTTCGCGGTGCGCAATCTTAATACTACTGCTGGCAGTATGATTACAGCAAGTCATAATCCGAAAGACTATaa < 2:1253455/141‑1 (MQ=255) gTATTAGCAAACCATCAAATAACAGTTTATTTACCTGATACATATAAAACGACACCGGAATTATCGTTCGCGGTGCGCAATCTTAATACTACTGCTGGCATTATGATTACAGCAAGTCATAATCCGAAAGACTATAACGGc > 1:1307086/1‑141 (MQ=255) | TCGACTTAATAAGTTTACTATTGAAAAATTGGCATTAGGTTTAGCGCGTTATTTAAATGCCCAAACAAACAGTCCAACAATAGTCATTCATTATGATATTAGACATCTTTCAACTGAATTCGCCCAAATAATTGCTAATGTATTAGCAAACCATCAAATAACAGTTTATTTACCTGATACATATAAAACGACACCGGAATTATCGTTCGCGGTGCGCAATCTTAATACTACTGCTGGCATTATGATTACAGCAAGTCATAATCCGAAAGACTATAACGGC > USA300TCH1516_ALE/2618668‑2618947 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |