| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2682927 | 160 (1.140) | 4 (0.030) | 3/240 | NT | 2.5% | intergenic (‑106/‑148) | mvaA/mvaS | 3‑hydroxy‑3‑methylglutaryl‑coenzyme A reductase/Hydroxymethylglutaryl‑CoA synthase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2682968 | 169 (1.300) | intergenic (‑147/‑107) | mvaA/mvaS | 3‑hydroxy‑3‑methylglutaryl‑coenzyme A reductase/Hydroxymethylglutaryl‑CoA synthase | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CTTTACGAGATAAATGTCGAAAATTCTTATCTAAATTTTGCATGGACGTACTCCTTTTACTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2682779‑2682927‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttgtcgtttCTTGTAAGCGTTTTAATTTACCTTGTTTTATTTTAAAGTCAAAACGACAATTATTCAATTGAATTTTAAGACGAATGACGTTATTTTGTGGTAAAAATAGTAGTGATTGAAATGTTAAAAATTATGTGAAGTAAAAGGAG < USA300TCH1516_ALE/2682968‑2682829 CTTTACGAGATAAATGTCGAAAATTCTTATCTAAATTTTGCATGGACGTACTCCTTTTACTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAAT < 1:637810/141‑1CTTTACGAGATAAATGTCGAAAATTCTTATCTAAATTTTGCATGGACGTACTCCTTTTACTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAAT > 2:73780/1‑141 TTTACGAGATAAATGTCGAAAATTCTTATCTAAATTTTGCATGGACGTACTCCTTTTACTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATT > 2:705133/1‑141 TTACGAGATAAATGTCGAAAATTCTTATCTAAATTTTGCATGGACGTACTCCTTTTACTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTG < 2:654573/141‑1 TTACGAGATAAATGTCGAAAATTCTTATCTAAATTTTGCATGGACGTACTCCTTTTACTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTG > 3:11241/1‑141 TACGAGATAAATGTCGAAAATTCTTATCTAAATTTTGCATGGACGTACTCCTTTTACTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGT > 3:486209/1‑141 CGAGATAAATGTCGAAAATTCTTATCTAAATTTTGCATGGACGTACTCCTTTTACTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCG > 2:25914/1‑141 CGAGATAAATGTCGAAAATTCTTATCTAAATTTTGCATGGACGTACTCCTTTTACTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCG > 4:264059/1‑141 AGATAAATGTCGAAAATTCTTATCTAAATTTTGCATGGACGTACTCCTTTTACTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTT < 2:615576/141‑1 TTTTACTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTCTTGTAAGCGTTTTAATTTACCTTGTTTTATTTTAAAGTCAAAACG < 2:550733/141‑1 TTTTACTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTCTTGTAAGCGTTTTAATTTACCTTGTTTTATTTTAAAGTCAAAACG < 2:550789/141‑1 TACTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTCTTGTAAGCGTTTTAATTTACCTTGTTTTATTTTAAAGTCAAAACGACA < 2:873995/141‑1 ACTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTCTTGTAAGCGTTTTAATTTACCTTGTTTTATTTTAAAGTCAAAACGACAA < 2:559845/141‑1 TTGTCGTTTCTTGTAAGCGTTTTAATTTACCTTGTTTTATTTTAAAGTCAAAACGACAATTATTCAATTGAATTTTAAGACGAATGACGTTATTTTGTGGTAAAAATAGTAGTGATTGAAATGTTAAAAATTATGTGAAGT < 4:340174/141‑1 TTGTCGTTTCTTGTAAGCGTTTTAATTTACCTTGTTTTATTTTAAAGTCAAAACGACAATTATTCAATTGAATTTTAAGACGAATGACGTTATTTTGTGGTAAAAATAGTAGTGATTGAAATGTTAAAAATTATGTGAAGT < 2:685228/141‑1 GTCGTTTCTTGTAAGCGTTTTAATTTACCTTGTTTTATTTTAAAGTCAAAACGACAATTATTCAATTGAATTTTAAGACGAATGACGTTATTTTGTGGTAAAAATAGTAGTGATTGAAATGTTAAAAATTATGTGAAGTAA > 3:285618/1‑141 TCGTTTCTTGTAAGCGTTTTAATTTACCTTGTTTTATTTTAAAGTCAAAACGACAATTATTCAATTGAATTTTAAGACGAATGACGTTATTTTGTGGTAAAAATAGTAGTGATTGAAATGTTAAAAATTATGTGAAGTAAA > 4:438981/1‑141 TCGTTTCTTGTAAGCGTTTTAATTTACCTTGTTTTATTTTAAAGTCAAAACGACAATTATTCAATTGAATTTTAAGACGAATGACGTTATTTTGTGGTAAAAATAGTAGTGATTGAAATGTTAAAAATTATGTGAAGTAAA < 2:898747/141‑1 CGTTTCTTGTAAGCGTTTTAATTTACCTTGTTTTATTTTAAAGTCAAAACGACAATTATTCAATTGAATTTTAAGACGAATGACGTTATTTTGTGGTAAAAATAGTAGTGATTGAAATGTTAAAAATTATGTGAAGTAAAA < 2:1179907/141‑1 CGTTTCTTGTAAGCGTTTTAATTTACCTTGTTTTATTTTAAAGTCAAAACGACAATTATTCAATTGAATTTTAAGACGAATGACGTTATTTTGTGGTAAAAATAGTAGTGATTGAAATGTTAAAAATTATGTGAAGTAAAA < 2:1105901/141‑1 TTTCTTGTAAGCGTTTTAATTTACCTTGTTTTATTTTAAAGTCAAAACGACAATTATTCAATTGAATTTTAAGACGAATGACGTTATTTTGTGGTAAAAATAGTAGTGATTGAAATGTTAAAAATTATGTGAAGTAAAAGG < 1:840919/141‑1 TTCTTGTAAGCGTTTTAATTTACCTTGTTTTATTTTAAAGTCAAAACGACAATTATTCAATTGAATTTTAAGACGAATGACGTTATTTTGTGGTAAAAATAGTAGTGATTGAAATGTTAAAAATTATGTGAAGTAAAAGGA < 4:333419/141‑1 TCTTGTAAGCGTTTTAATTTTCCTTGTTTTATTTTAAAGTCAAAACGAAAATTATTCAATTGAATTTTAAGACGAATGACGTTATTTTGTGGTAAAAATAGTAGTGATTGAAATGTTAAAAATTATGTGAAGTAAAAGGAG < 1:1014788/141‑1 TCTTGTAAGCGTTTTAATTTACCTTGTTTTATTTTAAAGTCAAAACGACAATTATTCAATTGAATTTTAAGACGAATGACGTTATTTTGTGGTAAAAATAGTAGTGATTGAAATGTTAAAAATTATGTGAAGTAAAAGGAG < 3:163355/141‑1 TCTTGTAAGCGTTTTAATTTACCTTGTTTTATTTTAAAGTCAAAACGACAATTATTCAATTGAATTTTAAGACGAATGACGTTATTTTGTGGTAAAAATAGTAGTGATTGAAATGTTAAAAATTATGTGAAGTAAAAGGAG < 3:355641/141‑1 CTTTACGAGATAAATGTCGAAAATTCTTATCTAAATTTTGCATGGACGTACTCCTTTTACTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2682779‑2682927‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttgtcgtttCTTGTAAGCGTTTTAATTTACCTTGTTTTATTTTAAAGTCAAAACGACAATTATTCAATTGAATTTTAAGACGAATGACGTTATTTTGTGGTAAAAATAGTAGTGATTGAAATGTTAAAAATTATGTGAAGTAAAAGGAG < USA300TCH1516_ALE/2682968‑2682829 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |