| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | USA300TCH1516_ALE | 2693417 = | 93 (0.730) | intergenic (+88/+268) | mtrR/rocA | HTH‑type transcriptional regulator MtrR/1‑pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase | |||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
ATTGAAGGTTTTATACATTGGATAAAAGATGAAAAAATTGATTGGCCTGGCGAAGATATTGATAACATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGT‑GTACACG‑‑TTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACAACACATAAACTATGAAGAAAAAAATAAATCCGCTATCTAAATGACTTTGA > USA300TCH1516_ALE/2693228‑2693508 | aataataatgggaattgtattagcaatttggtcatttaaacaactgagtcaaagtcatttagatagcggatttatttttttcttcatagtttatgtgttgtgtatcagttgttttaatagcgataagcacgataaaaataa > 1:686796‑M1/141‑141 (MQ=255)aataataatgggaattgtattagcaatttggtcatttaaacaactgagtcaaagtcatttagatagcggatttatttttttcttcatagtttatgtgttgtgtatcagttgttttaatagcgataagcacgataaaaataa > 1:508782‑M1/141‑141 (MQ=255) ataataatgggaattgtattagcaatttggtcatttaaacaactgagtcaaagtcatttagatagcggatttatttttttcttcatagtttatgtgttgtgtattagttgtttgaatagcgataagcatgataaaaataaa < 1:531887‑M1/2‑1 (MQ=255) ataataatgggaattgtattagcaatttggtcatttaaacaactgagtcaaagtcatttagatagcggatttatttttttcttcatagtttatgtgttgtgtatcagttgttttaatagcgataagcacgataaaaataaa < 2:292098‑M1/2‑1 (MQ=255) ataataatgggaattgtattagcaatttggtcatttaaacaactgagtcaaagtcatttagatagcggatttatttttttcttcatagtttatgtgttgtgtatcagttgttttaatagcgataagcacgataaaaataaa < 1:843174‑M1/2‑1 (MQ=255) tcaaGGTTTTATACATGGGATAAAAGATGAAAAAATTGATTGGCCAGGCGAAGTTAATGATAACATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATaaa > 2:718013/3‑141 (MQ=255) aaGGTTTTATACATTGGATAAAAGATGAAAAAATTGATTGGCCTGGCGAAGATATTGATAACATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATaaaaa < 2:975330/141‑1 (MQ=255) aatgtgaattgtattagcaatttggtcatttaaacaactgagtcaaagtcatttagatagcggatttatttttttcttcatagtttatgtgttgtgtatcagttgttttaatagcgataagcacgataaaaataAAAAACg > 2:1058709‑M1/135‑141 (MQ=255) tgggaattgtattagccatttggtcatttaaacaaatgagtcaaagtcatttagataacggatttatttttttcttcatagtttatgtgttgtgtatcagttgttttaatagcgataagcacgataaaaataAAAAACGAt < 2:708480‑M1/9‑1 (MQ=255) tgggaattgtattagcaatttggtcatttaaacaactgagtcaaagtcatttagatagcggatttatttttttcttcatagtttatgtgttgtgtatcagttgttttaatagcgataagcacgataaaaataAAAAACGAt > 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ttGGATAAAAGATGAAAAAATTGATTGGCCTGGCGAAGATATTGATAACATTTTCCATAGCTTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGT‑GTacac > 2:949991/1‑141 (MQ=255) ttGGATAAAAGATGAAAAAATTGATTGGCCTGGCGAAGATATTGATAACATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTCGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGT‑GTacac > 2:949977/1‑141 (MQ=255) gATAAAAGATGAAAAAATTGATTGGCCTGGCGAAGATATTGATAACATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGT‑GTACACgaa < 4:263212/141‑3 (MQ=255) tAAAAGATGAAAAAATTGATTGGCCTGGCGAAGATATTGATAACATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGT‑GTACACG‑‑TTaa > 1:875984/1‑141 (MQ=255) aaaaGATGAAAAAATTGATTGGCCTGGCGAAGATATTGATAACATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGT‑GTACACG‑‑TTAAt > 1:93374/1‑141 (MQ=255) aTGAAAAAATTGATTGGCCTGGCGAAGATATTGATAACATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGT‑GTACACG‑‑TTAATGAAtt < 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ttgattgGCCTGGCGAAGATATTGATAACATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATGAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGT‑GTACACG‑‑GTAATGAATTCGTGtacta > 2:792571/1‑141 (MQ=255) aacaactgagtcaaagtcatttagatagcggatttatttttttcttcatagtttatgtgttgtgtatcagttgttttaatagcgataagcacgataaaaataAAAAACGATAGT‑GTACACG‑‑TTAATGAATTCGTGtactac > 2:150595‑M1/103‑141 (MQ=255) gattgGCCTGGCGAAGATATTGATAACATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGT‑GTACACG‑‑TTAATGAATTCGTGTactact > 3:406086/1‑141 (MQ=255) attgGCCTGGCGAAGATATTGATAACATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGT‑GTACACG‑‑TTAATGAATTCGTGTActacta > 2:390465/1‑141 (MQ=255) attgGCCTGGCGAAGATATTGATAACATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGT‑GTACACG‑‑TTAATGAATTCGTGTActacta > 1:100271/1‑141 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |