| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2682927 | 160 (1.140) | 4 (0.030) | 3/240 | NT | 2.5% | intergenic (‑106/‑148) | mvaA/mvaS | 3‑hydroxy‑3‑methylglutaryl‑coenzyme A reductase/Hydroxymethylglutaryl‑CoA synthase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2682968 | 169 (1.300) | intergenic (‑147/‑107) | mvaA/mvaS | 3‑hydroxy‑3‑methylglutaryl‑coenzyme A reductase/Hydroxymethylglutaryl‑CoA synthase | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
ATAAATGTCGAAAATTCTTATCTAAATTTTGCATGGACGTACTCCTTTTACTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAATTTGAAAGGATGTA > USA300TCH1516_ALE/2682788‑2683067 | aTAAATGTCGAAAATTCTTATCTAAATTTTGCATGGACGTACTCCTTTTACTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGtttt < 4:196033/141‑1 (MQ=255) tAAATGTCGAAAATTCTTATCTAAATTTTGCATGGACGTACTCCTTTTACTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTg > 2:828448/1‑141 (MQ=255) tGTCGAAAATTCTTATCTAAATTTTGCATGGACGTACTCCTTTTACTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACtt > 2:75750/1‑141 (MQ=255) tGTCGAAAATTCTTATCTAAATTTTGCATGGACGTACTCCTTTTACTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTATCGTTTTGACtt > 2:1008539/1‑141 (MQ=255) gTCGAAAATTCTTATCTAAATTTTGCATGGACGTACTCCTTTTACTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACttt < 3:40336/141‑1 (MQ=255) tCGAAAATTCTTATCTAAATTTTGCATGGACGTACTCCTTTTACTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTta < 1:522795/141‑1 (MQ=255) aaaaTTCTTATCTAAATTTTGCATGGACGTACTCCTTTTACTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTtaaaa < 2:162735/141‑1 (MQ=255) tATCTAAATTTTGCATGGACGTACTCCTTTTACTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACaa > 3:328709/1‑141 (MQ=255) aTCTAAATTTTGCATGGACGTACTCCTTTTACTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAg > 4:12695/1‑141 (MQ=255) cTAAATTTTGCATGGACGTACTCCTTTTACTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGt < 1:637375/141‑1 (MQ=255) aaTTTTGCATGGACGTACTCCTTTTACTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTaaa < 1:226509/141‑1 (MQ=255) aaTTTTGCATGGACGTACTCCTTTTACTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTaaa < 1:577980/141‑1 (MQ=255) ttttGCATGGACGTACTCCTTTTACTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAAtt > 1:188609/1‑141 (MQ=255) tGCATGGACGTACTCCTTTTACTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTaaa > 1:865739/1‑141 (MQ=255) tGCATGGACGTACTCCTTTTACTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTaaa > 2:1032386/1‑141 (MQ=255) gCATGGACGTACTCCTTTTACTTCACATAATTTTTAACATTTTAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTaaaa > 1:1166828/1‑141 (MQ=255) gCATGGACGTACTCCTTTTACTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTaaaa > 2:620627/1‑141 (MQ=255) cATGGACGTACTCCTTTTACTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAAc > 2:1053304/1‑141 (MQ=255) cATGGACGTACTCCTTTTACTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAAc > 2:26764/1‑141 (MQ=255) cATGGACGTACTCCTTTTACTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAAc > 2:108958/1‑141 (MQ=255) aTGGACGTACTCCTTTTACTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACg < 2:886037/141‑1 (MQ=255) cGTACTCCTTTTACTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTAc < 2:707229/141‑1 (MQ=255) cTCCTTTTACTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTTTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGAAAATTAAAACGCTTACAAGa < 1:1014788‑M2/141‑2 (MQ=255) ccTTTTACTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGaaa < 1:840919‑M2/141‑4 (MQ=255) ttttACTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGaaacg < 2:1105901‑M2/141‑6 (MQ=255) ttttACTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGaaacg < 2:1179907‑M2/141‑6 (MQ=255) ttACTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGaaacgac > 3:285618‑M2/1‑134 (MQ=255) tACTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTcttgtaagcgttttaatttaccttgttttattttaaagtcaaaacgaca < 2:873995‑M1/141‑50 (MQ=255) cTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACaaa > 1:493167/1‑141 (MQ=255) ttCACATATTTTTTAACATTTCAATCACTACTATTGTTACCACAAAATAACGTCATTGGTCTTAAAATTCAATTGTATAATTGTCGTGGTGACTGTAAAATAAAACATGGTAAATGAAAAAGCTTTCAAGAAACGACaaaa > 4:250300/1‑140 (MQ=255) aTAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCAttt < 1:729315/141‑1 (MQ=255) aTAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCAttt < 4:347555/141‑1 (MQ=255) tAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCAtttt < 2:462545/141‑1 (MQ=255) tttttAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTaa > 3:495645/1‑141 (MQ=255) aaCATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTa > 1:293831/1‑141 (MQ=255) aaaTTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAg < 2:447527/139‑1 (MQ=255) aCATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAg > 1:82025/1‑141 (MQ=255) aCATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAg > 4:163700/1‑141 (MQ=255) cATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTCTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGt < 1:387701/141‑1 (MQ=255) aTTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAGTTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGta < 2:949631/141‑1 (MQ=255) aTTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGta < 1:750094/141‑1 (MQ=255) ttCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAATTTTCGtata > 2:965600/1‑141 (MQ=255) ttCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGtata > 1:92410/1‑141 (MQ=255) ttCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAAATTAGtata > 2:729862/1‑141 (MQ=255) tCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTatat < 2:1160730/141‑1 (MQ=255) tCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTatat > 2:380575/1‑141 (MQ=255) actactATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCttt > 2:49476/1‑141 (MQ=255) ctactaTTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGGATAATCAGCCTATAGACTTAAAAAGGAAACAAGGTAGATTGAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCGTTg > 1:1009642/1‑141 (MQ=255) tactaTTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGt < 1:1053224/141‑1 (MQ=255) actaTTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGta < 1:1111926/141‑1 (MQ=255) ctaTTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGtat < 1:678320/141‑1 (MQ=255) ttttACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATaaaa > 1:552367/1‑141 (MQ=255) tttACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAAt < 3:244552/141‑1 (MQ=255) tttACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAAAGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAAt > 4:386976/1‑141 (MQ=255) aCCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAg < 2:581950/141‑1 (MQ=255) ccACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGc > 2:548633/1‑141 (MQ=255) ccACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGc < 1:1058234/141‑1 (MQ=255) ccACAAAATAACGTCATTCGTATTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAACATAAAACAAGGTAAATTACAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTTTTTGTATAAAATTAGc > 1:280082/1‑141 (MQ=255) aaTAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGta > 4:51446/1‑113 (MQ=255) aaTAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGta < 3:51446/113‑1 (MQ=255) aTAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCt < 1:886085/141‑1 (MQ=255) aCGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCtgat < 4:296618/141‑1 (MQ=255) aCGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCtgat < 2:538139/141‑1 (MQ=255) aCGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTAGATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCtgat > 3:156665/1‑141 (MQ=255) cATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCtgatatga < 2:178128/141‑1 (MQ=255) aTTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCtgatatgat > 2:377446/1‑141 (MQ=255) ttCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCtgatatgata < 4:443362/141‑1 (MQ=255) cGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACa < 2:247857/141‑1 (MQ=255) cGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACa > 2:78112/1‑141 (MQ=255) tCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAg < 2:123688/141‑1 (MQ=255) tCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATAATACAAg < 4:144793/141‑1 (MQ=255) ttAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAgtg > 2:182080/1‑141 (MQ=255) ttAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAgtg > 1:121662/1‑141 (MQ=255) tAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAgtgt < 1:438202/141‑1 (MQ=255) aaTTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGc < 1:1073742/141‑1 (MQ=255) tCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCttt < 1:766206/141‑1 (MQ=255) ttGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTtata < 3:12695/141‑1 (MQ=255) ttGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATGTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTtata > 1:1130118/1‑141 (MQ=255) gAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAATCGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATaaa < 1:20439/141‑1 (MQ=255) gAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATaaa > 3:443320/1‑141 (MQ=255) ataatTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTGTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAAtt > 1:972192/1‑141 (MQ=255) taatTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAAttt < 3:228589/141‑1 (MQ=255) ttggctttttGAATTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAATTTGaa < 2:902893/135‑1 (MQ=255) ttGTCGTTTcttgtaagcgttttaatttaccttgttttattttaaagtcaaaacgacaattattcaattgaattttaagacgaatgacgttattttgtggtaaaaatagtagtgattgaaatgttaaaaattatgtgaagt < 2:685228‑M1/141‑133 (MQ=255) ttGTCGTTTcttgtaagcgttttaatttaccttgttttattttaaagtcaaaacgacaattattcaattgaattttaagacgaatgacgttattttgtggtaaaaatagtagtgattgaaatgttaaaaattatgtgaagt < 4:340174‑M1/141‑133 (MQ=255) tGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAATTTGaaa < 3:147997/141‑1 (MQ=255) tCGTTTcttgtaagcgttttaatttaccttgttttattttaaagtcaaaacgacaattattcaattgaattttaagacgaatgacgttattttgtggtaaaaatagtagtgattgaaatgttaaaaattatgtgaagtaaa > 4:438981‑M1/1‑6 (MQ=255) tCGTTTcttgtaagcgttttaatttaccttgttttattttaaagtcaaaacgacaattattcaattgaattttaagacgaatgacgttattttgtggtaaaaatagtagtgattgaaatgttaaaaattatgtgaagtaaa < 2:898747‑M1/141‑136 (MQ=255) cGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGaaacgacaattattcaattgaattttaagacgaatgacgttattttgtggtaaaaatagtagtgattgaaatgttaaaaattatgtgaagtaaaa < 2:550733‑M2/141‑96 (MQ=255) cGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGaaacgacaattattcaattgaattttaagacgaatgacgttattttgtggtaaaaatagtagtgattgaaatgttaaaaattatgtgaagtaaaa < 2:550789‑M2/141‑96 (MQ=255) cGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAATTTGAAAGGa > 2:599433/1‑141 (MQ=255) ttttGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAATTTGAAAGGATg < 3:267642/141‑1 (MQ=255) tttGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAATTTGAAAGGATGt < 1:1082695/141‑1 (MQ=255) tttGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAATTTGAAAGGATGt < 2:2325/141‑1 (MQ=255) tttGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAATTTGAAAGGATGt < 4:161254/141‑1 (MQ=255) tttGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAATTTGAAAGGATGt < 3:212782/141‑1 (MQ=255) tttGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAATTTGAAAGGATGt < 3:264059/141‑1 (MQ=255) ttcttgtaagcgttttaatttaccttgttttattttaaagtcaaaacgacaattattcaattgaattttaagacgaatgacgttattttgtggtaaaaatagtagtgattgaaatgttaaaaattatgtgaagtaaaagga < 4:333419‑M1/141‑140 (MQ=255) tcttgtaagcgttttaatttaccttgttttattttaaagtcaaaacgacaattattcaattgaattttaagacgaatgacgttattttgtggtaaaaatagtagtgattgaaatgttaaaaattatgtgaagtaaaaggag < 3:163355‑M1/141‑141 (MQ=255) tcttgtaagcgttttaatttaccttgttttattttaaagtcaaaacgacaattattcaattgaattttaagacgaatgacgttattttgtggtaaaaatagtagtgattgaaatgttaaaaattatgtgaagtaaaaggag < 3:355641‑M1/141‑141 (MQ=255) | ATAAATGTCGAAAATTCTTATCTAAATTTTGCATGGACGTACTCCTTTTACTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAATTTGAAAGGATGTA > USA300TCH1516_ALE/2682788‑2683067 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |