| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2693368 = | 120 (0.860) | 7 (0.060) | 6/234 | NT | 6.5% | intergenic (+39/+317) | mtrR/rocA | HTH‑type transcriptional regulator MtrR/1‑pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2693417 = | 93 (0.730) | intergenic (+88/+268) | mtrR/rocA | HTH‑type transcriptional regulator MtrR/1‑pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase | |||||
AAACAACTGAGTCAAAGTCATTTAGATAGCGGATTTATTTTTTTCTTCATAGTTTATGTGTTGTGTATCAGTTGTTTTAATAGCGATAAGCACGATAAAAATAAAAAACGATAGTAGTACACGAATTCATTAA‑‑CGTGTAC‑ACTATCGTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2693519‑2693368‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑actatcgtttttTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACAACACATAAACTATGAAGAAAAAAATAAATCCGCTATCTAAATGACTTTGACTCAGTTGTTTAAATGACCAAATTGCTAATACAATTCCCATTATTATT > USA300TCH1516_ALE/2693417‑2693556 AAACAACTGAGTCAAAGTCATTTAGATAGCGGATTTATTTTTTTCTTCATAGTTTATGTGTTGTGTATCAGTTGTTTTAATAGCGATAAGAAAAAAAAAAAAAAAAAACGATAGTAGTACACGAATTCATTAA‑‑CGTGTAC‑A < 4:492423/141‑1AAACAACTGAGTCAAAGTAATTTAGATAGCGGATTTCTTTTTTTCTTCATAGTTTATGTGTTATGAATCAGTTGTTTTAATAGCGATAAAAAAAAAAAAAATAAAAAACGATAGTAGTACACGAATTCATTAA‑‑CGTGTAC‑A < 4:202477/141‑1 ACAACTGAGTCAAAGTCATTTAGATAGCGGATTTATTTTTTTTTTTTTATTTTATGTGTAGTGTGTAAGTTGTTTTATTAGCGATAAGCACGATAAAAATAAAAAACGATAGTAGTACACGAATTCATTAA‑‑AGTGTAC‑Aaa > 2:551552/1‑139 ACTGAGTCAAAGTCATTTAGATAGCGGATTTATTTTTTTCTTCATAGTTTATGTGTTGTGTATCAGTTGTTTTAATAGCGATAAGCACGATAAAAATAAAAAACGATAGTAGTACACGAATTCATTAA‑‑CGTGTAC‑ACTATC < 1:827915/141‑1 ACTGAGTCAAAGTCATTTAGATAGCGGATTTATTTTTTTCTTCATAGTTTATGTGTTGTGTATCAGTTGTTTTAATAGCGATAAGCACGATAAAAATAAAAAACGATAGTAGTACACGAATTCATTAA‑‑CGTGTAC‑ACTATC > 4:196912/1‑141 ACTGAGTCAAAGTCATTTAGATAGCGGATTTATTTTTTTCTTCATAGTTTATGTGTTGTGTATCAGTTGTTTTAATAGCGATAAGCACGATAAAAATAAAAAACGATAGTAGTACACGAATTCATTAA‑‑CGTGTAC‑ACTATC > 1:1180424/1‑141 GAGTCAAAGTCATTTAGATAGCGGATTTATTTTTTTCTTCATAGTTTATGTGTTGTGTATCAGTTGTTTTAATAGCGATAAGCACGATAAAAATAAAAAACGATAGTAGTACACGAATTCATTAA‑‑CGTGTAC‑ACTATCGTT > 1:495330/1‑141 GAGTCAAAGTCATTTAGATAGCGGATTTATTTTTTTCTTCATAGTTTATGTGTTGTGTATCAGTTGTTTTAATAGCGATAAGCACGATAAAAATAAAAAACGATAGTAGTACACGAATTCATTAA‑‑CGTGTAC‑ACTATCGTT > 1:911998/1‑141 AGTCAAAGACATTTAGATAGCGGATTTATTTTTTTCTTCATAGTTTATGTGTTGTGTATCAGTTGTTTTAATAGCGATAAGCACGATAAAAATAAAAAACGATAGTAGTACACGCATTCATTAA‑‑CGTGTAC‑ACTATCGTTT > 2:751176/1‑141 TCAAAGTCATTTAGATAGCGGATTTATTTTTTTCTTCATAGTTTATGTGTTGTGTATCAGTTGTTTTAATAGCGATAAGCACGATAAAAATAAAAAACGATAGTAGTACACGAATTCATTAA‑‑CGTGTAC‑ACTATCGTTTTT > 3:307857/1‑141 ATTTTTTTCTTCATAGTTTATGTGTTGTGTATCAGTTGTTTTAATAGCGATAAGCACGATAAAAATAAAAAACGATAGT‑GTACACG‑‑TTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATT < 3:52164/141‑1 TCATAGTTTATGTGTTGTGTATCAGTTGTTTTAATAGCGTTAAGCACGATAAAAATAAAAAACGATAGT‑GTACACG‑‑TTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTG < 1:398238/141‑1 AACGATAGTAGTACACGAATTCATTAA‑‑CGCGTAC‑ACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACAACACATAAACTATGAAGAAAAAAATAAATCCGCTATCTAAATGACTTTGACTC > 2:664778/1‑141 GTAGTACACGAATTCATTAA‑‑CGTGTAC‑ACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACAACACATAAACTATGAAGAAAAAAATAAATCCGCTATCTAAATGACTTTGACTCAGTTGTT > 2:150595/1‑141 GTAGTACACGAATTCATTAA‑‑CGTGTAC‑ACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACAACACATAAACTATGAAGAAAAAAATAAATCCGCTATCTAAATGACTTTGACTCAGTTGTT > 2:627446/1‑141 GTACACGAATTCATTAA‑‑CGTGTAC‑ACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACAACACATAAACTATGAAGAAAAAAATAAATCCGCTATCTAAATGACTTTGACTCAGTTGTTTAA > 2:1163091/1‑141 ACGAATTCATTAA‑‑CGTGTAC‑ACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACAACACATAAACTATGAAGAAAAAAATAAATCCGCTATCTAAATGACTTTGACTCAGTTGTTTAAATGA < 1:627446/141‑1 TATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACAACACATAAACTATGAAGAAAAAAATAAATCCGCTATCTAAATGACTTTGACTCAGTTGTTTAAATGACCAAATTGCTAATACAATTCCC > 2:319143/1‑141 ATCGTTTTTTATTTTTTTTTTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACAACACATAAACTATGAAGAAAAAAATAAATCCGCTATCTAAATGACTTTGACTCAGTTGTTTAAATGACCAAATTGCTAATACAATTCCCA > 4:505636/1‑141 ATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACAACACATAAACTATGAAGAAAAAAATAAATCCGTTATCTAAATGACTTTGACTCATTTGTTTAAATGACCAAATGGCTAATACAATTCCCA < 2:708480/141‑1 ATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACAACACATAAACTATGAAGAAAAAAATAAATCCGCTATCTAAATGACTTTGACTCAGTTGTTTAAATGACCAAATTGCTAATACAATTCCCA > 1:1059385/1‑141 ATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACAACACATAAACTATGAAGAAAAAAATAAATCCGCTATCTAAATGACTTTGACTCAGTTGTTTAAATGACCAAATTGCTAATACAATTCCCA < 3:191574/141‑1 CGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACAACACATAAACTATGAAGAAAAAAATAAATCCGCTATCTAAATGACTTTGACTCAGTTGTTTAAATGACCAAATTGCTAATACAATTCCCATT > 1:539767/1‑141 CGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACAACACATAAACTATGAAGAAAAAAATAAATCCGCTATCTAAATGACTTTGACTCAGTTGTTTAAATGACCAAATTGCTAATACAATTCACATT > 2:1058709/1‑141 TTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACAACACATAAACTATGAAGAAAAAAATAAATCCGCTATCTAAATGACTTTGACTCAGTTGTTTAAATGACCAAATTGCTAATACAATTCCCATTAT > 2:336676/1‑141 TTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACAACACATAAACTATGAAGAAAAAAATAAATCCGCTATCTAAATGACTTTGACTCAGTTGTTTAAATGACCAAATTGCTAATACAATTCCCATTATTAT < 2:292098/141‑1 TTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACAACACATAAACTATGAAGAAAAAAATAAATCCGCTATCTAAATGACTTTGACTCAGTTGTTTAAATGACCAAATTGCTAATACAATTCCCATTATTAT < 2:687936/141‑1 TTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACAACACATAAACTATGAAGAAAAAAATAAATCCGCTATCTAAATGACTTTGACTCAGTTGTTTAAATGACCAAATTGCTAATACAATTCCCATTATTAT < 1:843174/141‑1 TTTATTTTTATCATGCTTATCGCTATTCAAACAACTAATACACAACACATAAACTATGAAGAAAAAAATAAATCCGCTATCTAAATGACTTTGACTCAGTTGTTTAAATGACCAAATTGCTAATACAATTCCCATTATTAT < 1:531887/141‑1 TTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACAACACATAAACTATGAAGAAAAAAATAAATCCGCTATCTAAATGACTTTGACTCAGTTGTTTAAATGACCAAATTGCTAATACAATTCCCATTATTATT > 2:732704/1‑141 TTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACAACACATAAACTATGAAGAAAAAAATAAATCCGCTATCTAAATGACTTTGACTCAGTTGTTTAAATGACCAAATTGCTAATACAATTCCCATTATTATT > 1:686796/1‑141 TTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACAACACATAAACTATGAAGAAAAAAATAAATCCGCTATCTAAATGACTTTGACTCAGTTGTTTAAATGACCAAATTGCTAATACAATTCCCATTATTATT > 1:508782/1‑141 AAACAACTGAGTCAAAGTCATTTAGATAGCGGATTTATTTTTTTCTTCATAGTTTATGTGTTGTGTATCAGTTGTTTTAATAGCGATAAGCACGATAAAAATAAAAAACGATAGTAGTACACGAATTCATTAA‑‑CGTGTAC‑ACTATCGTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2693519‑2693368‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑actatcgtttttTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACAACACATAAACTATGAAGAAAAAAATAAATCCGCTATCTAAATGACTTTGACTCAGTTGTTTAAATGACCAAATTGCTAATACAATTCCCATTATTATT > USA300TCH1516_ALE/2693417‑2693556 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |