| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2682927 | 160 (1.140) | 4 (0.030) | 3/240 | NT | 2.5% | intergenic (‑106/‑148) | mvaA/mvaS | 3‑hydroxy‑3‑methylglutaryl‑coenzyme A reductase/Hydroxymethylglutaryl‑CoA synthase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2682968 | 169 (1.300) | intergenic (‑147/‑107) | mvaA/mvaS | 3‑hydroxy‑3‑methylglutaryl‑coenzyme A reductase/Hydroxymethylglutaryl‑CoA synthase | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 201 total aligned reads displayed.
CTCCTTTTACTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAATTTGAAAGGATGTAAAACCTTATGACAATAGGTATCGATAAAATAAACTTTTACG > USA300TCH1516_ALE/2682829‑2683108 | cTCCTTTTACTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGa < 3:355641‑M2/141‑2 (MQ=255) ttttACTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGaaacg < 2:1179907‑M2/141‑6 (MQ=255) aCTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGaaacgacaa < 2:685228‑M2/141‑10 (MQ=255) aCTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGaaacgacaa < 4:340174‑M2/141‑10 (MQ=255) cTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACaaa > 1:493167/1‑141 (MQ=255) ttCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAAGGACAAAt < 1:944180/141‑1 (MQ=255) ttCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAAt < 2:1008164/141‑1 (MQ=255) cacaTAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATc < 1:181796/140‑1 (MQ=255) tgaaTTTNTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCAttt < 2:897671/139‑1 (MQ=255) aTAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCAttt < 1:729315/141‑1 (MQ=255) tttAACCTTTTAATCATTTTTTTTTGTATCACTAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTGTAAAATAAAACAAGGTAATTTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAAt < 2:772772/141‑1 (MQ=255) tttAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAAt > 2:357537/1‑141 (MQ=255) tAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAAttt > 1:439859/1‑141 (MQ=255) aaCATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTa > 1:293831/1‑141 (MQ=255) aaaTTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAg < 2:447527/139‑1 (MQ=255) aCATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAg > 4:163700/1‑141 (MQ=255) aCATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAg > 2:593294/1‑141 (MQ=255) aCATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAg > 1:82025/1‑141 (MQ=255) aCATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAg < 4:144547/141‑1 (MQ=255) cATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTCTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGt < 1:387701/141‑1 (MQ=255) aTTTCAATCACTACTATTTTTACCACAATATAACGTCATTCGTCTTAAAATTAAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGta < 2:801314/141‑1 (MQ=255) aTTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAGTTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGta < 2:949631/141‑1 (MQ=255) aTTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGta < 4:42622/141‑1 (MQ=255) tttCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGtat < 2:610344/141‑1 (MQ=255) ttCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAATTTTCGtata > 2:965600/1‑141 (MQ=255) tCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTatat > 2:380575/1‑141 (MQ=255) tCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTatat < 3:494255/141‑1 (MQ=255) actactATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCttt > 4:1886/1‑141 (MQ=255) actactATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCttt > 2:49476/1‑141 (MQ=255) ctactaTTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGGATAATCAGCCTATAGACTTAAAAAGGAAACAAGGTAGATTGAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCGTTg > 1:1009642/1‑141 (MQ=255) tactaTTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGt < 1:1053224/141‑1 (MQ=255) actaTTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGta < 1:1111926/141‑1 (MQ=255) aTTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATaa < 1:904523/141‑1 (MQ=255) tttACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAAt < 3:244552/141‑1 (MQ=255) ttACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAAtt > 1:1094573/1‑141 (MQ=255) ccACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGc < 1:1058234/141‑1 (MQ=255) cacaAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCa < 2:491834/141‑1 (MQ=255) aaaaTAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCatat < 4:247007/141‑1 (MQ=255) aaTAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGta > 4:51446/1‑113 (MQ=255) aCGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCtgat < 2:538139/141‑1 (MQ=255) aCGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCtgat < 1:216161/141‑1 (MQ=255) aCGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTAGATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCtgat > 3:156665/1‑141 (MQ=255) cGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCtgata > 2:714120/1‑141 (MQ=255) cGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCtgata > 2:313665/1‑141 (MQ=255) tCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCtgatatg < 1:233491/141‑1 (MQ=255) cATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCtgatatga < 2:178128/141‑1 (MQ=255) ttCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCtgatatgata < 4:443362/141‑1 (MQ=255) tCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAg < 2:123688/141‑1 (MQ=255) ttAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAgtg > 2:182080/1‑141 (MQ=255) ttAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAgtg > 1:121662/1‑141 (MQ=255) aaaaTTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGtt > 1:789615/1‑141 (MQ=255) aaTTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGc < 1:1073742/141‑1 (MQ=255) aaTTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGc < 1:733843/141‑1 (MQ=255) ttCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCtt < 2:1157584/141‑1 (MQ=255) tCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCttt < 4:321842/141‑1 (MQ=255) tCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCttt < 1:766206/141‑1 (MQ=255) ttGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTtata < 3:12695/141‑1 (MQ=255) ttGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTtata < 1:548633/141‑1 (MQ=255) gAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATaaa > 3:443320/1‑141 (MQ=255) ataatTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAAtt < 3:502830/141‑1 (MQ=255) taatTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAAttt < 3:228589/141‑1 (MQ=255) taatTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAAttt < 2:23342/141‑1 (MQ=255) aatTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAATTTg < 1:637942/141‑1 (MQ=255) atTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAATTTGa > 2:20209/1‑141 (MQ=255) ttggctttttGAATTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAATTTGaa < 2:902893/135‑1 (MQ=255) ttGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAATTTGaa > 2:460678/1‑141 (MQ=255) tGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAATTTGaaa < 3:305529/141‑1 (MQ=255) tGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAATTTGaaa < 3:147997/141‑1 (MQ=255) cGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGaaacgacaattattcaattgaattttaagacgaatgacgttattttgtggtaaaaatagtagtgattgaaatgttaaaaattatgtgaagtaaaa < 2:550733‑M2/141‑96 (MQ=255) cGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAATTTGAAAGGa < 1:553424/141‑1 (MQ=255) cGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAATTTGAAAGGa > 1:841603/1‑141 (MQ=255) ttttGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAATTTGAAAGGATg < 3:267642/141‑1 (MQ=255) tttGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAATTTGAAAGGATGt < 1:1082695/141‑1 (MQ=255) gACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAATTTGAAAGGATGTaaa < 2:872377/141‑1 (MQ=255) gACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAATTTGAAAGGATGTaaa > 4:34869/1‑141 (MQ=255) aCTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAATTTGAAAGGATGTaaaa < 4:259320/141‑1 (MQ=255) taaaataaaaCAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAATTTGAAAGGATGTAAAACCtt < 1:429411/141‑1 (MQ=255) taaaataaaaCAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAATTTGAAAGGATGTAAAACCtt > 3:391673/1‑141 (MQ=255) aaaataaaaCAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAATTTGAAAGGATGTAAAACCTTa < 1:1170601/141‑1 (MQ=255) ataaaaCAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATCAATTTGAAAGGATGTAAAACCTTATGa < 2:257287/141‑1 (MQ=255) taaaaCAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAATTTGAAAGGATGTAAAACCTTATGAc < 3:351394/141‑1 (MQ=255) taaaaCAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAATTTGAAAGGATGTAAAACCTTATGAc < 4:163355/141‑1 (MQ=255) aagcAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGTCAAATCATTTTTAAATTTAGTGTATTTCTTTGTATAAGATAAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAATTTGAAAGGATGTAAAACCTTATGACaa > 2:143183/4‑141 (MQ=255) aaaCAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAATTTGAAAGGATGTAAAACCTTATGACaa > 1:317384/1‑141 (MQ=255) aaaCAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAATTTGAAAGGATGTAAAACCTTATGACaa > 3:176764/1‑141 (MQ=255) aaaCAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAATTTGAAAGGATGTAAAACCTTATGACaa > 3:217895/1‑141 (MQ=255) aaaCAAGGTAAATAAAACCCCTCACAAGACAAGACAAATCATCTTTAAAAATAGTAAATATCTAAAAATAAAATTAACATATCCTGATATAATAAAAGTGTTGCTTTTATAAATCTGCAAGGATGTAAAACCCTATgcatc > 2:558997/1‑137 (MQ=255) aaGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAATTTGAAAGGATGTAAAACCTTATGACAATAgg < 4:11241/141‑1 (MQ=255) ggTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAATTTGAAAGGATGTAAAACCTTATGACAATAGGTa < 1:401197/141‑1 (MQ=255) gTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAATTTGAAAGGATGTAAAACCTTATGACAATAGGTAt < 2:47132/141‑1 (MQ=255) aaaTTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATATAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACATGTGTTGCTTTTATAAATTTTAAAGGATGTAAAACCTTCTGCCTATAGTTATCg > 4:381902/1‑141 (MQ=255) aaTTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAATTTGAAAGGATGTAAAACCTTATGACAATAGGTATCGa < 2:562758/141‑1 (MQ=255) aaaCGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAATTTGAAAGGATGTAAAACCTTATGACAATAGGTATCGataaaa > 4:474726/1‑141 (MQ=255) aaCGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAATTTGAAAGGATGTAAAACCTTATGACAATAGGTATCGataaaat < 1:705133/141‑1 (MQ=255) aaCGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAATTTGAAAGGATGTAAAACCTTATGACAATAGGTATCGataaaat > 2:29455/1‑141 (MQ=255) aCGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAATTTGAAAGGATGTAAAACCTTATGACAATAGGTATCGataaaata < 4:149005/141‑1 (MQ=255) cGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAATTTGAAAGGATGTAAAACCTTATGACAATAGGTATCGataaaataa > 1:1030854/1‑141 (MQ=255) ttACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAATTTGAAAGGATGTAAAACCTTATGACAATAGGTATCGATAAAATAAACt < 2:883478/141‑1 (MQ=255) aCAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAATTTGAAAGGATGTAAAACCTTATGACAATAGGTATCGATAAAATAAACttt < 4:252040/141‑1 (MQ=255) aaGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAATTTGAAAGGATGTAAAACCTTATGACAATAGGTATCGATAAAATAAACTTTTa < 2:243169/141‑1 (MQ=255) | CTCCTTTTACTTCACATAATTTTTAACATTTCAATCACTACTATTTTTACCACAAAATAACGTCATTCGTCTTAAAATTCAATTGAATAATTGTCGTTTTGACTTTAAAATAAAACAAGGTAAATTAAAACGCTTACAAGAAACGACAAATCATTTTTAAATTTAGTATATTTCTTTGTATAAAATTAGCATATTCTGATATGATACAAGTGTTGCTTTTATAAATTTGAAAGGATGTAAAACCTTATGACAATAGGTATCGATAAAATAAACTTTTACG > USA300TCH1516_ALE/2682829‑2683108 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |