| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | USA300TCH1516_ALE | 2693417 = | 93 (0.730) | intergenic (+88/+268) | mtrR/rocA | HTH‑type transcriptional regulator MtrR/1‑pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase | |||||
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
GCGAAGATATTGATAACATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGT‑GTACACG‑‑TTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACAACACATAAACTATGAAGAAAAAAATAAATCCGCTATCTAAATGACTTTGACTCAGTTGTTTAAATGACCAAATTGCTAATACAATTCCCATTATTATTG > USA300TCH1516_ALE/2693277‑2693557 | gCGAAGATATTGATAACATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGT‑GTACACG‑‑TTAATGAATTCGTGTACTACTATCGtttttt < 1:1126384/141‑1 (MQ=255) cGAAGATATTGATAACATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGT‑GTACACG‑‑TTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTttttta > 1:195576/1‑141 (MQ=255) aaGATATTGATAACATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGT‑GTACACG‑‑TTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTtttttatt < 1:516366/141‑1 (MQ=255) aGATATTGATAACATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGT‑GTACACG‑‑TTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTtttttattt > 2:274574/1‑141 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3:191574‑M2/132‑1 (MQ=255) cgtttttTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACAACACATAAACTATGAAGAAAAAAATAAATCCGCTATCTAAATGACTTTGACTCAGTTGTTTAAATGACCAAATTGCTAATACAATTCCCatt > 1:539767‑M2/8‑141 (MQ=255) tttttTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACAACACATAAACTATGAAGAAAAAAATAAATCCGCTATCTAAATGACTTTGACTCAGTTGTTTAAATGACCAAATTGCTAATACAATTCCCattat > 2:336676‑M2/6‑141 (MQ=255) ttTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACAACACATAAACTATGAAGAAAAAAATAAATCCGCTATCTAAATGACTTTGACTCAGTTGTTTAAATGACCAAATTGCTAATACAATTCCCattattat < 2:687936‑M2/139‑1 (MQ=255) ttTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACAACACATAAACTATGAAGAAAAAAATAAATCCGCTATCTAAATGACTTTGACTCAGTTGTTTAAATGACCAAATTGCTAATACAATTCCCattattat < 1:843174‑M2/139‑1 (MQ=255) ttTATTTTTATCATGCTTATCGCTATTCAAACAACTAATACACAACACATAAACTATGAAGAAAAAAATAAATCCGCTATCTAAATGACTTTGACTCAGTTGTTTAAATGACCAAATTGCTAATACAATTCCCattattat < 1:531887‑M2/139‑1 (MQ=255) 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USA300TCH1516_ALE/2693277‑2693557 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |